PDB-7fbj: Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in comple...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7fbj

タイトル

Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with neutralizing nanobody 17F6

要素

New antigen receptor variable domain
Spike protein S1

キーワード

VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / SARS-CoV-2 / Spike glycoprotein / RBD / VNAR / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont-mediated disruption of host tissue / Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / viral translation / host extracellular space / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

Chiloscyllium plagiosum (シロボシテンジク)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.85 Å

データ登録者

Zhu, J. / Xu, T. / Feng, B. / Liu, J.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Small Methods / 年: 2022
タイトル: A Class of Shark-Derived Single-Domain Antibodies can Broadly Neutralize SARS-Related Coronaviruses and the Structural Basis of Neutralization and Omicron Escape.
著者: Feng, B. / Chen, Z. / Sun, J. / Xu, T. / Wang, Q. / Yi, H. / Niu, X. / Zhu, J. / Fan, M. / Hou, R. / Shao, Y. / Huang, S. / Li, C. / Hu, P. / Zheng, P. / He, P. / Luo, J. / Yan, Q. / Xiong, X. ...

履歴

登録	2021年7月11日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年7月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年8月3日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7fbj.cif.gz	978.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7fbj.ent.gz	821.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7fbj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fb/7fbj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fb/7fbj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7fbkC 2i26S 7eamS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #264 - 2021年12月 SARSコロナウイルス2型スパイク変異体 (SARS-CoV-2 Spike Variants) 類似性 (1) #246 - 2020年6月 SARSコロナウイルス2 スパイク (SARS-CoV-2 Spike) 類似性 (1) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#264 - 2021年12月
SARSコロナウイルス2型スパイク変異体 (SARS-CoV-2 Spike Variants)
類似性 (1)
#246 - 2020年6月
SARSコロナウイルス2 スパイク (SARS-CoV-2 Spike)
類似性 (1)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Spike protein S1

B: New antigen receptor variable domain

C: Spike protein S1

D: New antigen receptor variable domain

E: Spike protein S1

F: New antigen receptor variable domain

G: Spike protein S1

H: New antigen receptor variable domain

I: Spike protein S1

J: New antigen receptor variable domain

K: Spike protein S1

L: New antigen receptor variable domain

M: Spike protein S1

N: New antigen receptor variable domain

O: Spike protein S1

P: New antigen receptor variable domain

ヘテロ分子

319 kDa, 16 ポリマー
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1

A: Spike protein S1

B: New antigen receptor variable domain

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
39.7 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Spike protein S1

D: New antigen receptor variable domain

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.7 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Spike protein S1

F: New antigen receptor variable domain

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.7 kDa, 2 ポリマー
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4

G: Spike protein S1

H: New antigen receptor variable domain

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.9 kDa, 2 ポリマー
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5

I: Spike protein S1

J: New antigen receptor variable domain

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.9 kDa, 2 ポリマー
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6

K: Spike protein S1

L: New antigen receptor variable domain

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
40.1 kDa, 2 ポリマー
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7

M: Spike protein S1

N: New antigen receptor variable domain

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.9 kDa, 2 ポリマー
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8

