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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7f4q | ||||||
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タイトル | Crystal structure of SAH-bound MTA1-p2 complex | ||||||
要素 |
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キーワード | DNA BINDING PROTEIN / DNA / Protein / Complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RNA N6-methyladenosine methyltransferase complex / : / methyltransferase activity / membrane / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.42 Å | ||||||
データ登録者 | Chen, J. / Liu, L. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Structural basis for MTA1c-mediated DNA N6-adenine methylation 著者: Chen, J. / Hu, R. / Chen, Y. / Lin, X. / Xiang, W. / Chen, H. / Yao, C. / Liu, L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7f4q.cif.gz | 88.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7f4q.ent.gz | 62.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7f4q.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7f4q_validation.pdf.gz | 711.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7f4q_full_validation.pdf.gz | 742.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7f4q_validation.xml.gz | 19.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7f4q_validation.cif.gz | 25.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f4/7f4q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f4/7f4q | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7f4lC 7f4mC 7f4nC 7f4oSC 7f4pC 7f4rC 7f4sC 7f4tC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16612.893 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物) 遺伝子: p2 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: I7M8B9 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 28481.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物) 遺伝子: MTA1 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q22GC0 |
#3: 化合物 | ChemComp-SAH / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.28 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M MES, pH 6.5, 15% PEG 550 MME |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97853 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.4→50 Å / Num. obs: 7170 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 36.22 Å2 / Rpim(I) all: 0.093 / Net I/σ(I): 11 |
反射 シェル | 解像度: 3.4→3.46 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 433 / Rpim(I) all: 0.402 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7F4O 解像度: 3.42→45.48 Å / SU ML: 0.4183 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.42 / 位相誤差: 23.9758 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.08 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.42→45.48 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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