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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7f5f | ||||||
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タイトル | SARS-CoV-2 ORF8 S84 | ||||||
![]() | ORF8 protein | ||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / SARS-CoV-2 / ORF8 | ||||||
機能・相同性 | Non-structural protein ORF8, betacoronavirus / ORF8, SARS-CoV-2 / Betacoronavirus NS8 protein / ORF8 protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chen, S. / Zhou, Z. / Chen, X. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structures of Bat and Human Coronavirus ORF8 Protein Ig-Like Domain Provide Insights Into the Diversity of Immune Responses. 著者: Chen, X. / Zhou, Z. / Huang, C. / Zhou, Z. / Kang, S. / Huang, Z. / Jiang, G. / Hong, Z. / Chen, Q. / Yang, M. / He, S. / Liu, S. / Chen, J. / Li, K. / Li, X. / Liao, J. / Chen, J. / Chen, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 66.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 41.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 410.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 410.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 8.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11925.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: orf8, ORF8 / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.21 % |
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結晶化 | 温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG6000, Citric acid |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9778 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6195→26.55 Å / Num. obs: 13144 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.2 % / Biso Wilson estimate: 24.1878885817 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 58.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.6195→1.62 Å / Num. unique obs: 1300 / CC1/2: 0.872 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7jtl 解像度: 1.62→26.5457179551 Å / SU ML: 0.159723163904 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36887927139 / 位相誤差: 20.1594548253 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.9362368328 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.62→26.5457179551 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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