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- PDB-7f65: Bacetrial Cocaine Esterase with mutations T172R/G173Q/V116K/S117A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7f65
タイトルBacetrial Cocaine Esterase with mutations T172R/G173Q/V116K/S117A/A51L, bound to benzoic acid
要素Cocaine esterase
キーワードHYDROLASE / Cocaine esterase / mutantions / benzoylecgonine metabolism
機能・相同性
機能・相同性情報


cocaine esterase / cocaine catabolic process / dipeptidyl-peptidase activity / carboxylic ester hydrolase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CocE/Serine esterase / Xaa-Pro dipeptidyl-peptidase, C-terminal / : / X-Pro dipeptidyl-peptidase C-terminal non-catalytic domain / X-Pro dipeptidyl-peptidase C-terminal non-catalytic domain / Xaa-Pro dipeptidyl-peptidase-like domain / X-Pro dipeptidyl-peptidase (S15 family) / Galactose-binding-like domain superfamily / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
BENZOIC ACID / Cocaine esterase
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodococcus sp. MB1 'Bresler 1999' (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.202 Å
データ登録者Ouyang, P.F. / Zhang, Y. / Tong, J.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2021
タイトル: Computational Design and Crystal Structure of a Highly Efficient Benzoylecgonine Hydrolase.
著者: Chen, X. / Deng, X. / Zhang, Y. / Wu, Y. / Yang, K. / Li, Q. / Wang, J. / Yao, W. / Tong, J. / Xie, T. / Hou, S. / Yao, J.
履歴
登録2021年6月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cocaine esterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,5853
ポリマ－62,3671
非ポリマー2182
水6,161342
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area210 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area20740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.022, 106.022, 222.284
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Cocaine esterase


分子量: 62366.648 Da / 分子数: 1 / 断片: Cocaine esterase / 変異: T172R/G173Q/V116K/S117A/A51L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodococcus sp. MB1 'Bresler 1999' (バクテリア)
株: MB1 Bresler / 遺伝子: cocE / 発現宿主: Rhodococcus sp. MB1 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q9L9D7, cocaine esterase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-BEZ / BENZOIC ACID / 安息香酸


分子量: 122.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 342 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.25 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 1.75 M AMS, 10% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17B1 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2021年6月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 38298 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 33.7 % / Biso Wilson estimate: 24.72 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.316 / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.321 / Χ2: 0.493 / Net I/σ(I): 1.9 / Num. measured all: 1290075
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.2-2.2421.21.10418640.870.2431.1310.445100
2.24-2.28231.0818650.9060.2281.1040.456100
2.28-2.3224.31.0618780.9050.2171.0830.447100
2.32-2.3724.41.02718540.9210.211.0490.45199.9
2.37-2.4224.20.87618870.9420.1790.8940.455100
2.42-2.4829.50.97518840.9470.1810.9920.464100
2.48-2.5433.40.88818750.960.1550.9020.458100
2.54-2.6135.70.90518640.9660.1530.9180.459100
2.61-2.6937.60.85918910.9720.1410.8710.463100
2.69-2.7739.20.79118970.9790.1270.8020.462100
2.77-2.8739.90.67619130.9860.1070.6850.471100
2.87-2.9939.80.58818750.9880.0930.5950.471100
2.99-3.1239.50.46619200.9910.0750.4720.477100
3.12-3.2937.80.35318990.9950.0580.3570.493100
3.29-3.4933.30.2519090.9960.0440.2540.513100
3.49-3.7638.40.20319380.9960.0330.2060.538100
3.76-4.1440.40.16519400.9960.0260.1670.564100
4.14-4.7439.70.12919640.9980.020.1310.56799.9
4.74-5.9736.80.1420130.9950.0230.1420.538100
5.97-5034.10.121680.9990.0170.1010.558100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å24.08 Å
Translation2.5 Å24.08 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER2.6.0位相決定
PHENIX1.10.1-2155精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1JU4

1ju4


解像度: 2.202→24.083 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.72 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.208 2000 5.25 %
Rwork0.172 36084 -
obs0.1739 38084 99.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 72.24 Å2 / Biso mean: 14.6818 Å2 / Biso min: 9.23 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.202→24.083 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4387 0 14 342 4743
Biso mean--19.08 15.84 -
残基数----573
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0064508
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8536162
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053689
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005812
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7662642
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.202-2.25680.26741400.20312526100
2.2568-2.31780.20831400.18942514100
2.3178-2.38590.22271400.19792541100
2.3859-2.46280.24841400.19132536100
2.4628-2.55080.24411420.19222542100
2.5508-2.65280.26341410.1932550100
2.6528-2.77330.2271410.18892541100
2.7733-2.91930.19671410.18492557100
2.9193-3.10190.24271430.19032568100
3.1019-3.34080.23811430.17962585100
3.3408-3.67590.1881440.1652590100
3.6759-4.20540.16871440.1482609100
4.2054-5.28910.16021470.14022654100
5.2891-24.0830.20761540.1624277198
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 37.0389 Å / Origin y: 26.789 Å / Origin z: -0.2906 Å
111213212223313233
T0.1335 Å20.0059 Å2-0.0152 Å2-0.1072 Å2-0.0007 Å2--0.1223 Å2
L0.2703 °20.1208 °2-0.078 °2-0.2493 °2-0.0151 °2--0.3337 °2
S0.02 Å °-0.0456 Å °-0.0064 Å °0.0301 Å °-0.0016 Å °-0.0357 Å °-0.0121 Å °0.0051 Å °-0 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA2 - 1002
2X-RAY DIFFRACTION1allA1001
3X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 824

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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