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万見
- PDB-7f8c: Crystal structure of rRNA methyltransferase Erm38 in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7f8c
タイトルCrystal structure of rRNA methyltransferase Erm38 in complex with sinefungin
要素Erm(38)
キーワードTRANSFERASE / erythromycin resistance methyltransferase / methyltransferase / sinefungin
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA (adenine-N6,N6-)-dimethyltransferase activity / RNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribosomal RNA adenine methylase transferase, conserved site / Ribosomal RNA adenine dimethylases signature. / Ribosomal RNA adenine methylase transferase, N-terminal / Ribosomal RNA adenine dimethylases / Ribosomal RNA adenine methyltransferase KsgA/Erm / Ribosomal RNA adenine dimethylase / rRNA adenine N(6)-methyltransferase family profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
SINEFUNGIN / SUCCINIC ACID / Erm(38)
類似検索 - 構成要素
生物種Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.248 Å
データ登録者Goh, B.C. / Lescar, J.
資金援助 シンガポール, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Singapore) シンガポール
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: Crystal structure and functional analysis of mycobacterial erythromycin resistance methyltransferase Erm38 reveals its RNA-binding site.
著者: Goh, B.C. / Xiang, X. / Lescar, J. / Dedon, P.C.
履歴
登録2021年7月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年7月27日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Erm(38)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4233
ポリマ－28,9231
非ポリマー4992
水2,450136
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area240 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area12360 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)78.018, 78.018, 101.536
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number94
Space group name H-MP42212

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要素

#1: タンパク質 Erm(38)


分子量: 28923.498 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
遺伝子: erm(38) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q79N53
#2: 化合物 ChemComp-SFG / SINEFUNGIN / ADENOSYL-ORNITHINE


分子量: 381.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H23N7O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID


分子量: 118.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.95 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 1.0 M succinic acid pH 7, 5% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.248→48.47 Å / Num. obs: 15503 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 25.9 % / Biso Wilson estimate: 48.43 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rpim(I) all: 0.016 / Rrim(I) all: 0.08 / Net I/σ(I): 31.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.25-2.3223.30.83134313440.930.1670.8184.497.5
8.99-48.47210.023647830810.0050.02395.499.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
BUSTER2.10.3 (19-MAR-2020)精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7F8A

7f8a


解像度: 2.248→48.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU R Cruickshank DPI: 0.257 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.279 / SU Rfree Blow DPI: 0.217 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.211
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2573 761 4.92 %RANDOM
Rwork0.2144 ---
obs0.2166 15465 99.7 %-
原子変位パラメータBiso max: 93.44 Å2 / Biso mean: 43.25 Å2 / Biso min: 26.27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.4206 Å20 Å20 Å2
2--4.4206 Å20 Å2
3----8.8412 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.29 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.248→48.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1884 0 35 136 2055
Biso mean--60.19 51.37 -
残基数----243
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d659SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes326HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1964HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion261SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1684SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d1964HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2679HARMONIC20.88
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.09
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion13.04
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.27 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 39
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3652 17 4.18 %
Rwork0.2176 390 -
all0.223 407 -
obs--89.89 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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