+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7f26 | ||||||
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Title | Crystal structure of lysozyme | ||||||
Components | Lysozyme C | ||||||
Keywords | PROTEIN BINDING / lysozyme | ||||||
Function / homology | Function and homology information Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium ...Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / endoplasmic reticulum / extracellular space / identical protein binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Gallus gallus (chicken) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.7 Å | ||||||
Authors | Liang, M. | ||||||
Citation | Journal: Acta Crystallogr.,Sect.F / Year: 2021 Title: Novel combined crystallization plate for high-throughput crystal screening and in situ data collection at a crystallography beamline. Authors: Liang, M. / Yu, L. / Wang, Z. / Zhou, H. / Zhang, Y. / Wang, Q. / He, J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7f26.cif.gz | 68 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7f26.ent.gz | 48.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7f26.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f2/7f26 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f2/7f26 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 1rcmS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 14331.160 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Gallus gallus (chicken) / Gene: LYZ / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P00698, lysozyme |
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#2: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.06 Å3/Da / Density % sol: 40.41 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.2M citric acid and 0.2M sodium acetate were mixed in a ratio of 1:1 to form a buffer solution, and the buffer solution was mixed with 12%-16% sodium chloride in a ratio of 1:1 to form the mother liquor |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 297 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL18U1 / Wavelength: 0.9792 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: May 8, 2021 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.7→39.47 Å / Num. obs: 13336 / % possible obs: 97.5 % / Redundancy: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 15.47 Å2 / CC1/2: 0.98 / Rmerge(I) obs: 0.175 / Rpim(I) all: 0.082 / Rrim(I) all: 0.195 / Net I/σ(I): 7.3 / Num. measured all: 64515 / Scaling rejects: 173 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1RCM Resolution: 1.7→27.91 Å / SU ML: 0.17 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 17.86 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 70.85 Å2 / Biso mean: 20.5362 Å2 / Biso min: 6.05 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.7→27.91 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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