PDB-7fgc: A naturally-occurring neuraminidase-inhibitors-resistant NA from ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7fgc

タイトル

A naturally-occurring neuraminidase-inhibitors-resistant NA from asiatic toad influenza B-like virus

要素

toad NA (ZMR)

キーワード

VIRAL PROTEIN / neuraminidase / toad / crystal strucuture

機能・相同性

ZANAMIVIR

機能・相同性情報

生物種

unidentified influenza virus (インフルエンザウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Chai, Y. / Wu, Y. / Gao, F.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: Structural and inhibitor sensitivity analysis of influenza B-like viral neuraminidases derived from Asiatic toad and spiny eel.
著者: Li, L. / Chai, Y. / Peng, W. / Li, D. / Sun, L. / Gao, G.F. / Qi, J. / Xiao, H. / Liu, W.J. / von Itzstein, M. / Gao, F.

履歴

登録	2021年7月26日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年8月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / struct_ncs_dom_lim Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7fgc.cif.gz	403.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7fgc.ent.gz	269.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7fgc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7fgc_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7fgc_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	7fgc_validation.xml.gz	38.3 KB	表示
CIF形式データ	7fgc_validation.cif.gz	58.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fg/7fgc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fg/7fgc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7fgbC 7fgdC 7fgeC 7xvrC 7xvuC 7xvvC 7xvwC 1b9sS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#113 - 2009年5月インフルエンザノイラミニダーゼ (Influenza Neuraminidase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: toad NA (ZMR)

B: toad NA (ZMR)

ヘテロ分子

108 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: toad NA (ZMR)

B: toad NA (ZMR)

ヘテロ分子

A: toad NA (ZMR)

B: toad NA (ZMR)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
216 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	120.232, 143.029, 120.082
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁
Space group name Hall	C2c2
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z+1/2 #4: -x,-y,z+1/2 #5: x+1/2,y+1/2,z #6: x+1/2,-y+1/2,-z #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	chain "A"
d_2	ens_1	chain "B"

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: ens_1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Auth seq-ID: 80 - 466 / Label seq-ID: 103 - 489

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
d_1	A	A
d_2	B	B

NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.00226787354801, -0.00449947077944, 0.999987305676), (0.00120840774007, 0.999989159488, 0.00449673856998), (-0.999996698245, 0.0011981943657, 0.00227328615841) ...

#1: タンパク質	toad NA (ZMR) 分子量: 53583.793 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) unidentified influenza virus (インフルエンザウイルス) 発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
#2: 糖	ChemComp-ZMR / ZANAMIVIR / 4-GUANIDINO-2-DEOXY-2,3-DEHYDRO-N-ACETYL-NEURAMINIC ACID / 4-guanidino-Neu5Ac2en / MODIFIED SIALIC ACID / ザナミビルタイプ: D-saccharide / 分子量: 332.310 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₀N₄O₇ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤, 阻害剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 886 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.93 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M lithium sulfate monohydrate, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.0, 26% v/v polyethylene 200

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.89→50 Å / Num. obs: 80931 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 12.7 % / B_iso Wilson estimate: 30.8 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_sym value: 0.065 / Net I/σ(I): 14.3
反射シェル	解像度: 1.89→1.96 Å / Mean I/σ(I) obs: 8.9 / Num. unique obs: 7894 / CC_1/2: 0.881 / R_pim(I) all: 0.281

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1B9S

1b9s

解像度: 1.9→18.76 Å / SU ML: 0.2335 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.2506
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2464	4041	5.02 %
R_work	0.2119	76451	-
obs	0.2137	80492	98.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.53 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→18.76 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5842	0	48	886	6776

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0075	5992
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0055	8120
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0583	934
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0067	1048
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.7611	834

Refine LS restraints NCS

タイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.385100255772 Å

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.92	0.3542	105	0.3016	2050	X-RAY DIFFRACTION	78.19
1.92-1.95	0.3448	148	0.2982	2585	X-RAY DIFFRACTION	97.64
1.95-1.97	0.314	134	0.2771	2602	X-RAY DIFFRACTION	98.84
1.97-2	0.3298	126	0.2728	2630	X-RAY DIFFRACTION	99.24
2-2.02	0.3025	140	0.2597	2646	X-RAY DIFFRACTION	99.43
2.02-2.05	0.3043	151	0.2513	2591	X-RAY DIFFRACTION	99.42
2.05-2.08	0.2856	136	0.2493	2650	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.08-2.12	0.3278	140	0.2416	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
2.12-2.15	0.2638	135	0.2397	2628	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.15-2.19	0.2972	142	0.2443	2632	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.19-2.23	0.2606	156	0.2324	2631	X-RAY DIFFRACTION	99.57
2.23-2.27	0.2878	139	0.2358	2650	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.27-2.32	0.2472	135	0.2221	2614	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.32-2.37	0.27	150	0.2294	2666	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.37-2.42	0.2924	140	0.2281	2638	X-RAY DIFFRACTION	99.68
2.42-2.48	0.3271	124	0.2301	2661	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.48-2.55	0.2824	145	0.2317	2649	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.55-2.62	0.2613	144	0.2234	2656	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.62-2.71	0.2592	133	0.2311	2654	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.71-2.8	0.2436	142	0.2101	2663	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.8-2.92	0.2812	149	0.2137	2669	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.92-3.05	0.2873	137	0.2042	2661	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.05-3.21	0.2344	153	0.2006	2660	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.21-3.41	0.2198	136	0.1913	2676	X-RAY DIFFRACTION	99.79
3.41-3.67	0.2237	137	0.1858	2672	X-RAY DIFFRACTION	99.65
3.67-4.04	0.1988	128	0.1791	2719	X-RAY DIFFRACTION	99.89
4.04-4.61	0.1735	150	0.1658	2710	X-RAY DIFFRACTION	99.79
4.61-5.78	0.2043	152	0.1808	2696	X-RAY DIFFRACTION	99.75
5.78-18.76	0.2036	134	0.2159	2839	X-RAY DIFFRACTION	99.6

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 78.6516911532 Å / Origin y: 20.1644493349 Å / Origin z: 22.4368122181 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.155813416173 Å²	-0.00520678904418 Å²	0.00709118107536 Å²	-	0.170144496957 Å²	-0.00704613876979 Å²	-	-	0.185886900148 Å²
L	0.184462956612 °²	0.0187665824141 °²	0.106229646381 °²	-	0.139663248488 °²	0.00611356846168 °²	-	-	0.496534355824 °²
S	-0.00310556216946 Å °	0.00256713856454 Å °	0.00792315280198 Å °	0.00345767992154 Å °	0.0125198750138 Å °	-0.0219638209593 Å °	-0.0248597936259 Å °	0.0615088171478 Å °	-0.00801427756037 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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