O: Spike protein S1

P: New antigen receptor variable domain

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.9 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	82.020, 73.753, 270.717
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	THR	THR	ALA	ALA	A	A	333 - 528	8 - 203
2	1	THR	THR	ALA	ALA	C	C	333 - 528	8 - 203
1	2	THR	THR	GLY	GLY	A	A	333 - 526	8 - 201
2	2	THR	THR	GLY	GLY	E	E	333 - 526	8 - 201
1	3	THR	THR	ALA	ALA	A	A	333 - 529	8 - 204
2	3	THR	THR	ALA	ALA	G	G	333 - 529	8 - 204
1	4	THR	THR	ALA	ALA	A	A	333 - 529	8 - 204
2	4	THR	THR	ALA	ALA	I	I	333 - 529	8 - 204
1	5	THR	THR	ALA	ALA	A	A	333 - 529	8 - 204
2	5	THR	THR	ALA	ALA	K	K	333 - 529	8 - 204
1	6	THR	THR	ALA	ALA	A	A	333 - 529	8 - 204
2	6	THR	THR	ALA	ALA	M	M	333 - 529	8 - 204
1	7	THR	THR	ALA	ALA	A	A	333 - 528	8 - 203
2	7	THR	THR	ALA	ALA	O	O	333 - 528	8 - 203
1	8	ALA	ALA	ASN	ASN	B	B	0 - 109	4 - 113
2	8	ALA	ALA	ASN	ASN	D	D	0 - 109	4 - 113
1	9	ALA	ALA	ASN	ASN	B	B	0 - 109	4 - 113
2	9	ALA	ALA	ASN	ASN	F	F	0 - 109	4 - 113
1	10	ALA	ALA	ASN	ASN	B	B	0 - 109	4 - 113
2	10	ALA	ALA	ASN	ASN	H	H	0 - 109	4 - 113
1	11	ALA	ALA	ASN	ASN	B	B	0 - 109	4 - 113
2	11	ALA	ALA	ASN	ASN	J	J	0 - 109	4 - 113
1	12	ALA	ALA	ASN	ASN	B	B	0 - 109	4 - 113
2	12	ALA	ALA	ASN	ASN	L	L	0 - 109	4 - 113
1	13	ALA	ALA	ASN	ASN	B	B	0 - 109	4 - 113
2	13	ALA	ALA	ASN	ASN	N	N	0 - 109	4 - 113
1	14	GLU	GLU	ASN	ASN	B	B	1 - 109	5 - 113
2	14	GLU	GLU	ASN	ASN	P	P	1 - 109	5 - 113
1	15	THR	THR	GLY	GLY	C	C	333 - 526	8 - 201
2	15	THR	THR	GLY	GLY	E	E	333 - 526	8 - 201
1	16	THR	THR	ALA	ALA	C	C	333 - 528	8 - 203
2	16	THR	THR	ALA	ALA	G	G	333 - 528	8 - 203
1	17	THR	THR	ALA	ALA	C	C	333 - 528	8 - 203
2	17	THR	THR	ALA	ALA	I	I	333 - 528	8 - 203
1	18	THR	THR	ALA	ALA	C	C	333 - 528	8 - 203
2	18	THR	THR	ALA	ALA	K	K	333 - 528	8 - 203
1	19	THR	THR	ALA	ALA	C	C	333 - 528	8 - 203
2	19	THR	THR	ALA	ALA	M	M	333 - 528	8 - 203
1	20	THR	THR	ALA	ALA	C	C	333 - 529	8 - 204
2	20	THR	THR	ALA	ALA	O	O	333 - 529	8 - 204
1	21	ALA	ALA	SER	SER	D	D	0 - 110	4 - 114
2	21	ALA	ALA	SER	SER	F	F	0 - 110	4 - 114
1	22	ALA	ALA	SER	SER	D	D	0 - 110	4 - 114
2	22	ALA	ALA	SER	SER	H	H	0 - 110	4 - 114
1	23	ALA	ALA	SER	SER	D	D	0 - 110	4 - 114
2	23	ALA	ALA	SER	SER	J	J	0 - 110	4 - 114
1	24	ALA	ALA	SER	SER	D	D	0 - 111	4 - 115
2	24	ALA	ALA	SER	SER	L	L	0 - 111	4 - 115
1	25	ALA	ALA	SER	SER	D	D	0 - 110	4 - 114
2	25	ALA	ALA	SER	SER	N	N	0 - 110	4 - 114
1	26	GLU	GLU	SER	SER	D	D	1 - 110	5 - 114
2	26	GLU	GLU	SER	SER	P	P	1 - 110	5 - 114
1	27	THR	THR	GLY	GLY	E	E	333 - 526	8 - 201
