PDB-7fds: High resolution crystal structure of LpqH from Mycobacterium tube...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7fds

タイトル

High resolution crystal structure of LpqH from Mycobacterium tuberculosis

要素

Lipoprotein LpqH

キーワード

LIPID BINDING PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont-mediated activation of host apoptosis / symbiont-mediated perturbation of host immune response / bacterial extracellular vesicle / biological process involved in interaction with host / peptidoglycan-based cell wall / host cell cytoplasm / host cell surface receptor binding / defense response to bacterium /

細胞膜 /

細胞膜
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.258 Å

データ登録者

Kundapura, S.V. / Chatterjee, S. / Samanta, D. / Ramagopal, U.A.

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2022
タイトル: High-resolution crystal structure of LpqH, an immunomodulatory surface lipoprotein of Mycobacterium tuberculosis reveals a distinct fold and a conserved cleft on its surface.
著者: Chatterjee, S. / Kundapura, S.V. / Basak, A.J. / Mukherjee, D. / Dash, S. / Ganguli, N. / Das, A.K. / Mukherjee, G. / Samanta, D. / Ramagopal, U.A.

履歴

登録	2021年7月17日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年12月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年7月6日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: atom_type / citation / citation_author Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7fds.cif.gz	95.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7fds.ent.gz	69.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7fds.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fd/7fds ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fd/7fds	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4zjmS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2y09-d 3cbt-d 1kdt-1 4o4w-d 4o4v-d 6nxq-d 4nh7-2 6n8y-d 2jft-d 3t1k-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Lipoprotein LpqH

B: Lipoprotein LpqH

25.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	29.900, 78.510, 42.180
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 107.340, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Lipoprotein LpqH / 19 kDa lipoprotein antigen / Putative transporter LpqH / p19 分子量: 12792.177 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) 株: H37Rv / 遺伝子: lpqH / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: P9WK61
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Lipoprotein LpqH / 19 kDa lipoprotein antigen / Putative transporter LpqH / p19

分子量: 12792.177 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: lpqH / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: P9WK61

#2: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 33.41 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.3 / 詳細: 0.2M Ammonium sulphate, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.258→28.557 Å / Num. obs: 49917 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 4.5 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.061 / R_pim(I) all: 0.047 / R_rim(I) all: 0.078 / R_sym value: 0.067 / Net I/σ(I): 10.1
反射シェル	解像度: 1.258→1.28 Å / R_merge(I) obs: 0.502 / Num. unique obs: 2627 / CC_1/2: 0.811 / R_pim(I) all: 0.407 / R_rim(I) all: 0.649 / R_sym value: 0.58 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
MOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4ZJM

4zjm

解像度: 1.258→28.557 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.977 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.969 / SU B: 2.031 / SU ML: 0.038 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.043 / ESU R Free: 0.044 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1779	2464	4.939 %
R_work	0.1429	47424	-
all	0.145	-	-
obs	-	49888	99.106 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.54 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.045 Å²	0 Å²	0.358 Å²
2-	-	-1.291 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.818 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.258→28.557 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1527	0	0	116	1643

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.026	0.013	1662
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.017	1563
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.402	1.638	2294
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.706	1.574	3624
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.742	5	262
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	51.07	27.955	44
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.052	15	237
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.117	0.2	256
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	2003
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	313
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.193	0.2	256
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.2	0.2	1281
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.165	0.2	792
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.093	0.2	852
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.137	0.2	62
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.227	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.218	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.187	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.516	1.862	977
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.514	1.86	976
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.433	2.793	1228
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.433	2.796	1229
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.727	2.266	685
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.723	2.267	686
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.824	3.226	1054
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.821	3.228	1055
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.529	24.283	1623
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.515	24.192	1611
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	12.016	3	3225

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.258-1.291	0.273	193	0.245	3477	X-RAY DIFFRACTION	98.0235
1.291-1.326	0.245	195	0.208	3350	X-RAY DIFFRACTION	98.527
1.326-1.364	0.214	168	0.186	3335	X-RAY DIFFRACTION	99.4323
1.364-1.406	0.229	162	0.168	3209	X-RAY DIFFRACTION	98.4521
1.406-1.452	0.195	181	0.161	3113	X-RAY DIFFRACTION	99.7275
1.452-1.503	0.195	129	0.135	3063	X-RAY DIFFRACTION	99.192
1.503-1.56	0.166	163	0.119	2900	X-RAY DIFFRACTION	99.6422
1.56-1.624	0.181	133	0.119	2767	X-RAY DIFFRACTION	97.4135
1.624-1.696	0.16	109	0.119	2713	X-RAY DIFFRACTION	99.3662
1.696-1.778	0.201	137	0.13	2593	X-RAY DIFFRACTION	99.4173
1.778-1.874	0.177	145	0.12	2446	X-RAY DIFFRACTION	99.769
1.874-1.988	0.153	91	0.105	2335	X-RAY DIFFRACTION	98.4178
1.988-2.124	0.149	91	0.112	2206	X-RAY DIFFRACTION	99.6962
2.124-2.294	0.144	106	0.112	2045	X-RAY DIFFRACTION	99.6295
2.294-2.512	0.148	110	0.13	1873	X-RAY DIFFRACTION	100
2.512-2.807	0.18	88	0.151	1703	X-RAY DIFFRACTION	99.4448
2.807-3.239	0.199	95	0.154	1483	X-RAY DIFFRACTION	99.8734
3.239-3.961	0.175	77	0.142	1267	X-RAY DIFFRACTION	99.8514
3.961-5.574	0.149	48	0.154	988	X-RAY DIFFRACTION	98.6667
5.574-28.557	0.207	43	0.233	558	X-RAY DIFFRACTION	99.1749

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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