PDB-7f2w: TbUox in complex with uric acid

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7f2w

タイトル

TbUox in complex with uric acid

要素

Uricase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / uricase / urate oxidase

機能・相同性

urate oxidase activity / factor-independent urate hydroxylase / Uricase / Uricase / urate catabolic process / purine nucleobase metabolic process / URIC ACID / Uricase

機能・相同性情報

生物種

Thermobispora bispora (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.16 Å

データ登録者

Chiu, Y.C. / Hsu, T.S. / Huang, C.Y. / Hsu, C.H.

資金援助

台湾, 4件

組織	認可番号	国
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan)	109-2113-M- 002-003	台湾
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan)	109-2628-B-002-037	台湾
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan)	108-2113-M-002-011	台湾
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan)	108-2628-B-002-013	台湾

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2021
タイトル: Structural and biochemical insights into a hyperthermostable urate oxidase from Thermobispora bispora for hyperuricemia and gout therapy.
著者: Chiu, Y.C. / Hsu, T.S. / Huang, C.Y. / Hsu, C.H.

履歴

登録	2021年6月14日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年5月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7f2w.cif.gz	256.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7f2w.ent.gz	205.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7f2w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7f2w_validation.pdf.gz	918.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7f2w_full_validation.pdf.gz	920.9 KB	表示
XML形式データ	7f2w_validation.xml.gz	27.2 KB	表示
CIF形式データ	7f2w_validation.cif.gz	39.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f2/7f2w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f2/7f2w	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7f2vC 6oe8S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#117 - 2009年9月キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Uricase

B: Uricase

ヘテロ分子

68.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Uricase

B: Uricase

ヘテロ分子

A: Uricase

B: Uricase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
137 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	146.362, 146.362, 132.407
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	97
Space group name H-M	I422
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x,z #3: y,-x,z #4: x,-y,-z #5: -x,y,-z #6: -x,-y,z #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z #9: x+1/2,y+1/2,z+1/2 #10: -y+1/2,x+1/2,z+1/2 #11: y+1/2,-x+1/2,z+1/2 #12: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2 #13: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #14: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2 #15: y+1/2,x+1/2,-z+1/2 #16: -y+1/2,-x+1/2,-z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-667- HOH
2	1	B-545- HOH

#1: タンパク質	Uricase / Urate oxidase 分子量: 34140.188 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermobispora bispora (strain ATCC 19993 / DSM 43833 / CBS 139.67 / JCM 10125 / NBRC 14880 / R51) (バクテリア) 株: ATCC 19993 / DSM 43833 / CBS 139.67 / JCM 10125 / NBRC 14880 / R51 遺伝子: Tbis_2592 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: D6Y599, factor-independent urate hydroxylase
#2: 化合物	ChemComp-URC / URIC ACID / 7,9-DIHYDRO-1H-PURINE-2,6,8(3H)-TRIONE / 尿酸分子量: 168.110 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₅H₄N₄O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 437 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.01 %
結晶化	温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: sodium cacodylate trihydrate, magnesium acetate tetrahydrate, PEG8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年3月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.16→28.58 Å / Num. obs: 38278 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.7 % / B_iso Wilson estimate: 29.44 Å² / CC_1/2: 0.97 / Net I/σ(I): 92.3
反射シェル	解像度: 2.16→2.23 Å / Num. unique obs: 3502 / CC_1/2: 0.907

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6OE8

6oe8

解像度: 2.16→28.58 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.07 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1989	2000	5.22 %
R_work	0.1576	36278	-
obs	0.1598	38278	98.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 87.67 Å² / B_iso mean: 31.6064 Å² / B_iso min: 12.5 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.16→28.58 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4770	0	24	437	5231
B_iso mean	-	-	31.31	38.26	-
残基数	-	-	-	-	600