2	27	THR	THR	GLY	GLY	G	G	333 - 526	8 - 201
1	28	THR	THR	GLY	GLY	E	E	333 - 526	8 - 201
2	28	THR	THR	GLY	GLY	I	I	333 - 526	8 - 201
1	29	THR	THR	GLY	GLY	E	E	333 - 526	8 - 201
2	29	THR	THR	GLY	GLY	K	K	333 - 526	8 - 201
1	30	THR	THR	GLY	GLY	E	E	333 - 526	8 - 201
2	30	THR	THR	GLY	GLY	M	M	333 - 526	8 - 201
1	31	THR	THR	GLY	GLY	E	E	333 - 526	8 - 201
2	31	THR	THR	GLY	GLY	O	O	333 - 526	8 - 201
1	32	ALA	ALA	SER	SER	F	F	0 - 110	4 - 114
2	32	ALA	ALA	SER	SER	H	H	0 - 110	4 - 114
1	33	ALA	ALA	SER	SER	F	F	0 - 110	4 - 114
2	33	ALA	ALA	SER	SER	J	J	0 - 110	4 - 114
1	34	ALA	ALA	SER	SER	F	F	0 - 110	4 - 114
2	34	ALA	ALA	SER	SER	L	L	0 - 110	4 - 114
1	35	ALA	ALA	SER	SER	F	F	0 - 110	4 - 114
2	35	ALA	ALA	SER	SER	N	N	0 - 110	4 - 114
1	36	GLU	GLU	SER	SER	F	F	1 - 110	5 - 114
2	36	GLU	GLU	SER	SER	P	P	1 - 110	5 - 114
1	37	THR	THR	ALA	ALA	G	G	333 - 530	8 - 205
2	37	THR	THR	ALA	ALA	I	I	333 - 530	8 - 205
1	38	THR	THR	ALA	ALA	G	G	333 - 530	8 - 205
2	38	THR	THR	ALA	ALA	K	K	333 - 530	8 - 205
1	39	THR	THR	ALA	ALA	G	G	333 - 530	8 - 205
2	39	THR	THR	ALA	ALA	M	M	333 - 530	8 - 205
1	40	THR	THR	ALA	ALA	G	G	333 - 528	8 - 203
2	40	THR	THR	ALA	ALA	O	O	333 - 528	8 - 203
1	41	ALA	ALA	SER	SER	H	H	-2 - 111	2 - 115
2	41	ALA	ALA	SER	SER	J	J	-2 - 111	2 - 115
1	42	ALA	ALA	SER	SER	H	H	0 - 110	4 - 114
2	42	ALA	ALA	SER	SER	L	L	0 - 110	4 - 114
1	43	MET	MET	SER	SER	H	H	-1 - 110	3 - 114
2	43	MET	MET	SER	SER	N	N	-1 - 110	3 - 114
1	44	GLU	GLU	SER	SER	H	H	1 - 110	5 - 114
2	44	GLU	GLU	SER	SER	P	P	1 - 110	5 - 114
1	45	THR	THR	ALA	ALA	I	I	333 - 530	8 - 205
2	45	THR	THR	ALA	ALA	K	K	333 - 530	8 - 205
1	46	THR	THR	ALA	ALA	I	I	333 - 530	8 - 205
2	46	THR	THR	ALA	ALA	M	M	333 - 530	8 - 205
1	47	THR	THR	ALA	ALA	I	I	333 - 528	8 - 203
2	47	THR	THR	ALA	ALA	O	O	333 - 528	8 - 203
1	48	ALA	ALA	SER	SER	J	J	0 - 110	4 - 114
2	48	ALA	ALA	SER	SER	L	L	0 - 110	4 - 114
1	49	MET	MET	SER	SER	J	J	-1 - 110	3 - 114
2	49	MET	MET	SER	SER	N	N	-1 - 110	3 - 114
1	50	GLU	GLU	SER	SER	J	J	1 - 110	5 - 114
2	50	GLU	GLU	SER	SER	P	P	1 - 110	5 - 114
1	51	THR	THR	ALA	ALA	K	K	333 - 530	8 - 205
2	51	THR	THR	ALA	ALA	M	M	333 - 530	8 - 205
1	52	THR	THR	ALA	ALA	K	K	333 - 528	8 - 203
2	52	THR	THR	ALA	ALA	O	O	333 - 528	8 - 203
1	53	ALA	ALA	SER	SER	L	L	0 - 110	4 - 114
2	53	ALA	ALA	SER	SER	N	N	0 - 110	4 - 114
1	54	GLU	GLU	SER	SER	L	L	1 - 110	5 - 114
2	54	GLU	GLU	SER	SER	P	P	1 - 110	5 - 114
1	55	THR	THR	ALA	ALA	M	M	333 - 528	8 - 203
2	55	THR	THR	ALA	ALA	O	O	333 - 528	8 - 203
1	56	GLU	GLU	SER	SER	N	N	1 - 110	5 - 114
2	56	GLU	GLU	SER	SER	P	P	1 - 110	5 - 114

