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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7f98 | ||||||
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タイトル | Homo sapiens Prolyl-tRNA Synthetase (HsPRS) in Complex with L-proline and compound L95 | ||||||
![]() | Bifunctional glutamate/proline--tRNA ligase | ||||||
![]() | LIGASE / PROTEIN TRANSLATION / MALARIA / INHIBITOR / PRS | ||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of long-chain fatty acid import into cell / Selenoamino acid metabolism / glutamate-tRNA ligase / glutamate-tRNA ligase activity / proline-tRNA ligase / proline-tRNA ligase activity / glutamyl-tRNA aminoacylation / prolyl-tRNA aminoacylation / tRNA modification in the nucleus and cytosol / Cytosolic tRNA aminoacylation ...regulation of long-chain fatty acid import into cell / Selenoamino acid metabolism / glutamate-tRNA ligase / glutamate-tRNA ligase activity / proline-tRNA ligase / proline-tRNA ligase activity / glutamyl-tRNA aminoacylation / prolyl-tRNA aminoacylation / tRNA modification in the nucleus and cytosol / Cytosolic tRNA aminoacylation / tRNA aminoacylation for protein translation / aminoacyl-tRNA synthetase multienzyme complex / GAIT complex / cellular response to type II interferon / RNA stem-loop binding / cellular response to insulin stimulus / GTPase binding / negative regulation of translation / ribonucleoprotein complex / protein homodimerization activity / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Malhotra, N. / Manickam, Y. / Sharma, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Targeting prolyl-tRNA synthetase via a series of ATP-mimetics to accelerate drug discovery against toxoplasmosis. 著者: Yogavel, M. / Bougdour, A. / Mishra, S. / Malhotra, N. / Chhibber-Goel, J. / Bellini, V. / Harlos, K. / Laleu, B. / Hakimi, M.A. / Sharma, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 414.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 336.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 4.7 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 4.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 38.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 54.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7f99C ![]() 7f9aC ![]() 7f9bC ![]() 7f9cC ![]() 7f9dC ![]() 7fakC ![]() 7falC ![]() 7famC ![]() 7fanC ![]() 7vc1C ![]() 7vc2C ![]() 7vc3C ![]() 5vadS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 57530.840 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P07814, glutamate-tRNA ligase, proline-tRNA ligase |
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-非ポリマー , 6種, 312分子 ![](data/chem/img/JE6.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/PRO.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/PRO.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-CA / #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-CL / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.99 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES, 0.5M CaCl2, 20% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9801 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.998→59.943 Å / Num. obs: 74529 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13.4 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rrim(I) all: 0.094 / Net I/σ(I): 12.62 |
反射 シェル | 解像度: 1.998→2.12 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.79 / Num. unique obs: 11755 / CC1/2: 0.47 / Rrim(I) all: 0.821 / % possible all: 98.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5vad 解像度: 1.999→59.943 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.65 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 122.58 Å2 / Biso mean: 53.9073 Å2 / Biso min: 32.26 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.999→59.943 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 9.4131 Å / Origin y: 11.2281 Å / Origin z: 32.9581 Å
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精密化 TLSグループ |
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