PDB-7f8d: Malate Dehydrogenase from Geobacillus stearothermophilus (gs-MDH)...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7f8d

タイトル

Malate Dehydrogenase from Geobacillus stearothermophilus (gs-MDH) G218Y mutant

要素

Malate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Malate Dehydrogenase

機能・相同性

機能・相同性情報

malate dehydrogenase / L-malate dehydrogenase (NAD+) activity / L-lactate dehydrogenase (NAD+) activity / lactate metabolic process / tricarboxylic acid cycle / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Shimozawa, Y. / Himiyama, T. / Nakamura, T. / Nishiya, Y.

資金援助

日本, 3件

組織	認可番号	国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	18K06616	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	20K15403	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	20K05740	日本

引用

ジャーナル: Protein Eng.Des.Sel. / 年: 2021
タイトル: Increasing loop flexibility affords low-temperature adaptation of a moderate thermophilic malate dehydrogenase from Geobacillus stearothermophilus.
著者: Shimozawa, Y. / Himiyama, T. / Nakamura, T. / Nishiya, Y.

履歴

登録	2021年7月2日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年2月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7f8d.cif.gz	258.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7f8d.ent.gz	202.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7f8d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7f8d_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7f8d_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	7f8d_validation.xml.gz	45.1 KB	表示
CIF形式データ	7f8d_validation.cif.gz	63 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f8/7f8d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f8/7f8d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7by8S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1u5a-1 2hjr-8 1ldn-1 3h3j-1 4qo8-d 1t3t-d 1oc4-1 1i10-2 4r68-d 7by9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (7) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (7) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Malate dehydrogenase

B: Malate dehydrogenase

C: Malate dehydrogenase

D: Malate dehydrogenase

ヘテロ分子

147 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.424, 110.220, 150.827
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Malate dehydrogenase 分子量: 36038.434 Da / 分子数: 4 / 変異: G218Y / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア) 遺伝子: mdh / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A143T1U9, malate dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.9 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 20 mM Tris-HCl (pH 7.0), 12% PEG 8000, 0.2 M magnesium chloride, 2 mM oxaloacetic acid, 2 mM NAD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→48.51 Å / Num. obs: 51272 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.5 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 21.6
反射シェル	解像度: 2.4→2.47 Å / R_merge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 7.7 / Num. unique obs: 4381 / CC_1/2: 0.973

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0266	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7BY8

7by8

解像度: 2.4→48.509 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.891 / SU B: 8.224 / SU ML: 0.196 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.46 / ESU R Free: 0.284 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2579	2625	5.126 %
R_work	0.1795	48582	-
all	0.184	-	-
obs	-	51207	99.975 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 50.407 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.044 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.002 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.046 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→48.509 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9520	0	176	204	9900

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	9850
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	9700
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.561	1.647	13362
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.266	1.58	22380
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.182	5	1246
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.533	23.005	426
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.58	15	1750
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.568	15	52
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	1346
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	11030
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2002
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.201	0.2	1926
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.177	0.2	8942
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.159	0.2	4809
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	4771
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.154	0.2	290
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.143	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.21	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.126	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.246	5.063	4996
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.245	5.062	4995
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.681	7.583	6238
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.681	7.584	6239
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.39	5.646	4854
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.389	5.646	4855
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.606	8.235	7124
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.606	8.235	7125
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.225	60.129	10551
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.226	60.131	10550

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.4-2.462	0.281	217	0.18	3507	0.186	3724	0.895	0.922	100	0.159
2.462-2.529	0.275	180	0.161	3467	0.166	3647	0.904	0.938	100	0.142
2.529-2.603	0.256	149	0.168	3382	0.172	3531	0.911	0.931	100	0.147
2.603-2.682	0.273	180	0.178	3255	0.183	3435	0.892	0.924	100	0.156
2.682-2.77	0.268	156	0.179	3168	0.183	3324	0.918	0.924	100	0.158
2.77-2.867	0.298	169	0.175	3071	0.181	3240	0.891	0.928	100	0.155
2.867-2.975	0.28	145	0.177	2997	0.181	3142	0.884	0.931	100	0.158
2.975-3.096	0.272	162	0.198	2828	0.202	2990	0.899	0.917	100	0.182
3.096-3.233	0.297	155	0.201	2740	0.206	2895	0.886	0.921	100	0.185
3.233-3.39	0.293	137	0.205	2620	0.209	2757	0.9	0.923	100	0.193
3.39-3.572	0.269	128	0.189	2503	0.193	2631	0.917	0.946	100	0.18
3.572-3.788	0.239	125	0.181	2382	0.184	2510	0.937	0.952	99.8805	0.174
3.788-4.048	0.23	125	0.17	2245	0.174	2371	0.945	0.955	99.9578	0.163
4.048-4.369	0.233	115	0.16	2079	0.163	2194	0.936	0.957	100	0.155
4.369-4.782	0.21	129	0.146	1935	0.15	2064	0.952	0.965	100	0.144
4.782-5.341	0.21	91	0.155	1754	0.158	1845	0.958	0.966	100	0.152
5.341-6.154	0.289	83	0.19	1578	0.194	1661	0.92	0.949	100	0.181
6.154-7.507	0.25	66	0.172	1355	0.175	1421	0.937	0.955	100	0.167
7.507-10.492	0.224	79	0.162	1048	0.166	1127	0.953	0.97	100	0.161
10.492-48.509	0.341	34	0.323	668	0.324	702	0.793	0.799	100	0.308

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関連情報:EMDBヘッダ

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