NCSアンサンブル:

-
タンパク質 , 2種, 16分子 ACEGIKMOBDFHJLNP

#1: タンパク質	Spike protein S1 分子量: 25623.520 Da / 分子数: 8 / 断片: receptor binding domain / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 遺伝子: S, 2 / プラスミド: pSECtag2A / 細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DTC2
#2: タンパク質	New antigen receptor variable domain 分子量: 13892.436 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chiloscyllium plagiosum (シロボシテンジク) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
糖 , 3種, 8分子

#3: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 多糖

beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#5: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 1種, 12分子

#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.51 % / Mosaicity: 0 °
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 詳細: 0.22M Sodium citrate tribasic dihydrate 23% PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月8日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97915 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.85→135.36 Å / Num. obs: 76077 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.1 % / CC_1/2: 0.961 / R_merge(I) obs: 0.129 / R_pim(I) all: 0.064 / R_rim(I) all: 0.145 / Net I/σ(I): 7.2 / Num. measured all: 390964 / Scaling rejects: 4446

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.85-2.91	5.3	0.646	23633	4462	0.877	0.306	0.717	1.8	99.2
14.25-135.36	3.8	0.075	2530	661	0.929	0.046	0.089	10.7	96.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
DIALS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2i26, 7eam

2i26

7eam

解像度: 2.85→90.4 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.864 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.822 / SU B: 50.198 / SU ML: 0.412 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.452 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.3004	3645	4.8 %	RANDOM
R_work	0.2537	-	-	-
obs	0.2559	72371	99.75 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 189.96 Å² / B_iso mean: 79.508 Å² / B_iso min: 39.86 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	7.18 Å²	-0 Å²	-0.04 Å²
2-	-	0.06 Å²	0 Å²
3-	-	-	-7.25 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.85→90.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19282	0	193	12	19487
B_iso mean	-	-	119.57	59.08	-
残基数	-	-	-	-	2480

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	19993
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.014	17951
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.794	1.666	27194
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.332	1.591	41329
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.042	5	2464
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.209	21.953	1024
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.885	15	3058
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.899	15	120
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	2630
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	22923
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	4962

