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- PDB-7f8h: Structure-activity relationship studies of allosteric inhibitors ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7f8h
タイトルStructure-activity relationship studies of allosteric inhibitors of EYA2 tyrosine phosphatase
要素Eyes absent homolog 2
キーワードTRANSCRIPTION / eya2 / eyes absent protein / phosphatase / transcription coactivator
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H2AXY142 phosphatase activity / mesodermal cell fate specification / striated muscle tissue development / mitochondrial outer membrane permeabilization / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / positive regulation of DNA repair / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks ...histone H2AXY142 phosphatase activity / mesodermal cell fate specification / striated muscle tissue development / mitochondrial outer membrane permeabilization / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / positive regulation of DNA repair / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / cell differentiation / DNA repair / magnesium ion binding / mitochondrion / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
EYA domain / Eyes absent family / EYA domain superfamily / EYA domain, metazoan / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1SI / Eyes absent homolog 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Anantharajan, J. / Baburajendran, N.
資金援助 シンガポール, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Singapore)OFIRG17may050, NMRC/OFIRG/0051/2017 シンガポール
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2022
タイトル: Structure-activity relationship studies of allosteric inhibitors of EYA2 tyrosine phosphatase.
著者: Anantharajan, J. / Baburajendran, N. / Lin, G. / Loh, Y.Y. / Xu, W. / Ahmad, N.H.B. / Liu, S. / Jansson, A.E. / Kuan, J.W.L. / Ng, E.Y. / Yeo, Y.K. / Hung, A.W. / Joy, J. / Hill, J. / Ford, H. ...著者: Anantharajan, J. / Baburajendran, N. / Lin, G. / Loh, Y.Y. / Xu, W. / Ahmad, N.H.B. / Liu, S. / Jansson, A.E. / Kuan, J.W.L. / Ng, E.Y. / Yeo, Y.K. / Hung, A.W. / Joy, J. / Hill, J. / Ford, H.L. / Zhao, R. / Keller, T.H. / Kang, C.
履歴
登録2021年7月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Eyes absent homolog 2
A: Eyes absent homolog 2
C: Eyes absent homolog 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,1036
ポリマ－99,0793
非ポリマー1,0243
水00
1
B: Eyes absent homolog 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3682
ポリマ－33,0261
非ポリマー3411
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Eyes absent homolog 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3682
ポリマ－33,0261
非ポリマー3411
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Eyes absent homolog 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3682
ポリマ－33,0261
非ポリマー3411
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)144.281, 50.420, 144.281
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.850, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MI121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and ((resid 265 through 269 and (name N...
21(chain B and ((resid 265 through 269 and (name N...
31(chain C and (resid 265 through 309 or (resid 310...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASNASNARGARG(chain A and ((resid 265 through 269 and (name N...AB265 - 26921 - 25
12ASNASNLEULEU(chain A and ((resid 265 through 269 and (name N...AB265 - 53821 - 294
13ASNASNLEULEU(chain A and ((resid 265 through 269 and (name N...AB265 - 53821 - 294
14ASNASNLEULEU(chain A and ((resid 265 through 269 and (name N...AB265 - 53821 - 294
15ASNASNLEULEU(chain A and ((resid 265 through 269 and (name N...AB265 - 53821 - 294
21ASNASNARGARG(chain B and ((resid 265 through 269 and (name N...BA265 - 26921 - 25
22ASNASNLEULEU(chain B and ((resid 265 through 269 and (name N...BA265 - 53821 - 294
23ASNASNLEULEU(chain B and ((resid 265 through 269 and (name N...BA265 - 53821 - 294
24ASNASNLEULEU(chain B and ((resid 265 through 269 and (name N...BA265 - 53821 - 294
25ASNASNLEULEU(chain B and ((resid 265 through 269 and (name N...BA265 - 53821 - 294
31ASNASNGLUGLU(chain C and (resid 265 through 309 or (resid 310...CC265 - 30921 - 65
32GLUGLUGLUGLU(chain C and (resid 265 through 309 or (resid 310...CC31066
33ALAALALEULEU(chain C and (resid 265 through 309 or (resid 310...CC262 - 53818 - 294
34ALAALALEULEU(chain C and (resid 265 through 309 or (resid 310...CC262 - 53818 - 294
35ALAALALEULEU(chain C and (resid 265 through 309 or (resid 310...CC262 - 53818 - 294
36ALAALALEULEU(chain C and (resid 265 through 309 or (resid 310...CC262 - 53818 - 294

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要素

#1: タンパク質 Eyes absent homolog 2


分子量: 33026.348 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EYA2, EAB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O00167, protein-tyrosine-phosphatase
#2: 化合物 ChemComp-1SI / 3-fluoranyl-~{N}-[(~{E})-(5-pyridin-2-ylsulfanylfuran-2-yl)methylideneamino]benzamide


分子量: 341.359 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H12FN3O2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M sodium citrate tribasic dihydrate, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 0.99984 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99984 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→91.01 Å / Num. obs: 17269 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 98.39 Å2 / CC1/2: 0.989 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 3.2→3.42 Å / 冗長度: 3.8 % / Num. unique obs: 3080 / CC1/2: 0.842 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ZMA

5zma


解像度: 3.3→56.003 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.82 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2813 1565 10.01 %
Rwork0.234 14065 -
obs0.2389 15630 99.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 175.63 Å2 / Biso mean: 101.7066 Å2 / Biso min: 49.25 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.3→56.003 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5908 0 72 0 5980
Biso mean--77.87 --
残基数----778
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0026104
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4988299
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041963
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021051
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.2033586
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3442X-RAY DIFFRACTION5.272TORSIONAL
12B3442X-RAY DIFFRACTION5.272TORSIONAL
13C3442X-RAY DIFFRACTION5.272TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.3-3.40650.3881390.3163124499
3.4065-3.52830.3541380.3015126499
3.5283-3.66950.37471370.2882125099
3.6695-3.83650.35821450.27361287100
3.8365-4.03870.31861390.263124299
4.0387-4.29160.28891420.22721281100
4.2916-4.62290.24421440.20851287100
4.6229-5.08780.25591450.2141273100
5.0878-5.82330.30221430.24321291100
5.8233-7.33420.28241440.24691304100
7.3342-56.0030.22181490.1951134299

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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