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- PDB-7fak: Co-crystal Structure of Toxoplasma gondii Prolyl tRNA Synthetase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7fak
タイトルCo-crystal Structure of Toxoplasma gondii Prolyl tRNA Synthetase (TgPRS) in complex with L96 and L-pro
要素Prolyl-tRNA synthetase (ProRS)
キーワードTRANSLATION/INHIBITOR / Inhibitor-Bound Structural Comparison / Multi-drug / TRANSLATION-INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


proline-tRNA ligase / proline-tRNA ligase activity / prolyl-tRNA aminoacylation / aminoacyl-tRNA synthetase multienzyme complex / aminoacyl-tRNA deacylase activity / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
YbaK/aminoacyl-tRNA synthetase-associated domain / Aminoacyl-tRNA editing domain / Proline-tRNA ligase, class IIa / YbaK/aminoacyl-tRNA synthetase-associated domain superfamily / Prolyl-tRNA synthetase, catalytic domain / Proline-tRNA ligase, class II, C-terminal / Prolyl-tRNA synthetase, C-terminal / Prolyl-tRNA synthetase, C-terminal / Proline-tRNA ligase, class IIa, archaeal-type / Prolyl-tRNA synthetase, class II ...YbaK/aminoacyl-tRNA synthetase-associated domain / Aminoacyl-tRNA editing domain / Proline-tRNA ligase, class IIa / YbaK/aminoacyl-tRNA synthetase-associated domain superfamily / Prolyl-tRNA synthetase, catalytic domain / Proline-tRNA ligase, class II, C-terminal / Prolyl-tRNA synthetase, C-terminal / Prolyl-tRNA synthetase, C-terminal / Proline-tRNA ligase, class IIa, archaeal-type / Prolyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (G/ P/ S/T) / tRNA synthetase class II core domain (G, H, P, S and T) / Anticodon-binding / Anticodon binding domain / Anticodon-binding domain superfamily / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL)
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1UI / ACETATE ION / FORMIC ACID / PROLINE / proline--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.899 Å
データ登録者Malhotra, N. / Mishra, S. / Yogavel, M. / Sharma, A.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Biotechnology (DBT, India) インド
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2023
タイトル: Targeting prolyl-tRNA synthetase via a series of ATP-mimetics to accelerate drug discovery against toxoplasmosis.
著者: Yogavel, M. / Bougdour, A. / Mishra, S. / Malhotra, N. / Chhibber-Goel, J. / Bellini, V. / Harlos, K. / Laleu, B. / Hakimi, M.A. / Sharma, A.
履歴
登録2021年7月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年3月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Prolyl-tRNA synthetase (ProRS)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,35917
ポリマ－57,9371
非ポリマー1,42116
水5,152286
1
A: Prolyl-tRNA synthetase (ProRS)
ヘテロ分子

A: Prolyl-tRNA synthetase (ProRS)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,71734
ポリマ－115,8752
非ポリマー2,84232
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area8820 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area39290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.619, 74.230, 74.648
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.05, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-903-

MES

21A-903-

MES

31A-1156-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Prolyl-tRNA synthetase (ProRS)


分子量: 57937.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
遺伝子: TGRH88_057780 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7J6JUK2

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非ポリマー , 6種, 302分子

#2: 化合物 ChemComp-1UI / 4-[(3S)-3-cyano-3-cyclopropyl-2-oxidanylidene-pyrrolidin-1-yl]-N-[[3-fluoranyl-5-(5-methoxypyridin-3-yl)phenyl]methyl]-6-methyl-pyridine-2-carboxamide


分子量: 499.536 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H26FN5O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-PRO / PROLINE / プロリン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 115.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO2
#4: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#6: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 286 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.93 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I/F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Morpheus G2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→60.811 Å / Num. obs: 45141 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 26.2 Å2 / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.125 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 1.89→1.94 Å / 冗長度: 5.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 2157 / CC1/2: 0.5 / Rrim(I) all: 0.89 / % possible all: 94.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6aa0

6aa0


解像度: 1.899→60.811 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.46 / 位相誤差: 24.27 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2164 2198 4.87 %
Rwork0.1812 --
obs0.1829 45101 98.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.899→60.811 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3913 0 97 286 4296
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0164123
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3095567
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.5643442
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076583
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01727
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8992-1.94050.37381430.32822574X-RAY DIFFRACTION95
1.9405-1.98560.32291480.29952635X-RAY DIFFRACTION98
1.9856-2.03530.2891560.26152597X-RAY DIFFRACTION98
2.0353-2.09030.24161220.22912684X-RAY DIFFRACTION98
2.0903-2.15180.27091570.21362632X-RAY DIFFRACTION98
2.1518-2.22130.23461280.19932668X-RAY DIFFRACTION98
2.2213-2.30070.21521210.19172678X-RAY DIFFRACTION98
2.3007-2.39280.25211360.18622685X-RAY DIFFRACTION99
2.3928-2.50170.24521380.18142695X-RAY DIFFRACTION99
2.5017-2.63360.22241310.18092695X-RAY DIFFRACTION99
2.6336-2.79860.24691280.19132695X-RAY DIFFRACTION99
2.7986-3.01470.22811350.18612691X-RAY DIFFRACTION99
3.0147-3.3180.22431330.1792708X-RAY DIFFRACTION99
3.318-3.79810.21951340.15652755X-RAY DIFFRACTION100
3.7981-4.78490.13581340.13682735X-RAY DIFFRACTION100
4.7849-60.80.18911540.1682776X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1440.10080.23571.02850.03361.69650.0466-0.0749-0.08380.14-0.0333-0.03910.26770.0088-0.01480.22970.0278-0.00370.18240.01660.2187.2716-5.54798.0425
21.5005-0.13050.17371.11720.26651.72290.06040.2229-0.155-0.1246-0.0504-0.07530.24270.1482-0.00880.21380.05990.01550.2022-0.00460.211115.7254-5.7089-4.716
31.5094-0.7968-0.68711.32930.36431.05080.0376-0.09640.05490.10290.0007-0.14150.00860.1183-0.06340.2141-0.0273-0.06330.238-0.0090.199518.34966.579218.3447
42.42473.15962.84344.39673.94763.54460.22520.2443-0.98-0.09870.1989-0.28830.40550.4474-0.44260.1694-0.0047-0.06040.2465-0.04640.293715.4687-7.9522-3.6118
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 333 through 423 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 424 through 603 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 604 through 830 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 902 through 902 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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