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- PDB-7fcm: Crystal structure of Moraxella catarrhalis enoyl-ACP-reductase (F... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7fcm
タイトルCrystal structure of Moraxella catarrhalis enoyl-ACP-reductase (FabI) in complex with NAD and Triclosan
要素Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
キーワードOXIDOREDUCTASE / FabI / NADH / Triclosan
機能・相同性
機能・相同性情報


enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NAD(P)H] activity / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / fatty acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / TRICLOSAN / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
類似検索 - 構成要素
生物種Moraxella catarrhalis (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.22 Å
データ登録者Katiki, M. / Neetu, N. / Pratap, S. / Kumar, P.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Biotechnology (DBT, India)BIC/12(29)/2013 インド
引用
ジャーナル: Biochimie / 年: 2022
タイトル: Biochemical and structural basis for Moraxella catarrhalis enoyl-acyl carrier protein reductase (FabI) inhibition by triclosan and estradiol.
著者: Katiki, M. / Neetu, N. / Pratap, S. / Kumar, P.
#1: ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Apo enoyl-ACP-reductase (FabI) from Moraxella catarrhalis
著者: Katiki, M. / Pratap, S. / Kumar, P.
#2: ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of enoyl-ACP-reductase (FabI) from Moraxella catarrhalis in complex with the cofactor NAD
著者: Katiki, M. / Neetu, N. / Pratap, S. / Kumar, P.
履歴
登録2021年7月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年1月31日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
B: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,6747
ポリマ－61,7282
非ポリマー1,9465
水3,333185
1
A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
B: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
ヘテロ分子

A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
B: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,34814
ポリマ－123,4564
非ポリマー3,89210
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565x,-y+1,-z1
Buried area23150 Å2
ΔGint-229 kcal/mol
Surface area33390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.520, 78.560, 89.230
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Refine code: _ / Auth seq-ID: -1 - 265 / Label seq-ID: 12 - 278

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]


分子量: 30864.008 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Moraxella catarrhalis (strain BBH18) (バクテリア)
遺伝子: fabI, MCR_1078 / プラスミド: pET28C / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: D5VCE0, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH)
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-TCL / TRICLOSAN / トリクロサン


分子量: 289.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H7Cl3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗真菌剤, 抗生剤, 可溶化剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.62 % / 解説: Rod shaped crystals
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2M calcium chloride, 0.1M HEPES buffer, 22% PEG 400, 10-folds of NADH cofactor, triclosan inhibitor

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR-H / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2016年8月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.21→50 Å / Num. obs: 26533 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.119 / Rpim(I) all: 0.067 / Rrim(I) all: 0.138 / Χ2: 1.889 / Net I/σ(I): 8.3 / Num. measured all: 100946
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.21-2.252.10.5536850.6570.4160.6971.17451
2.25-2.293.30.47613340.6570.2980.5651.20599.3
2.29-2.333.50.62813240.7240.3790.7371.106100
2.33-2.383.70.52613490.7540.3110.6141.11299.9
2.38-2.433.80.52513480.8160.3050.611.109100
2.43-2.493.90.45513200.8460.260.5271.102100
2.49-2.553.90.42913560.8790.2420.4951.213100
2.55-2.6240.35513510.8970.1970.4091.219100
2.62-2.740.30313400.9250.1670.3471.375100
2.7-2.7840.27813650.9440.1530.3191.315100
2.78-2.8840.23513290.9570.1280.2691.411100
2.88-340.19813660.9620.1090.2271.541100
3-3.1440.1713580.9740.0930.1951.842100
3.14-3.340.1513610.9790.0830.1722.024100
3.3-3.5140.1213600.9840.0660.1382.4100
3.51-3.783.90.10213780.9890.0570.1182.83999.9
3.78-4.163.80.08713740.9890.0490.1013.35599.8
4.16-4.763.80.07213840.9950.0410.0833.4299.4
4.76-63.90.07614000.9920.0420.0883.43198.9
6-503.80.05414510.9970.0310.0632.58796.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0238精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7FC8

7fc8


解像度: 2.22→46.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 6.849 / SU ML: 0.165 / SU R Cruickshank DPI: 0.2919 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.292 / ESU R Free: 0.223 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2371 1334 5 %RANDOM
Rwork0.1736 ---
obs0.1767 25158 98.68 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 212.91 Å2 / Biso mean: 40.445 Å2 / Biso min: 18.67 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å2-0 Å20 Å2
2---0.05 Å2-0 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.22→46.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4013 0 123 185 4321
Biso mean--33.38 45.62 -
残基数----537
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0124205
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.531.625703
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3635535
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.44322.553188
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.05615696
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.7221524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2575
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023138
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 8296 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.07 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.221→2.279 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 80 -
Rwork0.265 1597 -
all-1677 -
obs--86.4 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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