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- PDB-7f9l: Crystal structure of the variable region of Plasmodium RIFIN #6 (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7f9l
タイトルCrystal structure of the variable region of Plasmodium RIFIN #6 (PF3D7_1400600) in complex with LAIR1 (with T67L, N69S and A77T mutations)
要素
  • Leukocyte-associated immunoglobulin-like receptor 1
  • Rifin
キーワードIMMUNE SYSTEM / malaria / Plasmodium falciparum / RIFIN
機能・相同性
機能・相同性情報


antigenic variation / immune response-regulating signaling pathway / tertiary granule membrane / specific granule membrane / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / adaptive immune response / Neutrophil degranulation / host cell plasma membrane / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Variant surface antigen Rifin / Rifin / : / Immunoglobulin domain / EF-hand domain pair / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Leukocyte-associated immunoglobulin-like receptor 1 / Rifin
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Xie, Y. / Song, H. / Li, X. / Qi, J. / Gao, G.F.
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2021
タイトル: Structural basis of malarial parasite RIFIN-mediated immune escape against LAIR1.
著者: Xie, Y. / Li, X. / Chai, Y. / Song, H. / Qi, J. / Gao, G.F.
履歴
登録2021年7月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年2月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rifin
B: Rifin
C: Rifin
D: Rifin
E: Rifin
F: Rifin
G: Leukocyte-associated immunoglobulin-like receptor 1
H: Leukocyte-associated immunoglobulin-like receptor 1
I: Leukocyte-associated immunoglobulin-like receptor 1
J: Leukocyte-associated immunoglobulin-like receptor 1
K: Leukocyte-associated immunoglobulin-like receptor 1
L: Leukocyte-associated immunoglobulin-like receptor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)176,63512
ポリマ－176,63512
非ポリマー00
水2,774154
1
A: Rifin

J: Leukocyte-associated immunoglobulin-like receptor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4392
ポリマ－29,4392
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y+1/2,-z+11
Buried area1850 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area14070 Å2
手法PISA
2
B: Rifin
G: Leukocyte-associated immunoglobulin-like receptor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4392
ポリマ－29,4392
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1800 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area14000 Å2
手法PISA
3
C: Rifin

H: Leukocyte-associated immunoglobulin-like receptor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4392
ポリマ－29,4392
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_646-x+1,y-1/2,-z+11
Buried area1830 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area13880 Å2
手法PISA
4
D: Rifin

K: Leukocyte-associated immunoglobulin-like receptor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4392
ポリマ－29,4392
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_657-x+1,y+1/2,-z+21
Buried area1810 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area13780 Å2
手法PISA
5
E: Rifin

I: Leukocyte-associated immunoglobulin-like receptor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4392
ポリマ－29,4392
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_546-x,y-1/2,-z+11
Buried area1830 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area14070 Å2
手法PISA
6
F: Rifin
L: Leukocyte-associated immunoglobulin-like receptor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4392
ポリマ－29,4392
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1280 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area14040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.133, 94.119, 126.033
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 117.941, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質
Rifin


分子量: 17002.520 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫)
株: isolate 3D7 / 遺伝子: PF3D7_1400600 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8IM82
#2: タンパク質
Leukocyte-associated immunoglobulin-like receptor 1 / LAIR-1 / hLAIR1


分子量: 12436.640 Da / 分子数: 6 / Mutation: T67L, N69S, A77T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LAIR1, CD305 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6GTX8
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.48 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M sodium acetate trihydrate pH 3.6, 40% v/v polyethylene glycol 300

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: SDMS / 検出器: CCD / 日付: 2019年3月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 68571 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 45.87 Å2 / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 14.17
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / Num. unique obs: 68571 / CC1/2: 0.519

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3KGR

3kgr


解像度: 2.7→41.88 Å / SU ML: 0.3755 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.646 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2701 2585 4.43 %
Rwork0.2134 55705 -
obs0.2159 58290 84.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 47.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→41.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11655 0 0 154 11809
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.009811843
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.112116072
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05511920
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00642043
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.2317234
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.750.3586260.278941X-RAY DIFFRACTION25.58
2.75-2.80.2934440.28781262X-RAY DIFFRACTION34.29
2.8-2.870.3287820.29091640X-RAY DIFFRACTION45.3
2.87-2.930.36951140.29052157X-RAY DIFFRACTION59.79
2.93-3.010.37551460.29792768X-RAY DIFFRACTION77.29
3.01-3.090.3681910.27213224X-RAY DIFFRACTION90.27
3.09-3.180.35381980.26773470X-RAY DIFFRACTION96.6
3.18-3.280.29771610.26293610X-RAY DIFFRACTION99.6
3.28-3.40.31281310.24333683X-RAY DIFFRACTION99.95
3.4-3.530.28041540.2283641X-RAY DIFFRACTION99.84
3.53-3.690.28781720.21873614X-RAY DIFFRACTION100
3.69-3.890.27051540.20983657X-RAY DIFFRACTION100
3.89-4.130.25111550.19373681X-RAY DIFFRACTION99.95
4.13-4.450.2241780.17693632X-RAY DIFFRACTION100
4.45-4.90.24541500.16933669X-RAY DIFFRACTION100
4.9-5.610.26091880.19583637X-RAY DIFFRACTION99.84
5.61-7.060.27921440.22023711X-RAY DIFFRACTION99.77
7.06-41.880.19231970.17773708X-RAY DIFFRACTION99.26

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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