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- PDB-7f8l: Crystal structure of Bat coronavirus RaTG13 ORF8 accessory protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7f8l
タイトルCrystal structure of Bat coronavirus RaTG13 ORF8 accessory protein
要素Nonstructural protein NS8
キーワードVIRAL PROTEIN / nonstructural protein / accessory protein
機能・相同性Non-structural protein ORF8, betacoronavirus / ORF8, SARS-CoV-2 / Betacoronavirus NS8 protein / Nonstructural protein NS8
機能・相同性情報
生物種Bat coronavirus RaTG13 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.762 Å
データ登録者Chen, X. / Zhou, Z. / Chen, S.
引用ジャーナル: Front Immunol / 年: 2021
タイトル: Crystal Structures of Bat and Human Coronavirus ORF8 Protein Ig-Like Domain Provide Insights Into the Diversity of Immune Responses.
著者: Chen, X. / Zhou, Z. / Huang, C. / Zhou, Z. / Kang, S. / Huang, Z. / Jiang, G. / Hong, Z. / Chen, Q. / Yang, M. / He, S. / Liu, S. / Chen, J. / Li, K. / Li, X. / Liao, J. / Chen, J. / Chen, S.
履歴
登録2021年7月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nonstructural protein NS8
B: Nonstructural protein NS8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7526
ポリマ－24,5922
非ポリマー1604
水4,864270
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1840 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area12610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.473, 49.454, 111.220
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Nonstructural protein NS8


分子量: 12295.956 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bat coronavirus RaTG13 (ウイルス)
遺伝子: NS8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6B9WE90
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 270 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.3 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 160 mM Calcium chloride, 80 mM Sodium HEPES pH 7.5, 23% (v/v) PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→50 Å / Num. obs: 21199 / % possible obs: 95.89 % / 冗長度: 8.7 % / Rrim(I) all: 0.114 / Net I/σ(I): 17.2
反射 シェル解像度: 1.76→1.82 Å / Num. unique obs: 1327 / CC1/2: 0.762

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データスケーリング
PHENIXモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7JTL

7jtl


解像度: 1.762→36.95 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.57 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.226 2000 9.86 %
Rwork0.1814 18278 -
obs0.1859 20278 95.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 112.96 Å2 / Biso mean: 27.3484 Å2 / Biso min: 5.77 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.762→36.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1665 0 4 270 1939
Biso mean--40.03 36.25 -
残基数----208
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071718
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8682345
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062256
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006300
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.5091021
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.762-1.80590.3301820.253375957
1.8059-1.85470.26261310.2308118088
1.8547-1.90930.27461400.2409128896
1.9093-1.97090.32141470.25133799
1.9709-2.04140.2451440.1961323100
2.0414-2.12310.26471480.20111345100
2.1231-2.21970.28861490.18811366100
2.2197-2.33670.2861460.20441335100
2.3367-2.48310.24271490.19261369100
2.4831-2.67480.24811490.20181355100
2.6748-2.94390.22861490.18421363100
2.9439-3.36960.23191510.16771375100
3.3696-4.24430.17581530.14321405100
4.2443-36.950.16821620.15771478100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 17.6455 Å / Origin y: -2.9597 Å / Origin z: -14.1437 Å
111213212223313233
T0.0807 Å20.004 Å20.0229 Å2-0.0701 Å20.0056 Å2--0.0525 Å2
L0.7907 °20.0984 °20.2825 °2-0.805 °20.479 °2--0.6927 °2
S0.047 Å °-0.0543 Å °-0.0266 Å °0.201 Å °-0.0658 Å °0.0377 Å °0.1089 Å °-0 Å °-0.116 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA18 - 121
2X-RAY DIFFRACTION1allB18 - 121
3X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 3
4X-RAY DIFFRACTION1allC4
5X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 272

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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