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	6150	0.06
1	2	C	6150	0.06
2	1	A	6139	0.05
2	2	E	6139	0.05
3	1	A	6087	0.07
3	2	G	6087	0.07
4	1	A	6085	0.07
4	2	I	6085	0.07
5	1	A	6117	0.07
5	2	K	6117	0.07
6	1	A	6204	0.06
6	2	M	6204	0.06
7	1	A	6085	0.07
7	2	O	6085	0.07
8	1	B	3293	0.04
8	2	D	3293	0.04
9	1	B	3284	0.05
9	2	F	3284	0.05
10	1	B	3219	0.06
10	2	H	3219	0.06
11	1	B	3215	0.09
11	2	J	3215	0.09
12	1	B	3183	0.07
12	2	L	3183	0.07
13	1	B	3294	0.07
13	2	N	3294	0.07
14	1	B	3201	0.06
14	2	P	3201	0.06
15	1	C	6164	0.04
15	2	E	6164	0.04
16	1	C	6087	0.06
16	2	G	6087	0.06
17	1	C	6083	0.06
17	2	I	6083	0.06
18	1	C	6090	0.06
18	2	K	6090	0.06
19	1	C	6186	0.05
19	2	M	6186	0.05
20	1	C	6109	0.06
20	2	O	6109	0.06
21	1	D	3342	0.02
21	2	F	3342	0.02
22	1	D	3245	0.06
22	2	H	3245	0.06
23	1	D	3242	0.08
23	2	J	3242	0.08
24	1	D	3221	0.07
24	2	L	3221	0.07
25	1	D	3268	0.07
25	2	N	3268	0.07
26	1	D	3232	0.06
26	2	P	3232	0.06
27	1	E	6091	0.05
27	2	G	6091	0.05
28	1	E	6084	0.05
28	2	I	6084	0.05
29	1	E	6111	0.06
29	2	K	6111	0.06
30	1	E	6121	0.05
30	2	M	6121	0.05
31	1	E	6119	0.05
31	2	O	6119	0.05
32	1	F	3236	0.06
32	2	H	3236	0.06
33	1	F	3235	0.08
33	2	J	3235	0.08
34	1	F	3204	0.07
34	2	L	3204	0.07
35	1	F	3279	0.07
35	2	N	3279	0.07
36	1	F	3228	0.06
36	2	P	3228	0.06
37	1	G	6271	0.04
37	2	I	6271	0.04
38	1	G	6185	0.05
38	2	K	6185	0.05
39	1	G	6064	0.07
39	2	M	6064	0.07
40	1	G	6097	0.06
40	2	O	6097	0.06
41	1	H	3351	0.07
41	2	J	3351	0.07
42	1	H	3252	0.06
42	2	L	3252	0.06
43	1	H	3225	0.09
43	2	N	3225	0.09
44	1	H	3240	0.05
44	2	P	3240	0.05
45	1	I	6179	0.05
45	2	K	6179	0.05
46	1	I	6058	0.07
46	2	M	6058	0.07
47	1	I	6088	0.06
47	2	O	6088	0.06
48	1	J	3246	0.07
48	2	L	3246	0.07
49	1	J	3249	0.08
49	2	N	3249	0.08
50	1	J	3257	0.06
50	2	P	3257	0.06
51	1	K	6115	0.07
51	2	M	6115	0.07
52	1	K	6179	0.05
52	2	O	6179	0.05
53	1	L	3170	0.09
53	2	N	3170	0.09
54	1	L	3257	0.03
54	2	P	3257	0.03
55	1	M	6079	0.07
55	2	O	6079	0.07
56	1	N	3193	0.08
56	2	P	3193	0.08

