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- PDB-7fe2: Crystal structure of the mutant E494Q of GH92 alpha-1,2-mannosida... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7fe2
タイトルCrystal structure of the mutant E494Q of GH92 alpha-1,2-mannosidase from Enterococcus faecalis ATCC 10100 in complex with alpha-1,2-mannobiose
要素Alpha-1,2-mannosidase
キーワードHYDROLASE / Glycoside hydrolase / GH92 / Inhibitor / Carbohydrate / N-glycan
機能・相同性ACETATE ION / :
機能・相同性情報
生物種Enterococcus faecalis ATCC 10100 (乳酸球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Miyazaki, T. / Alonso-Gil, S.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)19K15748 日本
引用ジャーナル: Chemistry / 年: 2022
タイトル: Unlocking the Hydrolytic Mechanism of GH92 alpha-1,2-Mannosidases: Computation Inspires the use of C-Glycosides as Michaelis Complex Mimics.
著者: Alonso-Gil, S. / Parkan, K. / Kaminsky, J. / Pohl, R. / Miyazaki, T.
履歴
登録2021年7月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22022年3月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-1,2-mannosidase
B: Alpha-1,2-mannosidase
C: Alpha-1,2-mannosidase
D: Alpha-1,2-mannosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)334,28644
ポリマ－330,9324
非ポリマー3,35340
水31,9411773
1
A: Alpha-1,2-mannosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,69413
ポリマ－82,7331
非ポリマー96112
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Alpha-1,2-mannosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,57011
ポリマ－82,7331
非ポリマー83710
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Alpha-1,2-mannosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,51110
ポリマ－82,7331
非ポリマー7789
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Alpha-1,2-mannosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,51110
ポリマ－82,7331
非ポリマー7789
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)162.626, 168.610, 260.282
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 8分子 ABCD

#1: タンパク質
Alpha-1,2-mannosidase


分子量: 82733.078 Da / 分子数: 4 / 変異: E494Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterococcus faecalis ATCC 10100 (乳酸球菌)
遺伝子: WOW_02008 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A6N0WQ22
#2: 多糖
alpha-D-mannopyranose-(1-2)-beta-D-mannopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-2/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 5種, 1809分子

#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1773 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.96 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100 mM sodium citrate, pH 5.0-5.6, 100 mM magnesium acetate, 200 mM ammonium sulfate, 5% PEG 20000
PH範囲: 5.0-5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 354371 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 13.3 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.141 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.147 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル解像度: 1.75→1.84 Å / 冗長度: 12.8 % / Rmerge(I) obs: 1.254 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 51164 / CC1/2: 0.681 / Rpim(I) all: 0.361 / Rrim(I) all: 1.305 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6DWO

6dwo


解像度: 1.75→48.566 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / WRfactor Rfree: 0.183 / WRfactor Rwork: 0.155 / SU B: 2.499 / SU ML: 0.076 / Average fsc free: 0.9176 / Average fsc work: 0.9269 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.098 / ESU R Free: 0.096 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1979 17508 4.942 %
Rwork0.1686 336788 -
all0.17 --
obs-354296 99.555 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.506 Å2-0 Å20 Å2
2---0.339 Å2-0 Å2
3---0.845 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→48.566 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23052 0 212 1773 25037
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01323983
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01721452
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6121.65532564
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4111.57549535
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.04352862
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.74124.0211318
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.244153786
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.8791576
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.23030
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0227585
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.025843
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2030.24765
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1770.220654
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1760.211657
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.080.210796
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.140.21605
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0150.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0780.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1690.255
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1860.2286
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1160.263
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0842.57311408
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0842.57311407
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.9683.85214255
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.9683.85214256
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8542.84812575
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.8542.84812576
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2954.15618300
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.2954.15618301
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it5.67530.59527439
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other5.63230.35227084
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.75-1.7950.29512990.27624612X-RAY DIFFRACTION98.9574
1.795-1.8450.29112200.25724015X-RAY DIFFRACTION99.1007
1.845-1.8980.2712080.23823389X-RAY DIFFRACTION99.1615
1.898-1.9570.25312440.22822731X-RAY DIFFRACTION99.263
1.957-2.0210.25911780.21922046X-RAY DIFFRACTION99.3838
2.021-2.0920.2411150.20221408X-RAY DIFFRACTION99.4744
2.092-2.1710.22610890.18820646X-RAY DIFFRACTION99.4873
2.171-2.2590.2310310.18619910X-RAY DIFFRACTION99.6384
2.259-2.360.2159830.17419111X-RAY DIFFRACTION99.6825
2.36-2.4750.2179510.1718307X-RAY DIFFRACTION99.7307
2.475-2.6080.2068330.16517515X-RAY DIFFRACTION99.7879
2.608-2.7670.1888510.15316548X-RAY DIFFRACTION99.8909
2.767-2.9580.1917750.15515571X-RAY DIFFRACTION99.89
2.958-3.1940.1837410.15214516X-RAY DIFFRACTION99.9738
3.194-3.4990.1857150.15913351X-RAY DIFFRACTION99.9858
3.499-3.9120.1626630.14612114X-RAY DIFFRACTION99.9609
3.912-4.5160.1425680.12410735X-RAY DIFFRACTION99.9912
4.516-5.5290.1474730.1319092X-RAY DIFFRACTION99.9687
5.529-7.8130.1783590.1477155X-RAY DIFFRACTION100
7.813-48.5660.1752120.1644018X-RAY DIFFRACTION99.1097

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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