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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 7f4t | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of SAM-bound TthMTA1-Ptep2 complex | ||||||
Components |
| ||||||
Keywords | DNA BINDING PROTEIN / Protein Complex | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationmRNA m6A methyltransferase / mRNA m(6)A methyltransferase activity / RNA N6-methyladenosine methyltransferase complex / methylation / nucleus Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Tetrahymena thermophila SB210 (eukaryote)![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.68 Å | ||||||
Authors | Chen, J. / Liu, L. | ||||||
| Funding support | China, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2022Title: Structural basis for MTA1c-mediated DNA N6-adenine methylation Authors: Chen, J. / Hu, R. / Chen, Y. / Lin, X. / Xiang, W. / Chen, H. / Yao, C. / Liu, L. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 7f4t.cif.gz | 619.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb7f4t.ent.gz | 452.4 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 7f4t.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 7f4t_validation.pdf.gz | 1.4 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 7f4t_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | Display | |
| Data in XML | 7f4t_validation.xml.gz | 57.8 KB | Display | |
| Data in CIF | 7f4t_validation.cif.gz | 75.5 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f4/7f4t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f4/7f4t | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 7f4lC ![]() 7f4mC ![]() 7f4nC ![]() 7f4oSC ![]() 7f4pC ![]() 7f4qC ![]() 7f4rC ![]() 7f4sC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| 4 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 28481.586 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Tetrahymena thermophila SB210 (eukaryote)Gene: MTA1 / Production host: ![]() #2: Protein | Mass: 15096.497 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Production host: ![]() #3: Chemical | ChemComp-SAM / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.48 Å3/Da / Density % sol: 64.67 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 0.1M HEPES, pH 6.8, 0.2M NaCl, 10% PEG 8000 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL19U1 / Wavelength: 0.97853 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Jan 14, 2021 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97853 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 3.65→50 Å / Num. obs: 18100 / % possible obs: 99.4 % / Redundancy: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 14.95 Å2 / Rpim(I) all: 0.063 / Net I/σ(I): 10.3 |
| Reflection shell | Resolution: 3.65→3.71 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.125 / Num. unique obs: 1209 / Rpim(I) all: 0.515 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 7F4O Resolution: 3.68→49.04 Å / SU ML: 0.5902 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.43 / Phase error: 30.357 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 61.3 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.68→49.04 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Tetrahymena thermophila SB210 (eukaryote)
X-RAY DIFFRACTION
China, 1items
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