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万見
- PDB-7f2n: Crystal structure of SSB from Klebsiella pneumonia. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7f2n
タイトルCrystal structure of SSB from Klebsiella pneumonia.
要素Single-stranded DNA-binding protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Single-stranded DNA-binding protein / SSB
機能・相同性
機能・相同性情報


single-stranded DNA binding / DNA recombination / DNA replication / DNA repair
類似検索 - 分子機能
Single-stranded DNA-binding protein / Single-strand binding protein family / Single-strand binding (SSB) domain profile. / Primosome PriB/single-strand DNA-binding / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Single-stranded DNA-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Lin, E.S. / Huang, Y.H. / Huang, C.Y.
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2021
タイトル: Characterization of the Chimeric PriB-SSBc Protein.
著者: Lin, E.S. / Huang, Y.H. / Huang, C.Y.
履歴
登録2021年6月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Single-stranded DNA-binding protein
B: Single-stranded DNA-binding protein
C: Single-stranded DNA-binding protein
D: Single-stranded DNA-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,2304
ポリマ－78,2304
非ポリマー00
水2,162120
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6990 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area23150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.388, 57.007, 93.800
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.720, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-237-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 3 through 24 or resid 27...
21(chain B and (resid 3 through 24 or resid 27...
31(chain C and (resid 3 through 44 or resid 51...
41(chain D and (resid 3 through 24 or resid 27 through 113))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 3 through 24 or resid 27...A3 - 24
121(chain A and (resid 3 through 24 or resid 27...A27 - 44
131(chain A and (resid 3 through 24 or resid 27...A51 - 92
141(chain A and (resid 3 through 24 or resid 27...A96 - 105
151(chain A and (resid 3 through 24 or resid 27...A107 - 113
211(chain B and (resid 3 through 24 or resid 27...B3 - 24
221(chain B and (resid 3 through 24 or resid 27...B27 - 44
231(chain B and (resid 3 through 24 or resid 27...B51 - 92
241(chain B and (resid 3 through 24 or resid 27...B96 - 105
251(chain B and (resid 3 through 24 or resid 27...B107 - 113
311(chain C and (resid 3 through 44 or resid 51...C3 - 44
321(chain C and (resid 3 through 44 or resid 51...C51 - 92
331(chain C and (resid 3 through 44 or resid 51...C96 - 105
341(chain C and (resid 3 through 44 or resid 51...C107 - 113
411(chain D and (resid 3 through 24 or resid 27 through 113))D3 - 24
421(chain D and (resid 3 through 24 or resid 27 through 113))D27 - 113

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要素

#1: タンパク質
Single-stranded DNA-binding protein / SSB


分子量: 19557.521 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae (strain ATCC 700721 / MGH 78578) (肺炎桿菌)
遺伝子: ssb, KPN_04446 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A6TGW7
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.64 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2M Magnesium acetate tetrahydrate, 20% PEG 3350, pH6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2021年4月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→30 Å / Num. obs: 22807 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.984 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 17.22
反射 シェル解像度: 2.35→2.43 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.286 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 2047 / CC1/2: 0.915 / % possible all: 89.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1EYG

1eyg


解像度: 2.35→27.69 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 25.49 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.258 1080 4.95 %
Rwork0.211 20759 -
obs-21839 93.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 99.16 Å2 / Biso mean: 40.065 Å2 / Biso min: 13.24 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.35→27.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3355 0 0 120 3475
Biso mean---38.53 -
残基数----429
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1150X-RAY DIFFRACTION8.508TORSIONAL
12B1150X-RAY DIFFRACTION8.508TORSIONAL
13C1150X-RAY DIFFRACTION8.508TORSIONAL
14D1150X-RAY DIFFRACTION8.508TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.35-2.460.29641060.22971998210473
2.46-2.590.29461410.22252349249086
2.59-2.750.28841440.23342651279597
2.75-2.960.31031400.227927782918100
2.96-3.260.28211410.21662760290199
3.26-3.730.23241370.19882734287199
3.73-4.690.2691300.18162701283196
4.7-27.690.24551410.20022788292997

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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