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- PDB-7fbh: geranyl pyrophosphate C6-methyltransferase BezA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7fbh
タイトルgeranyl pyrophosphate C6-methyltransferase BezA
要素BezA
キーワードTRANSFERASE / methyltransferase geranyl pyrophosphate S-adenosylmethionine
機能・相同性LYSINE
機能・相同性情報
生物種Streptomyces sp. RI18 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Tsutsumi, H. / Moriwaki, Y. / Terada, T. / Shimizu, K. / Katsuyama, Y. / Ohnishi, Y.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)19H04645 日本
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2022
タイトル: Structural and Molecular Basis of the Catalytic Mechanism of Geranyl Pyrophosphate C6-Methyltransferase: Creation of an Unprecedented Farnesyl Pyrophosphate C6-Methyltransferase.
著者: Tsutsumi, H. / Moriwaki, Y. / Terada, T. / Shimizu, K. / Shin-Ya, K. / Katsuyama, Y. / Ohnishi, Y.
履歴
登録2021年7月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月16日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年3月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BezA
B: BezA
C: BezA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,47316
ポリマ－100,8173
非ポリマー1,65613
水4,288238
1
A: BezA
ヘテロ分子

A: BezA
ヘテロ分子

A: BezA
ヘテロ分子

A: BezA
ヘテロ分子

B: BezA
ヘテロ分子

B: BezA
ヘテロ分子

B: BezA
ヘテロ分子

B: BezA
ヘテロ分子

C: BezA
ヘテロ分子

C: BezA
ヘテロ分子

C: BezA
ヘテロ分子

C: BezA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)409,89264
ポリマ－403,26812
非ポリマー6,62452
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_565x,-y+1,-z1
crystal symmetry operation5_444x-1/2,y-1/2,z-1/21
crystal symmetry operation6_564-x+1/2,-y+3/2,z-1/21
crystal symmetry operation7_545-x+1/2,y-1/2,-z+1/21
crystal symmetry operation8_465x-1/2,-y+3/2,-z+1/21
crystal symmetry operation5_454x-1/2,y+1/2,z-1/21
crystal symmetry operation6_554-x+1/2,-y+1/2,z-1/21
crystal symmetry operation7_555-x+1/2,y+1/2,-z+1/21
crystal symmetry operation8_455x-1/2,-y+1/2,-z+1/21
Buried area26390 Å2
ΔGint-105 kcal/mol
Surface area126760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.666, 118.670, 196.111
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Space group name HallI22
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-402-

GOL

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 BezA


分子量: 33605.676 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces sp. RI18 (バクテリア)
プラスミド: pColdI / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

-
非ポリマー , 5種, 251分子

#2: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-LYS / LYSINE / 2-アンモニオ-2-デアミノ-L-リシン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.195 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N2O2
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.24 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M HEPES (pH 7.5), 25% PEG3350, 0.2 M CH3COONH4. 0.01 M spermine tetrahydrochloride

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→47.34 Å / Num. obs: 57399 / % possible obs: 97.95 % / 冗長度: 24.2 % / Biso Wilson estimate: 31.42 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.145 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.148 / Net I/σ(I): 21.1
反射 シェル解像度: 2.1→2.1 Å / 冗長度: 12.9 % / Rmerge(I) obs: 1.238 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 3899 / CC1/2: 0.719 / Rpim(I) all: 0.363 / Rrim(I) all: 1.295 / % possible all: 87.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158モデル構築
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→47.34 Å / SU ML: 0.2578 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.0826
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2364 2904 5.06 %
Rwork0.201 54495 -
obs0.2029 57399 97.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 36.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→47.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6428 0 105 238 6771
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00776704
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.02089096
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0524949
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00931180
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.7952970
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.130.3262930.29872270X-RAY DIFFRACTION86.02
2.13-2.170.37371280.27692312X-RAY DIFFRACTION88.86
2.17-2.210.30851220.2662436X-RAY DIFFRACTION92.31
2.21-2.250.41391290.33832462X-RAY DIFFRACTION93.17
2.25-2.30.33671310.2812498X-RAY DIFFRACTION96.44
2.3-2.350.30311380.22772637X-RAY DIFFRACTION100
2.35-2.40.29451400.22442623X-RAY DIFFRACTION100
2.4-2.460.27061340.21412623X-RAY DIFFRACTION99.96
2.46-2.530.29751450.22812650X-RAY DIFFRACTION100
2.53-2.610.25831310.23222652X-RAY DIFFRACTION100
2.61-2.690.26541530.2262578X-RAY DIFFRACTION100
2.69-2.790.31821390.23192645X-RAY DIFFRACTION100
2.79-2.90.26151440.21912632X-RAY DIFFRACTION100
2.9-3.030.24691380.21512641X-RAY DIFFRACTION100
3.03-3.190.26291540.21952654X-RAY DIFFRACTION99.96
3.19-3.390.24881490.21282647X-RAY DIFFRACTION99.96
3.39-3.650.24461500.19422642X-RAY DIFFRACTION99.93
3.65-4.020.17311380.17442665X-RAY DIFFRACTION99.82
4.02-4.60.16251330.14932702X-RAY DIFFRACTION100
4.6-5.790.20841610.16232702X-RAY DIFFRACTION100
5.79-47.340.16561540.15742824X-RAY DIFFRACTION99.93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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