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- PDB-7fef: Crystal structure of AtMBD6 with DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7fef
タイトルCrystal structure of AtMBD6 with DNA
要素
  • DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*AP*(5CM)P*GP*TP*TP*GP*GP*C)-3')
  • Methyl-CpG-binding domain-containing protein 6
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / MBD / DNA-protein complex structure / DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


核小体形成域 / perinucleolar chromocenter / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / methyl-CpG binding / 色素体 / ヘテロクロマチン / : / enzyme binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG DNA binding / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG-binding domain (MBD) profile. / DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / Methyl-CpG-binding domain-containing protein 6
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.39 Å
データ登録者Wu, Z.B. / Liu, K. / Min, J.R.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2022
タイトル: Family-wide Characterization of Methylated DNA Binding Ability of Arabidopsis MBDs.
著者: Wu, Z. / Chen, S. / Zhou, M. / Jia, L. / Li, Z. / Zhang, X. / Min, J. / Liu, K.
履歴
登録2021年7月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年7月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*AP*(5CM)P*GP*TP*TP*GP*GP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*AP*(5CM)P*GP*TP*TP*GP*GP*C)-3')
A: Methyl-CpG-binding domain-containing protein 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5653
ポリマ－15,5653
非ポリマー00
水36020
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3610 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area6800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.316, 40.316, 83.824
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number145
Space group name H-MP32
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*AP*(5CM)P*GP*TP*TP*GP*GP*C)-3')


分子量: 3677.419 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: タンパク質 Methyl-CpG-binding domain-containing protein 6 / AtMBD6 / MBD06 / Methyl-CpG-binding protein MBD6


分子量: 8210.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: MBD6, At5g59380, F2O15.4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9LTJ1
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.4 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1M Bis-tris pH 6.5, 25% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.29→34.91 Å / Num. obs: 6926 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.3 % / Biso Wilson estimate: 75.32 Å2 / CC1/2: 0.989 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 2.29→2.37 Å / Num. unique obs: 692 / CC1/2: 0.644 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0257精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6c1a, 2yk8

6c1a

2yk8
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.39→34.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.353 / ESU R Free: 0.244 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN DADED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2535 303 5 %RANDOM
Rwork0.2233 ---
obs0.2248 5757 99.93 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 139.46 Å2 / Biso mean: 69.3496 Å2 / Biso min: 42.86 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.39→34.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数395 488 0 20 903
Biso mean---65.73 -
残基数----72
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.012954
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.019629
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6931.4411396
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4682.2081464
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.163547
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg24.6822025
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.141559
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.567154
X-RAY DIFFRACTIONCHIRAL-CENTER RESTRAINTS (A''3)0.0840.2121
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.02755
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02229
LS精密化 シェル解像度: 2.39→2.448 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.409 21 -
Rwork0.402 402 -
obs--99.06 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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