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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7f2r | ||||||
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タイトル | Crystal structure of VinK-VinL covalent complex formed with a pantetheineamide cross-linking probe | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE / Acyl carrier protein / polyketide biosynthesis | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase / [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase activity / fatty acid biosynthetic process / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Streptomyces halstedii (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å | ||||||
データ登録者 | Miyanaga, A. / Ouchi, R. / Kudo, F. / Eguchi, T. | ||||||
資金援助 | 日本, 1件
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引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2021 タイトル: Complex structure of the acyltransferase VinK and the carrier protein VinL with a pantetheine cross-linking probe. 著者: Miyanaga, A. / Ouchi, R. / Kudo, F. / Eguchi, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7f2r.cif.gz | 319.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7f2r.ent.gz | 257.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7f2r.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7f2r_validation.pdf.gz | 904 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7f2r_full_validation.pdf.gz | 907.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7f2r_validation.xml.gz | 35.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7f2r_validation.cif.gz | 53.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f2/7f2r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f2/7f2r | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 5czdS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36273.078 Da / 分子数: 2 / 変異: S106C / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces halstedii (バクテリア) 遺伝子: vinK / プラスミド: pCold I / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q76KY5 #2: タンパク質 | 分子量: 9898.995 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces halstedii (バクテリア) 遺伝子: vinL / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q76KY4 #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.68 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: PEG8000, magnesium chloride, Tris-HCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月29日 |
放射 | モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 63757 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Rrim(I) all: 0.065 / Net I/σ(I): 9.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.332 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 4526 / CC1/2: 0.896 / Rrim(I) all: 0.462 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5CZD 解像度: 1.95→40.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 9.277 / SU ML: 0.139 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.172 / ESU R Free: 0.16 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 83.5 Å2 / Biso mean: 33.219 Å2 / Biso min: 19.15 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.95→40.16 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.95→2.001 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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