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- PDB-7f88: Crystal structure of GH19 chitinase lacking the third loop structure -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7f88 | ||||||
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Title | Crystal structure of GH19 chitinase lacking the third loop structure | ||||||
![]() | Chitinase A | ||||||
![]() | HYDROLASE / chitinase | ||||||
Function / homology | Glycoside hydrolase, family 19 / Glycoside hydrolase, family 19, catalytic / Chitinase class I / chitinase activity / chitin catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / Lysozyme-like domain superfamily / carbohydrate metabolic process / Chitinase A![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ohnuma, T. / Numata, T. | ||||||
![]() | ![]() Title: A conserved loop structure of GH19 chitinases assists the enzyme function from behind the core-functional region. Authors: Kawamoto, D. / Takashima, T. / Fukamizo, T. / Numata, T. / Ohnuma, T. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 284.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 189 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 446.9 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 447.7 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 25.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 38.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3wh1S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 21990.152 Da / Num. of mol.: 3 / Mutation: Deletion of loop III, E84A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.08 Å3/Da / Density % sol: 40.81 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.2M ammonium citrate dibasic, 20 % w/v polyethylene glycol 3350, pH 5.1 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 95 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 270 / Detector: CCD / Date: Dec 16, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.98 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.6→50 Å / Num. obs: 70086 / % possible obs: 99.4 % / Redundancy: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 14.32 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rpim(I) all: 0.029 / Net I/σ(I): 20.7 |
Reflection shell | Resolution: 1.6→1.63 Å / Rmerge(I) obs: 0.427 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 3458 / Rpim(I) all: 0.191 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3WH1 Resolution: 1.6→45.24 Å / SU ML: 0.1277 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / Phase error: 16.2214 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 18.46 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.6→45.24 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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