PDB-7f8l: Crystal structure of Bat coronavirus RaTG13 ORF8 accessory protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7f8l

タイトル

Crystal structure of Bat coronavirus RaTG13 ORF8 accessory protein

要素

Nonstructural protein NS8

キーワード

VIRAL PROTEIN / nonstructural protein / accessory protein

機能・相同性

Non-structural protein ORF8, betacoronavirus / ORF8, SARS-CoV-2 / Betacoronavirus NS8 protein / Nonstructural protein NS8

機能・相同性情報

生物種

Bat coronavirus RaTG13 (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.762 Å

データ登録者

Chen, X. / Zhou, Z. / Chen, S.

引用

ジャーナル: Front Immunol / 年: 2021
タイトル: Crystal Structures of Bat and Human Coronavirus ORF8 Protein Ig-Like Domain Provide Insights Into the Diversity of Immune Responses.
著者: Chen, X. / Zhou, Z. / Huang, C. / Zhou, Z. / Kang, S. / Huang, Z. / Jiang, G. / Hong, Z. / Chen, Q. / Yang, M. / He, S. / Liu, S. / Chen, J. / Li, K. / Li, X. / Liao, J. / Chen, J. / Chen, S.

履歴

登録	2021年7月2日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年1月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7f8l.cif.gz	111 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7f8l.ent.gz	83.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7f8l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f8/7f8l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f8/7f8l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7f5fC 7jtlS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2qtp-2 3ws7-d 2r27-d 5xvh-d 1rl3-2 1tfq-d 2fkh-d 3oiq-d 5ufq-1 2wei-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Nonstructural protein NS8

B: Nonstructural protein NS8

ヘテロ分子

24.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.473, 49.454, 111.220
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Nonstructural protein NS8 分子量: 12295.956 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bat coronavirus RaTG13 (ウイルス) 遺伝子: NS8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6B9WE90
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 270 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.3 %
結晶化	温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 160 mM Calcium chloride, 80 mM Sodium HEPES pH 7.5, 23% (v/v) PEG400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.76→50 Å / Num. obs: 21199 / % possible obs: 95.89 % / 冗長度: 8.7 % / R_rim(I) all: 0.114 / Net I/σ(I): 17.2
反射シェル	解像度: 1.76→1.82 Å / Num. unique obs: 1327 / CC_1/2: 0.762

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7JTL

7jtl

解像度: 1.762→36.95 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.57 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.226	2000	9.86 %
R_work	0.1814	18278	-
obs	0.1859	20278	95.86 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 112.96 Å² / B_iso mean: 27.3484 Å² / B_iso min: 5.77 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.762→36.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1665	0	4	270	1939
B_iso mean	-	-	40.03	36.25	-
残基数	-	-	-	-	208

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	1718
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.868	2345
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.062	256
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	300
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	3.509	1021

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.762-1.8059	0.3301	82	0.2533	759	57
1.8059-1.8547	0.2626	131	0.2308	1180	88
1.8547-1.9093	0.2746	140	0.2409	1288	96
1.9093-1.9709	0.3214	147	0.25	1337	99
1.9709-2.0414	0.245	144	0.196	1323	100
2.0414-2.1231	0.2647	148	0.2011	1345	100
2.1231-2.2197	0.2886	149	0.1881	1366	100
2.2197-2.3367	0.286	146	0.2044	1335	100
2.3367-2.4831	0.2427	149	0.1926	1369	100
2.4831-2.6748	0.2481	149	0.2018	1355	100
2.6748-2.9439	0.2286	149	0.1842	1363	100
2.9439-3.3696	0.2319	151	0.1677	1375	100
3.3696-4.2443	0.1758	153	0.1432	1405	100
4.2443-36.95	0.1682	162	0.1577	1478	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 17.6455 Å / Origin y: -2.9597 Å / Origin z: -14.1437 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0807 Å²	0.004 Å²	0.0229 Å²	-	0.0701 Å²	0.0056 Å²	-	-	0.0525 Å²
L	0.7907 °²	0.0984 °²	0.2825 °²	-	0.805 °²	0.479 °²	-	-	0.6927 °²
S	0.047 Å °	-0.0543 Å °	-0.0266 Å °	0.201 Å °	-0.0658 Å °	0.0377 Å °	0.1089 Å °	-0 Å °	-0.116 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	18 - 121
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	18 - 121
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	1 - 3
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	4
5	X-RAY DIFFRACTION	1	all	S	1 - 272

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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