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Yorodumi- PDB-7fe4: Crystal structure of GH65 alpha-1,2-glucosidase from Flavobacteri... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7fe4 | ||||||
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Title | Crystal structure of GH65 alpha-1,2-glucosidase from Flavobacterium johnsoniae in complex with glucose | ||||||
Components | Candidate alpha glycoside phosphorylase Glycoside hydrolase family 65 | ||||||
Keywords | HYDROLASE / Glycoside hydrolase / GH65 / (alpha/alpha)6-barrel / kojibiose / dextran | ||||||
Function / homology | Function and homology information protein-glucosylgalactosylhydroxylysine glucosidase activity / trehalose catabolic process / alpha,alpha-trehalase activity / fungal-type cell wall / glycosyltransferase activity / carbohydrate binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Flavobacterium johnsoniae (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.4 Å | ||||||
Authors | Nakamura, S. / Miyazaki, T. | ||||||
Funding support | Japan, 1items
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Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2021 Title: Structure of a bacterial alpha-1,2-glucosidase defines mechanisms of hydrolysis and substrate specificity in GH65 family hydrolases. Authors: Nakamura, S. / Nihira, T. / Kurata, R. / Nakai, H. / Funane, K. / Park, E.Y. / Miyazaki, T. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7fe4.cif.gz | 759.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7fe4.ent.gz | 610.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7fe4.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7fe4_validation.pdf.gz | 4.7 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7fe4_full_validation.pdf.gz | 4.7 MB | Display | |
Data in XML | 7fe4_validation.xml.gz | 82.9 KB | Display | |
Data in CIF | 7fe4_validation.cif.gz | 125.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fe/7fe4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fe/7fe4 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7fe3SC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 76489.219 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Flavobacterium johnsoniae (strain ATCC 17061 / DSM 2064 / JCM 8514 / NBRC 14942 / NCIMB 11054 / UW101) (bacteria) Strain: ATCC 17061 / DSM 2064 / JCM 8514 / NBRC 14942 / NCIMB 11054 / UW101 Gene: Fjoh_4428 / Plasmid: pET28a / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: A5FBJ5 #2: Sugar | ChemComp-BGC / #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.62 Å3/Da / Density % sol: 53 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 300 mM ammonium citrate, pH 7.0-8.0, 10 mM TCEP, 12% PEG3350 PH range: 7.0-8.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Photon Factory / Beamline: AR-NW12A / Wavelength: 0.9795 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 2M / Detector: PIXEL / Date: Nov 14, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.4→50 Å / Num. obs: 451842 / % possible obs: 98 % / Redundancy: 6.8 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.065 / Net I/σ(I): 15.6 |
Reflection shell | Resolution: 1.4→1.48 Å / Redundancy: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.755 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 64988 / CC1/2: 0.81 / Rpim(I) all: 0.318 / Rrim(I) all: 0.82 / % possible all: 96.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 7FE3 Resolution: 1.4→44.704 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.972 / SU B: 1.993 / SU ML: 0.039 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R: 0.05 / ESU R Free: 0.05 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL PLUS MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 25.135 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.4→44.704 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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