LS精密化シェル

解像度: 2.85→2.924 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.387	278	-
R_work	0.363	5322	-
all	-	5600	-
obs	-	-	99.77 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4114	-0.6163	-0.7914	1.1666	0.5527	1.8686	0.0899	-0.0836	0.0329	0.1742	0.0594	-0.0999	0.0715	0.369	-0.1493	0.0641	-0.0173	-0.0261	0.3802	-0.1213	0.3023	30.854	27.6	-46.63
2	3.7996	1.1973	-1.2787	1.4039	-1.0714	1.9683	0.1529	0.0639	-0.6098	-0.1655	-0.1409	0.0533	0.1592	-0.0232	-0.0119	0.0848	-0.0254	-0.1127	0.2701	-0.1328	0.3703	13.458	12.716	-59.872
3	2.2293	0.2931	0.4919	1.718	0.9672	0.8968	0.2974	-0.1376	-0.508	-0.0905	-0.0507	0.0315	0.1756	-0.2084	-0.2467	0.1904	-0.0879	-0.2431	0.3326	0.01	0.3602	23.015	17.511	-115.184
4	2.6259	-1.8545	-1.4209	3.88	0.2042	1.1982	0.111	0.2777	-0.0667	-0.1857	0.0312	0.3628	-0.0867	-0.4997	-0.1422	0.3502	0.2335	-0.2625	0.6245	-0.007	0.2936	7.731	36.241	-126.561
5	1.7673	-0.2138	-0.4259	1.9826	0.9517	0.9693	0.2322	0.1717	0.4583	0.0905	-0.0174	0.0792	-0.233	-0.2571	-0.2148	0.1689	0.107	0.1849	0.3066	-0.0011	0.2939	-17.879	-0.505	-20.27
6	2.365	1.7999	1.6183	3.4072	0.4081	1.5985	0.1371	-0.2363	0.0637	0.1549	0.0687	0.4038	0.0902	-0.4903	-0.2057	0.3003	-0.2347	0.2169	0.5773	0.0194	0.2807	-33.343	-19.24	-8.843
7	1.7606	0.0206	1.093	0.3946	-0.0171	1.1101	-0.0751	-0.3385	-0.2829	0.1564	0.1552	0.2504	0.2493	-0.098	-0.0801	0.3062	0.1042	0.2073	0.3589	0.1654	0.2702	2.971	20.556	-15.969
8	1.363	-1.031	-0.4674	2.2544	1.1269	1.9808	-0.3009	-0.4316	0.0664	0.2062	0.3527	-0.1452	0.1215	0.0522	-0.0518	0.0983	0.0731	0.0422	0.3637	-0.0465	0.1703	7.099	46.136	-22.204
9	2.0723	-0.1238	-1.1756	0.568	0.0784	1.0916	-0.1289	0.3984	0.2929	-0.1602	0.1748	0.2153	-0.2568	-0.1537	-0.0459	0.3447	-0.0965	-0.2335	0.3632	0.1518	0.2661	-38.011	-3.443	-119.367
10	1.0036	0.5488	0.473	2.6231	0.5723	1.4658	-0.2734	0.3414	-0.0768	-0.3157	0.3019	-0.1396	-0.1102	0.0672	-0.0285	0.1448	-0.0866	-0.074	0.4117	-0.0661	0.1935	-33.913	-29.041	-113.193
11	0.8982	-0.6824	0.1386	2.5497	-2.1241	2.1764	-0.0957	0.008	-0.102	-0.4424	0.363	0.2366	0.5561	-0.5426	-0.2673	0.166	-0.1795	-0.0593	0.4557	-0.0245	0.2313	-23.164	-27.251	-52.362
12	2.6911	-0.8465	-1.1705	0.6706	0.0925	2.5552	0.1376	0.1654	0.1135	-0.2761	-0.1533	-0.1162	-0.1819	-0.2602	0.0157	0.2326	0.0179	0.0882	0.2263	-0.0487	0.1967	2.383	-22.235	-45.094
13	1.7837	0.91	0.5254	1.1414	0.6227	1.7513	0.0588	0.0256	-0.1143	-0.122	0.1172	-0.1226	-0.1368	0.3041	-0.176	0.0564	0.0082	-0.0488	0.3561	-0.117	0.3138	-10.319	-10.798	-88.724
14	3.5847	-1.0546	0.9093	1.5478	-0.9621	1.1499	0.0849	-0.119	0.5703	0.1611	-0.1706	0.0498	-0.1038	-0.0153	0.0857	0.0617	0.048	0.0257	0.2737	-0.1734	0.3261	-27.586	4.269	-75.568
15	1.2235	0.6714	0.1895	2.7527	-2.2496	2.4079	-0.0992	-0.0792	0.0543	0.4477	0.4105	0.2671	-0.5259	-0.5398	-0.3113	0.1314	0.1905	0.0383	0.4869	-0.0151	0.2297	17.854	-29.496	-82.958
16	3.1508	0.4309	1.7028	0.9344	0.2614	2.542	0.0942	-0.1735	-0.0527	0.306	-0.1413	-0.1645	0.2582	-0.3268	0.0471	0.1907	-0.0129	-0.1366	0.2189	-0.0363	0.1741	43.536	-34.365	-90.291

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	332 - 701
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	0 - 110
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	333 - 701
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	0 - 111
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	333 - 701
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	0 - 112
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	333 - 530
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	-2 - 111
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	333 - 530
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	-2 - 111
11	X-RAY DIFFRACTION	11	K	333 - 530
12	X-RAY DIFFRACTION	12	L	0 - 111
13	X-RAY DIFFRACTION	13	M	333 - 530
14	X-RAY DIFFRACTION	14	N	-1 - 111
15	X-RAY DIFFRACTION	15	O	333 - 529
16	X-RAY DIFFRACTION	16	P	1 - 111

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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