PDB-7f2x: Crystal structure of MEK1 C121S mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7f2x

タイトル

Crystal structure of MEK1 C121S mutant

要素

MEK1 F11

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Kinase

機能・相同性

Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.007 Å

データ登録者

Fujioka, Y. / Noda, N.N.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Qualitative differences in disease-associated MEK mutants reveal molecular signatures and aberrant signaling-crosstalk in cancer.
著者: Kubota, Y. / Fujioka, Y. / Patil, A. / Takagi, Y. / Matsubara, D. / Iijima, M. / Momose, I. / Naka, R. / Nakai, K. / Noda, N.N. / Takekawa, M.

履歴

登録	2021年6月15日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年6月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年8月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7f2x.cif.gz	137.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7f2x.ent.gz	105 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7f2x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f2/7f2x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f2/7f2x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3eqcS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#108 - 2008年12月 Hsp90 (Hsp90) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #182 - 2015年2月インスリン受容体 (Insulin receptor) 類似性 (1) #214 - 2017年10月キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors) 類似性 (1) #238 - 2019年10月リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #73 - 2006年1月トポイソメラーゼ (Topoisomerase) 類似性 (1) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#108 - 2008年12月
Hsp90 (Hsp90)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#182 - 2015年2月
インスリン受容体 (Insulin receptor)
類似性 (1)
#214 - 2017年10月
キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors)
類似性 (1)
#238 - 2019年10月
リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase)
類似性 (1)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)
#50 - 2004年2月
解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#73 - 2006年1月
トポイソメラーゼ (Topoisomerase)
類似性 (1)
#80 - 2006年8月
AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: MEK1 F11

ヘテロ分子

36.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.498, 156.504, 179.156
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	22
Space group name H-M	F222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-645- HOH

#1: タンパク質	MEK1 F11 分子量: 35713.059 Da / 分子数: 1 / 変異: C121S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP 分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₆O₁₂P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.17 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 詳細: PEG 3350 26%, 100 mM Bicine, 150 mM NH4F, 1% glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.007→44.789 Å / Num. obs: 23080 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 6.8 % / CC_1/2: 0.973 / R_merge(I) obs: 0.198 / Net I/σ(I): 5.59
反射シェル	解像度: 2.007→2.13 Å / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 1.207 / Mean I/σ(I) obs: 1.15 / Num. unique obs: 3547 / CC_1/2: 0.69 / % possible all: 95

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
BALBES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3EQC

3eqc

解像度: 2.007→44.789 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.87 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2324	1152	5 %
R_work	0.215	-	-
obs	0.2159	23061	97.76 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.007→44.789 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2354	0	31	53	2438

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	2431
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.583	3280
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.473	915
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.024	364
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	417

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.007-2.098	0.454	135	0.4487	2594	X-RAY DIFFRACTION	94
2.098-2.2086	0.3202	142	0.3175	2701	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2086-2.3469	0.2945	142	0.2823	2700	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3469-2.5281	0.2956	143	0.2752	2714	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5281-2.7825	0.285	143	0.2622	2726	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7825-3.1851	0.2651	146	0.2519	2767	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1851-4.0124	0.2372	147	0.2024	2789	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0124-44.789	0.1691	154	0.1598	2918	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.5432	-2.2422	0.4316	1.9092	0.5427	4.6704	-0.4267	-0.88	0.5951	0.2889	0.0962	-0.9605	-0.3777	0.3373	0.2589	0.6242	-0.1177	-0.0832	0.6459	-0.227	0.6007	-1.0874	25.6664	33.4836
2	3.6398	-1.4055	-2.1759	1.6812	1.4702	3.1313	-0.3914	-1.2117	0.334	0.4145	0.2596	-0.4939	0.0371	0.2057	-0.0625	0.5491	0.0501	-0.1063	0.8478	-0.187	0.4223	5.8241	16.2828	35.014
3	5.3916	-0.9268	0.6205	1.3542	1.0959	3.4284	-0.2907	-0.6022	0.3879	-0.001	0.1454	-0.0728	-0.2401	0.0472	0.128	0.4521	-0.0349	0.0018	0.3794	-0.0492	0.4177	-7.9396	19.8118	24.8518
4	5.9537	-3.1144	0.0059	1.5862	0.0887	2.4585	-0.1246	-0.3179	0.2796	-0.0297	0.219	-0.4555	0.2044	0.5452	-0.1766	0.3241	-0.019	-0.0352	0.4272	-0.039	0.4371	-1.8355	15.1975	22.4025
5	2.8351	-1.0267	-1.769	3.4177	1.0364	1.1619	-0.3096	-0.5832	0.5139	-0.0139	0.0468	-0.0188	-0.2233	-0.4347	0.0305	0.3301	-0.0072	-0.0335	0.3542	-0.0218	0.3652	8.8327	0.6751	15.2568
6	2.8154	-0.8295	-0.2185	4.8063	0.2016	2.9545	0.0177	0.2547	0.0084	-0.7002	-0.141	0.1791	-0.3452	-0.0136	0.0751	0.3868	0.0066	-0.0739	0.3301	-0.0198	0.2876	-16.247	8.8762	9.247
7	5.3575	-0.9581	-1.8	3.5024	3.9706	6.2506	-0.005	-0.1817	0.8853	-0.4758	-0.0809	0.2059	-0.9035	-0.2535	0.0664	0.6172	0.132	-0.0651	0.4	-0.0242	0.6378	-20.7198	27.7434	19.5314

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 42 through 81 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 82 through 121 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 122 through 181 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 182 through 221 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 222 through 241 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 242 through 321 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 322 through 344 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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