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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7f8t | |||||||||
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タイトル | Re-refinement of the 2XRY X-ray structure of archaeal class II CPD photolyase from Methanosarcina mazei | |||||||||
![]() | Deoxyribodipyrimidine photolyase | |||||||||
![]() | LYASE / Oxidoreductase / redox state / photoreduction / DNA BINDING PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() photoreactive repair / deoxyribodipyrimidine photo-lyase / deoxyribodipyrimidine photo-lyase activity / nucleotide binding / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Maestre-Reyna, M. / Yang, C.-H. / Huang, W.C. / Nango, E. / Gusti-Ngurah-Putu, E.-P. / Franz-Badur, S. / Wu, W.-J. / Wu, H.-Y. / Wang, P.-H. / Liao, J.-H. ...Maestre-Reyna, M. / Yang, C.-H. / Huang, W.C. / Nango, E. / Gusti-Ngurah-Putu, E.-P. / Franz-Badur, S. / Wu, W.-J. / Wu, H.-Y. / Wang, P.-H. / Liao, J.-H. / Lee, C.-C. / Huang, K.-F. / Chang, Y.-K. / Weng, J.-H. / Sugahara, M. / Owada, S. / Joti, Y. / Tanaka, R. / Tono, K. / Kiontke, S. / Yamamoto, J. / Iwata, S. / Essen, L.-O. / Bessho, Y. / Tsai, M.-D. | |||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal Structures of an Archaeal Class II DNA Photolyase and its Complex with Uv-Damaged Duplex DNA. 著者: Kiontke, S. / Geisselbrecht, Y. / Pokorny, R. / Carell, T. / Batschauer, A. / Essen, L.O. | |||||||||
履歴 |
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Remark 0 | This entry 7f8t reflects an alternative modeling of the original structural data R2xrySF determined ...This entry 7f8t reflects an alternative modeling of the original structural data R2xrySF determined by authors of the PDB entry 2XRY: AUTHOR S.KIONTKE,Y.GEISSELBRECHT,R.POKORNY,T.CARELL,A.BATSCHAUER,L.O.ESSEN |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 226 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 176.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 885 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 893.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 24 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 35.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7viwC ![]() 7vixC ![]() 7viyC ![]() 7vizC ![]() 7vj0C ![]() 7vj1C ![]() 7vj2C ![]() 7vj3C ![]() 7vj4C ![]() 7vj5C ![]() 7vj6C ![]() 7vj7C ![]() 7vj8C ![]() 7vj9C ![]() 7vjaC ![]() 7vjbC ![]() 7vjcC ![]() 7vjeC ![]() 7vjgC ![]() 7vjhC ![]() 7vjiC ![]() 7vjjC ![]() 7vjkC ![]() 2xryS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 55123.480 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() | ||||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-FAD / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.25 % / 解説: AUTHOR USED THE SF DATA FROM ENTRY 2XRY. |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.5 M LITHIUM SULFATE, 7.5% (W/V) PEG 8000 |
-データ収集
回折 | Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.88567 Å / 相対比: 1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2XRY 解像度: 1.5→19.94 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 18.13 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→19.94 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 18.6387 Å / Origin y: 24.7176 Å / Origin z: 104.7065 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |