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- PDB-7f3j: Crystal structure of human YBX2 CSD in complex with m5C RNA in sp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7f3j
タイトルCrystal structure of human YBX2 CSD in complex with m5C RNA in space group P1
要素
  • RNA (5'-R(*UP*CP*AP*UP*(5MC))-3')
  • Y-box-binding protein 2
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / Complex / protein-RNA / YBX / Cold-shock domain / RNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


translational attenuation / oocyte development / positive regulation of cold-induced thermogenesis / spermatogenesis / regulation of gene expression / transcription by RNA polymerase II / nucleic acid binding / DNA binding / RNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cold-shock (CSD) domain / Cold-shock (CSD) domain signature. / Cold-shock (CSD) domain profile. / Cold-shock protein, DNA-binding / 'Cold-shock' DNA-binding domain / Cold shock domain / Cold shock protein domain / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / Y-box-binding protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Zhang, Y. / Huang, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31870741 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of human YBX2 CSD in complex with m5C RNA in space group P1
著者: Zhang, Y. / Huang, Y.
履歴
登録2021年6月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Y-box-binding protein 2
B: RNA (5'-R(*UP*CP*AP*UP*(5MC))-3')
C: Y-box-binding protein 2
D: RNA (5'-R(*UP*CP*AP*UP*(5MC))-3')
E: Y-box-binding protein 2
F: RNA (5'-R(*UP*CP*AP*UP*(5MC))-3')
G: Y-box-binding protein 2
H: RNA (5'-R(*UP*CP*AP*UP*(5MC))-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,3558
ポリマ－49,3558
非ポリマー00
水6,269348
1
A: Y-box-binding protein 2
B: RNA (5'-R(*UP*CP*AP*UP*(5MC))-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3392
ポリマ－12,3392
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Y-box-binding protein 2
D: RNA (5'-R(*UP*CP*AP*UP*(5MC))-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3392
ポリマ－12,3392
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Y-box-binding protein 2
F: RNA (5'-R(*UP*CP*AP*UP*(5MC))-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3392
ポリマ－12,3392
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: Y-box-binding protein 2
H: RNA (5'-R(*UP*CP*AP*UP*(5MC))-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3392
ポリマ－12,3392
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.616, 46.364, 57.704
Angle α, β, γ (deg.)69.264, 85.601, 90.015
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain "A"
21chain "C"
31(chain "E" and resid 89 through 177)
41(chain "G" and resid 89 through 177)
12chain "B"
22chain "D"
32chain "F"
42chain "H"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
111VALARGA1 - 89
211VALARGC1 - 89
311VALARGE2 - 90
411VALARGG2 - 90
112U5MCB
212U5MCD
312U5MCF
412U5MCH

NCSアンサンブル:
ID
1
2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.999995906075, 0.00152167584034, 0.00242329009791), (0.00152031121656, -0.999998684786, 0.000564871077594), (0.00242414646143, -0.000561184609938, -0.999996904288)21.3277735451, 12.5316264227, -40.9796300425
2given(-0.995560030122, -0.0558468897811, 0.0757717053038), (-0.0898843489063, 0.80303358607, -0.589116171452), (-0.0279469183375, -0.593311203793, -0.804487902463)58.8069800062, 13.0208540916, -32.7675068268
3given(-0.996431279595, -0.0418952634095, 0.0732768172687), (0.0773686972735, -0.800399564299, 0.594453212753), (0.0337459586821, 0.598001107336, 0.800784543993)37.3857088601, 46.1090341077, -8.66309848008
4given(0.999967331644, 0.00488707663411, -0.00643833253235), (0.00500471183317, -0.999818484281, 0.018383453166), (-0.00634732252937, -0.0184150746079, -0.999810280265)21.2234005234, 12.6325195109, -40.5673671104
5given(-0.993713182466, -0.0878350241768, 0.0694198784366), (-0.111948059402, 0.772252034266, -0.625375429296), (0.00132022361063, -0.629215228757, -0.77722998714)59.2048982126, 13.8791573951, -32.6961967045
6given(-0.996129855498, -0.0472435004554, 0.0741172223536), (0.0838381486886, -0.76391663791, 0.639845711987), (0.0263908281259, 0.643583267331, 0.76492097775)37.5045569925, 45.7596913829, -9.55520970893

-
要素

#1: タンパク質
Y-box-binding protein 2 / Contrin / DNA-binding protein C / Dbpc / Germ cell-specific Y-box-binding protein / MSY2 homolog


分子量: 10205.441 Da / 分子数: 4 / 変異: I92T, Q93K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: YBX2, CSDA3, MSY2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y2T7
#2: RNA鎖
RNA (5'-R(*UP*CP*AP*UP*(5MC))-3')


分子量: 2133.301 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 348 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.87 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 30% (w/v) PEG 4000, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, 0.2 M Lithium Sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月24日
放射モノクロメーター: 0.97915 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→30 Å / Num. obs: 29797 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 19.19 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 1.95→1.98 Å / Rmerge(I) obs: 0.276 / Num. unique obs: 1385

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Coot0.9.5モデル構築
PHENIX1.18.2_3874精密化
Coot0.9.5モデル構築
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6A6J

6a6j


解像度: 1.95→24.74 Å / SU ML: 0.2113 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.56 / 位相誤差: 23.2506
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2289 1967 7.03 %
Rwork0.1875 26019 -
obs0.1903 27986 93.26 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 21.59 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→24.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2782 400 0 348 3530
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00733276
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.10214510
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0628506
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0065534
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.0919594
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.633108553362
1d_3AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.25402830338
1d_4AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.28202662147
2d_2BX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.3265448523
2d_3BX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.302639545116
2d_4BX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.217843723893
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.95-20.27931180.21471417X-RAY DIFFRACTION70.77
2-2.050.241170.20961496X-RAY DIFFRACTION76.52
2.05-2.110.23061350.19821712X-RAY DIFFRACTION85.59
2.11-2.180.25051340.18851847X-RAY DIFFRACTION93.8
2.18-2.260.22481560.18921948X-RAY DIFFRACTION96.65
2.26-2.350.24671370.19471928X-RAY DIFFRACTION96.99
2.35-2.460.24621490.19121932X-RAY DIFFRACTION96.97
2.46-2.590.29171440.2141944X-RAY DIFFRACTION97.75
2.59-2.750.26771420.21471978X-RAY DIFFRACTION97.92
2.75-2.960.25581510.21291941X-RAY DIFFRACTION98.31
2.96-3.260.25961440.19071966X-RAY DIFFRACTION98.51
3.26-3.730.21271500.1711975X-RAY DIFFRACTION98.79
3.73-4.690.171470.15021966X-RAY DIFFRACTION98.55
4.69-24.740.19621430.18671969X-RAY DIFFRACTION98.65

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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