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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7fam | ||||||
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タイトル | Co-crystal Structure of Toxoplasma gondii Prolyl tRNA Synthetase (TgPRS) in complex with L97 and L-pro | ||||||
要素 | Prolyl-tRNA synthetase (ProRS) | ||||||
キーワード | TRANSLATION (翻訳 (生物学)) / Inhibitor-Bound Structural Comparison / Multi-drug | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 プロリンtRNAリガーゼ / proline-tRNA ligase activity / prolyl-tRNA aminoacylation / aminoacyl-tRNA synthetase multienzyme complex / aminoacyl-tRNA editing activity / ATP binding / metal ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.42 Å | ||||||
データ登録者 | Mishra, S. / Malhotra, N. / Yogavel, M. / Sharma, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2023 タイトル: Targeting prolyl-tRNA synthetase via a series of ATP-mimetics to accelerate drug discovery against toxoplasmosis. 著者: Yogavel, M. / Bougdour, A. / Mishra, S. / Malhotra, N. / Chhibber-Goel, J. / Bellini, V. / Harlos, K. / Laleu, B. / Hakimi, M.A. / Sharma, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7fam.cif.gz | 212.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7fam.ent.gz | 167.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7fam.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fa/7fam ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fa/7fam | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7f98C 7f99C 7f9aC 7f9bC 7f9cC 7f9dC 7fakC 7falC 7fanC 7vc1C 7vc2C 7vc3C 6aa0S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 57937.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) 遺伝子: TGRH88_057780 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7J6JUK2 |
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#2: 化合物 | ChemComp-1XK / |
#3: 化合物 | ChemComp-PRO / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.23 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Morpheus H3 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9804 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9804 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.42→52.874 Å / Num. obs: 22556 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.985 / Net I/σ(I): 7.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.42→2.48 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 1640 / CC1/2: 0.898 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6aa0 解像度: 2.42→52.874 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.43 / 位相誤差: 25.58 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 116.52 Å2 / Biso mean: 57.7333 Å2 / Biso min: 28.4 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.42→52.874 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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