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万見
- PDB-7fbk: Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain N501Y mut... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7fbk
タイトルCrystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain N501Y mutant in complex with neutralizing nanobody 20G6
要素
  • New antigen receptor variable domain
  • Spike protein S1
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / SARS-CoV-2 / Spike glycoprotein / RBD / VNAR / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / receptor ligand activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
Chiloscyllium plagiosum (シロボシテンジク)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Zhu, J. / Xu, T. / Feng, B. / Liu, J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Small Methods / 年: 2022
タイトル: A Class of Shark-Derived Single-Domain Antibodies can Broadly Neutralize SARS-Related Coronaviruses and the Structural Basis of Neutralization and Omicron Escape.
著者: Feng, B. / Chen, Z. / Sun, J. / Xu, T. / Wang, Q. / Yi, H. / Niu, X. / Zhu, J. / Fan, M. / Hou, R. / Shao, Y. / Huang, S. / Li, C. / Hu, P. / Zheng, P. / He, P. / Luo, J. / Yan, Q. / Xiong, X. ...著者: Feng, B. / Chen, Z. / Sun, J. / Xu, T. / Wang, Q. / Yi, H. / Niu, X. / Zhu, J. / Fan, M. / Hou, R. / Shao, Y. / Huang, S. / Li, C. / Hu, P. / Zheng, P. / He, P. / Luo, J. / Yan, Q. / Xiong, X. / Liu, J. / Zhao, J. / Chen, L.
履歴
登録2021年7月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spike protein S1
B: Spike protein S1
C: New antigen receptor variable domain
D: New antigen receptor variable domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,2686
ポリマ－80,1274
非ポリマー1,1412
水2,954164
1
A: Spike protein S1
C: New antigen receptor variable domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,6343
ポリマ－40,0632
非ポリマー5711
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Spike protein S1
D: New antigen receptor variable domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,6343
ポリマ－40,0632
非ポリマー5711
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.510, 90.531, 162.463
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: タンパク質 Spike protein S1


分子量: 25672.592 Da / 分子数: 2 / 断片: receptor binding domain / 変異: N501Y / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: S, 2 / プラスミド: pSECtag2A / 細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DTC2
#2: タンパク質 New antigen receptor variable domain


分子量: 14390.836 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chiloscyllium plagiosum (シロボシテンジク)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.91 % / Mosaicity: 0.19 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 70mM Citric acid, 30mM Bis-Tris propane pH 3.4, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→19.82 Å / Num. obs: 63067 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.076 / Net I/σ(I): 16.5 / Num. measured all: 786807 / Scaling rejects: 3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.9-1.948.70.9833621541750.8490.3511.046299.7
8.91-19.8210.70.04867826340.9990.0140.0541.490.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7FBJ

7fbj


解像度: 1.9→19.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 9.745 / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.137 / ESU R Free: 0.135 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2394 3030 4.8 %RANDOM
Rwork0.1969 ---
obs0.1989 59970 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 127.39 Å2 / Biso mean: 50.554 Å2 / Biso min: 30.75 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.31 Å2-0 Å2-0 Å2
2---4.86 Å20 Å2
3---3.55 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→19.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4866 0 76 164 5106
Biso mean--83.1 47.87 -
残基数----618
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0135102
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0144558
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9061.6786946
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3891.60110500
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.9875620
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.99721.957276
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.32115778
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.5181533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2673
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.025834
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021278
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.331 215 -
Rwork0.338 4375 -
all-4590 -
obs--99.7 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7337-0.47810.71190.7435-0.05792.0997-0.02250.1052-0.2166-0.1213-0.0011-0.073-0.053-0.17990.02360.0629-0.01850.02730.2851-0.01050.240921.38158.11718.717
20.8426-0.59540.53081.6675-0.47171.0015-0.00410.05020.0018-0.07160.07230.23760.04830.1059-0.06820.0114-0.01530.01520.23440.00040.39597.83424.1933.169
30.91750.2187-0.74452.9129-0.26692.24860.06010.10020.1293-0.01130.0546-0.0037-0.50610.0171-0.11470.34640.04770.03450.27490.0710.103620.25881.8468.97
40.3166-0.19710.07291.44680.67942.59-0.2031-0.0231-0.03970.0991-0.04550.04-0.0733-0.01970.24860.12550.02010.02580.23760.0310.48745.11847.37544.357
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A334 - 529
2X-RAY DIFFRACTION2B334 - 529
3X-RAY DIFFRACTION3C0 - 112
4X-RAY DIFFRACTION4D0 - 112

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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