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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7f4m | ||||||
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タイトル | Crystal structure of SAM-bound MTA1-p1-p2 complex | ||||||
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![]() | DNA BINDING PROTEIN / DNA / Protein / Complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() RNA N6-methyladenosine methyltransferase complex / : / methyltransferase activity / membrane / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chen, J. / Liu, L. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis for MTA1c-mediated DNA N6-adenine methylation 著者: Chen, J. / Hu, R. / Chen, Y. / Lin, X. / Xiang, W. / Chen, H. / Yao, C. / Liu, L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 179.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 134 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 963.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 991.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 32.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 43.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7f4lSC ![]() 7f4nC ![]() 7f4oC ![]() 7f4pC ![]() 7f4qC ![]() 7f4rC ![]() 7f4sC ![]() 7f4tC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16612.893 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: p2 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 28481.586 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: MTA1 / 発現宿主: ![]() ![]() #3: タンパク質 | 分子量: 35552.168 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.01 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.05M HEPES, pH 7.0, 16% PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97915 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.4→50 Å / Num. obs: 13242 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.9 % / Biso Wilson estimate: 29.86 Å2 / Rpim(I) all: 0.033 / Net I/σ(I): 20.3 |
反射 シェル | 解像度: 3.4→3.46 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 806 / Rpim(I) all: 0.334 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7F4L 解像度: 3.58→48.23 Å / SU ML: 0.4052 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.44 / 位相誤差: 25.0006 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 61.61 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.58→48.23 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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