PDB-7fe1: Crystal structure of GH92 alpha-1,2-mannosidase from Enterococcus...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7fe1

タイトル

Crystal structure of GH92 alpha-1,2-mannosidase from Enterococcus faecalis ATCC 10100 in complex with methyl alpha-1,2-C-mannobioside

要素

Alpha-1,2-mannosidase

キーワード

HYDROLASE / Glycoside hydrolase / GH92 / Inhibitor / Carbohydrate / N-glycan

機能・相同性

methyl 2-deoxy-2-methyl-alpha-D-mannopyranoside / ACETIC ACID / alpha-D-mannopyranose / :

機能・相同性情報

生物種

Enterococcus faecalis ATCC 10100 (乳酸球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.72 Å

データ登録者

Miyazaki, T. / Alonso-Gil, S.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Chemistry / 年: 2022
タイトル: Unlocking the Hydrolytic Mechanism of GH92 alpha-1,2-Mannosidases: Computation Inspires the use of C-Glycosides as Michaelis Complex Mimics.
著者: Alonso-Gil, S. / Parkan, K. / Kaminsky, J. / Pohl, R. / Miyazaki, T.

履歴

登録	2021年7月19日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年2月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年2月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2022年3月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.3	2023年11月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7fe1.cif.gz	659.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7fe1.ent.gz	515.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7fe1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7fe1_validation.pdf.gz	3.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7fe1_full_validation.pdf.gz	3.3 MB	表示
XML形式データ	7fe1_validation.xml.gz	122.7 KB	表示
CIF形式データ	7fe1_validation.cif.gz	186.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fe/7fe1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fe/7fe1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7fe2C 6dwoS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7fe2-2 6dwo-4 6dwo-2 7fe1-4 7fe2-4 7fe1-2 7fe1-3 5la3-2 2wvz-1 7fe2-3 2ww3-4 2ww1-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#247 - 2020年7月ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein) 類似性 (1) #4 - 2000年4月コラーゲン (Collagen) 類似性 (1) #74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (1) #83 - 2006年11月フィブリン (Fibrin) 類似性 (1) #116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Alpha-1,2-mannosidase

B: Alpha-1,2-mannosidase

C: Alpha-1,2-mannosidase

D: Alpha-1,2-mannosidase

ヘテロ分子

334 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Alpha-1,2-mannosidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
83.5 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Alpha-1,2-mannosidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
83.6 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Alpha-1,2-mannosidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
83.4 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Alpha-1,2-mannosidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
83.4 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	163.162, 169.601, 258.659
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Alpha-1,2-mannosidase 分子量: 82734.070 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterococcus faecalis ATCC 10100 (乳酸球菌) 遺伝子: WOW_02008 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A6N0WQ22

-
糖 , 2種, 8分子

#2: 糖

ChemComp-5II / methyl 2-deoxy-2-methyl-alpha-D-mannopyranoside

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 192.210 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₆O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#3: 糖

ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose / α-D-マンノピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₂O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

-
非ポリマー , 5種, 2788分子

#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物	ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸分子量: 60.052 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₄O₂
#7: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2760 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
非ポリマーの詳細	methyl alpha-1,2-C-mannobioside is compounded from MAN and 5II.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.5 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 100 mM sodium citrate, pH 5.0-5.6, 100 mM magnesium acetate, 200 mM ammonium sulfate, 5% PEG 20000 PH範囲: 5.0-5.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.72→50 Å / Num. obs: 375878 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.6 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.121 / R_pim(I) all: 0.034 / R_rim(I) all: 0.125 / Net I/σ(I): 17.3
反射シェル	解像度: 1.72→1.81 Å / 冗長度: 13.5 % / R_merge(I) obs: 1.168 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 54650 / CC_1/2: 0.759 / R_pim(I) all: 0.327 / R_rim(I) all: 1.214 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6DWO

6dwo

解像度: 1.72→48.621 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.973 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.965 / SU B: 1.872 / SU ML: 0.058 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.084 / ESU R Free: 0.081 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1714	18587	4.946 %
R_work	0.1489	357214	-
all	0.15	-	-
obs	-	375801	99.99 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.049 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.029 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.022 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.051 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.72→48.621 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	23052	0	184	2760	25996

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	23991
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	21449
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.733	1.654	32615
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.493	1.576	49552
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.889	5	2876
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.079	23.986	1317
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.563	15	3788
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.515	15	76
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	3036
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	27620
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	5840
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.207	0.2	4718
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.185	0.2	20741
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	11850
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.086	0.2	10639
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.146	0.2	2208
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.069	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.035	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.169	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.236	0.2	281
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.185	0.2	100
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.911	2.2	11422
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.911	2.199	11421
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.467	3.293	14276
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.467	3.293	14277
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.278	2.489	12569
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.278	2.489	12570
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.84	3.612	18323
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.84	3.612	18324
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.832	27.181	28168
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.704	26.508	27409

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.72-1.765	0.265	1358	0.242	26303	X-RAY DIFFRACTION	99.9928
1.765-1.813	0.247	1320	0.22	25650	X-RAY DIFFRACTION	99.9963
1.813-1.866	0.227	1253	0.199	24969	X-RAY DIFFRACTION	99.9962
1.866-1.923	0.214	1302	0.192	24134	X-RAY DIFFRACTION	99.9961
1.923-1.986	0.209	1180	0.18	23487	X-RAY DIFFRACTION	100
1.986-2.056	0.197	1198	0.169	22698	X-RAY DIFFRACTION	99.9916
2.056-2.133	0.181	1171	0.154	21901	X-RAY DIFFRACTION	100
2.133-2.22	0.18	1085	0.148	21128	X-RAY DIFFRACTION	100
2.22-2.319	0.177	1103	0.144	20178	X-RAY DIFFRACTION	99.9953
2.319-2.432	0.17	1009	0.134	19386	X-RAY DIFFRACTION	100
2.432-2.564	0.163	1046	0.132	18392	X-RAY DIFFRACTION	100
2.564-2.719	0.157	934	0.126	17420	X-RAY DIFFRACTION	99.9946
2.719-2.907	0.16	861	0.131	16416	X-RAY DIFFRACTION	100
2.907-3.14	0.157	808	0.136	15310	X-RAY DIFFRACTION	100
3.14-3.439	0.159	758	0.145	14118	X-RAY DIFFRACTION	100
3.439-3.845	0.157	605	0.141	12871	X-RAY DIFFRACTION	100
3.845-4.439	0.129	517	0.123	11392	X-RAY DIFFRACTION	100
4.439-5.435	0.14	464	0.128	9668	X-RAY DIFFRACTION	99.9901
5.435-7.679	0.16	409	0.152	7512	X-RAY DIFFRACTION	100
7.679-48.621	0.181	206	0.164	4281	X-RAY DIFFRACTION	99.4239

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関連情報:EMDBヘッダ

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