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.16-2.21	0.2698	126	0.2021	2284	2410	89
2.21-2.27	0.2629	141	0.1945	2563	2704	99
2.27-2.34	0.2701	141	0.1898	2551	2692	100
2.34-2.42	0.2417	143	0.1738	2594	2737	100
2.42-2.5	0.2387	143	0.1709	2594	2737	100
2.5-2.6	0.2251	143	0.1731	2588	2731	100
2.6-2.72	0.2245	143	0.1667	2596	2739	100
2.72-2.86	0.2394	144	0.1732	2616	2760	100
2.86-3.04	0.2375	144	0.1797	2597	2741	100
3.04-3.28	0.2192	142	0.171	2605	2747	100
3.28-3.61	0.1874	145	0.1582	2626	2771	100
3.61-4.13	0.1621	145	0.1428	2631	2776	100
4.13-5.2	0.1337	147	0.1186	2663	2810	99
5.2-28.58	0.1773	153	0.1456	2770	2923	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1865	0.1017	0.1829	0.0058	-0.2128	0.313	-0.0436	-0.0505	-0.0735	0.1271	0.0517	-0.022	0.1333	-0.0932	0.0026	0.2207	0.0225	0.02	0.1879	0.0009	0.2084	41.8643	10.6776	51.7916
2	0.2572	-0.0436	0.1173	0.3634	-0.1902	0.2053	0.063	-0.0789	-0.1585	0.0986	-0.0001	0.0033	0.1042	0.0161	-0	0.2385	0.0387	-0.0074	0.2005	0.0104	0.2139	51.6671	5.9565	51.5034
3	0.0792	-0.0711	0.0499	0.2491	0.2126	0.3334	-0.0702	0.0051	0.0378	-0.0031	0.0063	0.0941	0.0882	-0.0459	-0	0.2284	-0	-0.0033	0.2144	0.0289	0.2123	45.8498	0.6842	44.1868
4	0.2795	-0.2027	-0.112	0.2207	0.0612	0.1378	0.0408	0.0691	-0.0979	-0.0418	0.0107	0.0399	0.1552	0.0441	-0	0.2099	0.019	-0.0051	0.1897	-0.0308	0.2204	49.5466	-0.4215	22.0806
5	0.2157	-0.0352	0.2092	0.1667	-0.1614	0.1656	0.0192	0.0848	-0.0861	-0.0688	0.0101	0.0572	0.0623	-0.0476	-0.0001	0.1564	0.0114	-0.0079	0.1345	-0.0258	0.1622	46.6184	6.36	22.2698
6	0.1502	-0.0403	-0.0409	0.1312	-0.3016	0.4004	-0.0147	0.0452	-0.063	0.0219	0.0599	0.1721	0.0297	-0.1095	-0	0.1784	0.0242	-0.026	0.2122	-0.0126	0.213	35.772	13.5614	16.4492
7	0.0353	0.0522	0.0127	0.0975	-0.076	0.1358	-0.1597	-0.0471	-0.2149	0.1755	0.1926	0.2317	-0.0695	-0.0648	-0.0009	0.258	0.0383	-0.0093	0.271	0.0147	0.2404	32.7991	20.1451	10.9269
8	0.079	-0.0655	-0.0481	0.0802	-0.0121	0.0657	0.0272	0.0213	-0.1538	0.0814	0.042	0.1027	-0.1014	-0.0894	-0.0001	0.1924	0.0346	-0.0364	0.2118	-0.0014	0.2106	28.1316	13.7132	16.4838
9	0.0925	-0.0236	0.0344	0.059	-0.0045	0.0141	-0.0051	0.0465	0.0837	0.1779	-0.101	0.2585	-0.0452	-0.3461	-0.0048	0.3103	0.1195	0.0209	0.2258	0.0282	0.2916	33.9313	43.1917	22.0461
10	0.227	-0.0589	0.0089	0.0723	-0.1693	0.3754	0.0295	0.0345	-0.0058	-0.0641	-0.0918	0.1638	-0.1188	-0.2298	-0.0001	0.1961	0.0316	-0.0246	0.2656	-0.015	0.2173	26.5448	18.2582	24.5013
11	0.3068	0.0047	-0.0897	0.0747	0.0783	0.0955	-0.083	-0.0878	-0.0058	0.2239	0.1653	0.0677	-0.0866	-0.249	-0.0001	0.3028	0.0574	0.0482	0.2411	-0.0086	0.1902	35.1476	23.4145	58.0977
12	0.1803	0.1699	-0.015	0.0985	0.0168	0.0677	0.126	0.0134	0.0365	0.0631	-0.1034	0.0375	0.117	-0.3019	0.0017	0.1573	0.0602	0.0138	0.3066	-0.0277	0.1941	23.2764	24.9635	35.1665
13	0.0281	0.0172	-0.0305	0.0387	-0.0327	0.0496	-0.0214	-0.1419	-0.0263	0.0616	0.0324	0.1447	0.055	-0.282	-0.0007	0.2394	0.0523	0.0508	0.2627	-0.0072	0.2359	22.8754	23.0683	48.0851
14	0.1268	-0.0832	0.0498	0.2146	-0.0206	-0.0003	0.0844	0.0567	-0.0662	0.143	-0.027	-0.0036	0.1567	-0.004	0.001	0.2628	0.0332	0.0346	0.296	-0.0124	0.2368	34.993	25.0486	48.5936
15	0.2334	0.0918	0.1346	-0.0627	0.0377	0.0951	-0.026	-0.06	0.0005	0.0594	-0.0057	0.0859	0.0042	-0.0847	-0	0.2093	0.0253	0.0074	0.2383	-0.0011	0.2328	33.5218	18.5439	43.8087

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 56 )	A	2 - 56
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 57 through 119 )	A	57 - 119
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 120 through 150 )	A	120 - 150
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 151 through 235 )	A	151 - 235
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 236 through 301 )	A	236 - 301
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 2 through 56 )	B	2 - 56
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 57 through 75 )	B	57 - 75
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 76 through 103 )	B	76 - 103
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 104 through 119 )	B	104 - 119
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 120 through 150 )	B	120 - 150
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 151 through 180 )	B	151 - 180
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 181 through 215 )	B	181 - 215
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 216 through 235 )	B	216 - 235
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 236 through 259 )	B	236 - 259
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 260 through 301 )	B	260 - 301

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)