[日本語] English
万見
- PDB-7f51: Crystal structure of Hst2 in complex with 2'-O-Benzoyl ADP Ribose -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7f51
タイトルCrystal structure of Hst2 in complex with 2'-O-Benzoyl ADP Ribose
要素NAD-dependent protein deacetylase HST2
キーワードNUCLEAR PROTEIN / histone modification / histone benzoylation / protein-protein interaction / NAD-dependent histone deacetylase
機能・相同性
機能・相同性情報


Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / negative regulation of mitotic recombination / protein acetyllysine N-acetyltransferase / histone H3K14 deacetylase activity, NAD-dependent / histone H3K9 deacetylase activity, NAD-dependent / histone H4K16 deacetylase activity, NAD-dependent / histone H3K18 deacetylase activity, NAD-dependent / histone H3K56 deacetylase activity, NAD-dependent / histone H3K4 deacetylase activity, NAD-dependent / rDNA heterochromatin formation ...Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / negative regulation of mitotic recombination / protein acetyllysine N-acetyltransferase / histone H3K14 deacetylase activity, NAD-dependent / histone H3K9 deacetylase activity, NAD-dependent / histone H4K16 deacetylase activity, NAD-dependent / histone H3K18 deacetylase activity, NAD-dependent / histone H3K56 deacetylase activity, NAD-dependent / histone H3K4 deacetylase activity, NAD-dependent / rDNA heterochromatin formation / histone deacetylase activity, NAD-dependent / NAD+ binding / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Sirtuin, class I / Sirtuin, catalytic core small domain superfamily / Sirtuin family / : / Sir2 family / Sirtuin family, catalytic core domain / Sirtuin catalytic domain profile. / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-BA7 / NAD-dependent protein deacetylase HST2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Wang, D. / Yan, F. / Chen, Y.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
Chinese Academy of SciencesXDB37010303 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31970576 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Global profiling of regulatory elements in the histone benzoylation pathway.
著者: Wang, D. / Yan, F. / Wu, P. / Ge, K. / Li, M. / Li, T. / Gao, Y. / Peng, C. / Chen, Y.
履歴
登録2021年6月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月30日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: NAD-dependent protein deacetylase HST2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,2523
ポリマ－32,5231
非ポリマー7292
水2,756153
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area13500 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)42.166, 67.363, 92.510
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 NAD-dependent protein deacetylase HST2 / Homologous to SIR2 protein 2 / Regulatory protein SIR2 homolog 2


分子量: 32523.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: HST2, YPL015C, LPA2C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P53686, protein acetyllysine N-acetyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-BA7 / [(2R,3R,4R,5R)-5-[[[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxymethyl]-2,4-bis(oxidanyl)oxolan-3-yl] benzoate


分子量: 663.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H27N5O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.1 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Ammonium fluoride, 20% w/v Polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97855 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月29日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97855 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→50 Å / Num. obs: 19067 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.081 / Χ2: 0.865 / Net I/σ(I): 5.9 / Num. measured all: 121484
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.98-2.015.70.3479310.9250.1570.3820.6499.3
2.01-2.056.40.3139320.9590.1330.3410.718100
2.05-2.096.60.39390.9570.1260.3260.74699.9
2.09-2.136.60.2659230.970.1120.2880.767100
2.13-2.186.60.2489410.9690.1040.2690.749100
2.18-2.236.50.2169260.9750.0910.2340.8599.9
2.23-2.296.20.2019460.9750.0870.220.874100
2.29-2.356.10.179600.9840.0740.1860.888100
2.35-2.426.80.1699190.9790.070.1830.922100
2.42-2.496.70.1489660.9840.0620.1610.899100
2.49-2.586.60.1339250.9890.0560.1440.896100
2.58-2.696.40.1189400.9880.050.1280.96399.9
2.69-2.8160.1119650.9910.0490.1211.00299.8
2.81-2.966.50.0949420.9930.040.1030.96399.9
2.96-3.146.70.0849440.9950.0350.0910.99399.9
3.14-3.396.50.0739770.9950.030.0790.958100
3.39-3.7360.0619550.9950.0270.0670.981100
3.73-4.266.60.0499810.9980.020.0540.86999.9
4.26-5.376.20.0459870.9980.020.050.80999.7
5.37-505.80.04310680.9980.0190.0480.7899.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1Q1A

1q1a


解像度: 1.98→28.04 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 23.83 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2204 915 4.81 %
Rwork0.1811 18091 -
obs0.183 19006 99.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 84.85 Å2 / Biso mean: 36.9196 Å2 / Biso min: 16.66 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.98→28.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2280 0 45 153 2478
Biso mean--28.41 38.56 -
残基数----287
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.98-2.080.27161220.21742527264999
2.08-2.210.26461260.204325642690100
2.21-2.380.25371230.196125332656100
2.38-2.620.25681320.201525622694100
2.62-30.23761330.195125902723100
3-3.780.1991470.175225832730100
3.78-28.040.19431320.160127322864100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.60032.3998-2.32383.6814-2.49572.368-0.0666-0.2393-0.2930.0033-0.2039-0.47820.05080.1940.19640.17020.0064-0.0340.2150.04660.26550.9181-1.63165.5103
25.31410.0809-1.31222.8753-0.12816.780.2858-0.0362-0.0448-0.0389-0.1063-0.14220.74360.1168-0.170.3427-0.0614-0.04430.22910.05620.22739.81371.7734-11.6697
33.69111.0287-0.63234.2405-1.66122.86050.0132-0.2059-0.18740.28430.11170.16870.0602-0.2443-0.1310.2044-0.0106-0.03610.21730.04750.2311-12.8954-6.042812.5993
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 8 through 143 )A8 - 143
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 144 through 189 )A144 - 189
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 190 through 294 )A190 - 294

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る