[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-7fgb: A naturally-occurring neuraminidase-inhibitors-resistant NA from ... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7fgb | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | A naturally-occurring neuraminidase-inhibitors-resistant NA from asiatic toad influenza B-like virus | ||||||
![]() | toad NA | ||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / neuraminidase / asiatic toad | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chai, Y. / Wu, Y. / Gao, F. | ||||||
Funding support | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() Title: Structural and inhibitor sensitivity analysis of influenza B-like viral neuraminidases derived from Asiatic toad and spiny eel. Authors: Li, L. / Chai, Y. / Peng, W. / Li, D. / Sun, L. / Gao, G.F. / Qi, J. / Xiao, H. / Liu, W.J. / von Itzstein, M. / Gao, F. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 397.4 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 265.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 927.6 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 932.3 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 36.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 55.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7fgcC ![]() 7fgdC ![]() 7fgeC ![]() 7xvrC ![]() 7xvuC ![]() 7xvvC ![]() 7xvwC ![]() 1b9sS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
---|
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||||||||||||
Unit cell |
| ||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: ens_1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Auth seq-ID: 80 - 466 / Label seq-ID: 103 - 489
NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.00140729764689, -0.00353606134936, -0.999992757866), (-0.000219034686906, 0.999993723025, -0.00353637301148), (0.999998985768, 0.000224009830044, 0.00140651429323) ...NCS oper: (Code: given Matrix: (0.00140729764689, -0.00353606134936, -0.999992757866), Vector: |
-
Components
#1: Protein | Mass: 53583.793 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Sugar | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.42 Å3/Da / Density % sol: 49.15 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.2 M lithium sulfate monohydrate, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.0, 26% v/v polyethylene 200. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Sep 1, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→50 Å / Num. obs: 70237 / % possible obs: 98.7 % / Redundancy: 11.6 % / Biso Wilson estimate: 34.9 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rpim(I) all: 5.6 / Net I/σ(I): 12.6 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.07 Å / Num. unique obs: 6890 / CC1/2: 0.834 / Rpim(I) all: 31.7 |
-
Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1B9S Resolution: 2→18.64 Å / SU ML: 0.2806 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 30.7534 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 28.8 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→18.64 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS | Type: Torsion NCS / Rms dev position: 0.449509003859 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: -18.5812073168 Å / Origin y: -20.4096746012 Å / Origin z: 22.4487216517 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group | Selection details: all |