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- PDB-3zvj: Crystal structure of high molecular weight (HMW) form of Peroxire... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zvj
タイトルCrystal structure of high molecular weight (HMW) form of Peroxiredoxin I from Schistosoma mansoni
要素(THIOREDOXIN PEROXIDASE) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / SCHISTOSOMIASIS / CHAPERONE / THIOREDOXIN FOLD
機能・相同性
機能・相同性情報


thioredoxin-dependent peroxiredoxin / thioredoxin peroxidase activity / cellular response to stress / cell redox homeostasis / hydrogen peroxide catabolic process / response to oxidative stress / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Peroxiredoxin, AhpC-type / : / Peroxiredoxin, C-terminal / C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin ...Peroxiredoxin, AhpC-type / : / Peroxiredoxin, C-terminal / C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Thioredoxin peroxidase
類似検索 - 構成要素
生物種SCHISTOSOMA MANSONI (マンソン住血吸虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Saccoccia, F. / Angelucci, F. / Bellelli, A. / Boumis, G. / Brunori, M. / Miele, A.E.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: Moonlighting by Different Stressors: Crystal Structure of the Chaperone Species of a 2-Cys Peroxiredoxin.
著者: Saccoccia, F. / Di Micco, P. / Boumis, G. / Brunori, M. / Koutris, I. / Miele, A.E. / Morea, V. / Sriratana, P. / Williams, D.L. / Bellelli, A. / Angelucci, F.
履歴
登録2011年7月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: THIOREDOXIN PEROXIDASE
B: THIOREDOXIN PEROXIDASE
C: THIOREDOXIN PEROXIDASE
D: THIOREDOXIN PEROXIDASE
E: THIOREDOXIN PEROXIDASE
F: THIOREDOXIN PEROXIDASE
G: THIOREDOXIN PEROXIDASE
H: THIOREDOXIN PEROXIDASE
I: THIOREDOXIN PEROXIDASE
J: THIOREDOXIN PEROXIDASE
K: THIOREDOXIN PEROXIDASE
L: THIOREDOXIN PEROXIDASE
M: THIOREDOXIN PEROXIDASE
N: THIOREDOXIN PEROXIDASE
O: THIOREDOXIN PEROXIDASE
P: THIOREDOXIN PEROXIDASE
Q: THIOREDOXIN PEROXIDASE
R: THIOREDOXIN PEROXIDASE
S: THIOREDOXIN PEROXIDASE
T: THIOREDOXIN PEROXIDASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)497,04220
ポリマ－497,04220
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area50170 Å2
ΔGint-334.1 kcal/mol
Surface area164110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.911, 204.940, 126.845
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.60, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
THIOREDOXIN PEROXIDASE / PEROXIREDOXIN 1 / THIOREDOXIN PEROXIDASE 1


分子量: 24852.109 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SCHISTOSOMA MANSONI (マンソン住血吸虫)
プラスミド: PRSETA / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BLR(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: O97161, peroxiredoxin
#2: タンパク質 THIOREDOXIN PEROXIDASE / PEROXIREDOXIN 1 / THIOREDOXIN PEROXIDASE 1


分子量: 24852.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SCHISTOSOMA MANSONI (マンソン住血吸虫)
プラスミド: PRSETA / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BLR(DE3)PLYSS / 参照: UniProt: O97161, peroxiredoxin

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.81 %
解説: PERFECT PSEUDOMEROHEDRALLY TWINNED CRYSTAL. THE TWINNING WAS TAKEN INTO ACCOUNT AND IT WAS OVERCOME ONLY DURING REFINEMENT STEPS, NOT DURING DATA REDUCTION.
結晶化pH: 4.2
詳細: 20% PEG 8000, 0.2M SODIUM CHLORIDE, 0.1M PHOSPHATE-CITRATE, PH 4.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: L,-K,H / Fraction: 0.5
反射解像度: 3→29.86 Å / Num. obs: 112406 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 13.03 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.24 / Net I/σ(I): 6.14
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 2.85 / % possible all: 91.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3ZTL

3ztl


解像度: 3→29.857 Å / σ(F): 2.2 / 位相誤差: 23.91 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
詳細: PERFECT PSEUDOMEROHEDRALLY TWINNED CRYSTAL. THE TWINNING WAS TAKEN INTO ACCOUNT AND IT WAS OVERCOME ONLY DURING REFINEMENT STEPS, NOT DURING DATA REDUCTION. PERFECT PSEUDOMEROHEDRALLY TWINNED ...詳細: PERFECT PSEUDOMEROHEDRALLY TWINNED CRYSTAL. THE TWINNING WAS TAKEN INTO ACCOUNT AND IT WAS OVERCOME ONLY DURING REFINEMENT STEPS, NOT DURING DATA REDUCTION. PERFECT PSEUDOMEROHEDRALLY TWINNED CRYSTAL. THE TWINNING WAS TAKEN INTO ACCOUNT AND IT WAS OVERCOME ONLY DURING REFINEMENT STEPS, NOT DURING DATA REDUCTION.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2695 5845 5.2 %
Rwork0.2191 --
obs0.2328 112406 95.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.16 Å / VDWプローブ半径: 0.5 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 0.001 Å2 / ksol: 0.366 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 40.427 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--19.4053 Å20 Å24.1235 Å2
2---8.256 Å20 Å2
3----15.4632 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→29.857 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数26988 0 0 0 26988
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00727597
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.99437281
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.06710255
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074004
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0054938
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0029-3.05470.3132810.21674946X-RAY DIFFRACTION85
3.0547-3.11020.31712500.21225130X-RAY DIFFRACTION88
3.1102-3.16990.31522850.2225213X-RAY DIFFRACTION89
3.1699-3.23460.28832800.21915135X-RAY DIFFRACTION89
3.2346-3.30480.27632780.21445250X-RAY DIFFRACTION90
3.3048-3.38160.28832520.21075286X-RAY DIFFRACTION91
3.3816-3.4660.28522890.20135313X-RAY DIFFRACTION91
3.466-3.55960.26042850.19945413X-RAY DIFFRACTION92
3.5596-3.66410.27133110.21925333X-RAY DIFFRACTION91
3.6641-3.78220.26392860.21235347X-RAY DIFFRACTION92
3.7822-3.91710.2722640.21095451X-RAY DIFFRACTION93
3.9171-4.07360.29152920.21725446X-RAY DIFFRACTION93
4.0736-4.25850.29472860.24995310X-RAY DIFFRACTION91
4.2585-4.48230.28273030.2415445X-RAY DIFFRACTION92
4.4823-4.7620.28793000.23815408X-RAY DIFFRACTION93
4.762-5.1280.3092810.26535431X-RAY DIFFRACTION93
5.128-5.64090.34162670.29825441X-RAY DIFFRACTION93
5.6409-6.450.35992670.29295466X-RAY DIFFRACTION93
6.45-8.09940.29972840.29865384X-RAY DIFFRACTION91
8.0994-29.85810.21042860.18085582X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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