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- PDB-7f26: Crystal structure of lysozyme -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7f26
タイトルCrystal structure of lysozyme
要素Lysozyme C
キーワードPROTEIN BINDING (タンパク質) / lysozyme (リゾチーム)
機能・相同性
機能・相同性情報


抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium ...抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / 小胞体 / extracellular space / identical protein binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Liang, M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2021
タイトル: Novel combined crystallization plate for high-throughput crystal screening and in situ data collection at a crystallography beamline.
著者: Liang, M. / Yu, L. / Wang, Z. / Zhou, H. / Zhang, Y. / Wang, Q. / He, J.
履歴
登録2021年6月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysozyme C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3311
ポリマ－14,3311
非ポリマー00
水1,892105
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6500 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)78.942, 78.942, 37.976
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-241-

HOH

21A-278-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d IV


分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: LYZ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00698, リゾチーム
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.41 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M citric acid and 0.2M sodium acetate were mixed in a ratio of 1:1 to form a buffer solution, and the buffer solution was mixed with 12%-16% sodium chloride in a ratio of 1:1 to form the mother liquor

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データ収集

回折平均測定温度: 297 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→39.47 Å / Num. obs: 13336 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 15.47 Å2 / CC1/2: 0.98 / Rmerge(I) obs: 0.175 / Rpim(I) all: 0.082 / Rrim(I) all: 0.195 / Net I/σ(I): 7.3 / Num. measured all: 64515 / Scaling rejects: 173
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.7-1.733.30.43323026900.7940.2590.5093.195.2
9-39.474.10.1184701140.9740.0580.13310.994.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.21データスケーリング
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1RCM

1rcm


解像度: 1.7→27.91 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.86 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1979 1331 10 %
Rwork0.1655 11977 -
obs0.1688 13308 96.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 70.85 Å2 / Biso mean: 20.5362 Å2 / Biso min: 6.05 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→27.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1000 0 0 105 1105
Biso mean---32.87 -
残基数----129
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.7-1.76080.27411270.2106114394
1.7608-1.83130.20971280.1972115796
1.8313-1.91460.2261320.1654117998
1.9146-2.01550.21881330.156120399
2.0155-2.14170.17541340.1559120198
2.1417-2.3070.18781310.1555118497
2.307-2.53910.18141330.1671120398
2.5391-2.90610.20511330.1802119396
2.9061-3.66010.18951360.1631122097
3.6601-27.910.19361440.1559129496
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.12570.7413-0.48432.7515-0.4821.9466-0.27790.2038-0.4645-0.42350.1-0.56710.18850.2155-0.060.1695-0.01340.07310.1364-0.06810.1966-16.3823-6.7192-18.9683
26.2244-0.9732-0.18761.73320.54460.4506-0.228-0.1324-0.5074-0.02820.066-0.02540.16380.160.06630.21450.00720.06720.07930.01780.1739-23.8083-11.815-8.0437
31.8550.95240.18581.08260.61070.4406-0.19380.11220.017-0.19190.13940.0023-0.02320.01530.06550.0913-0.02720.01520.0988-0.02260.0947-21.77910.3895-15.6704
42.1829-1.7914-3.2663.55112.9828.8070.1348-0.24840.37790.176-0.05320.1695-0.5381-0.32750.02840.1943-0.00180.0280.1502-0.05180.1619-19.944414.5937-4.7302
51.45120.30680.29162.2308-0.35741.26840.0925-0.25820.06190.2401-0.1656-0.01610.0084-0.16830.07550.1285-0.04890.00860.1373-0.02030.086-16.88757.0143-2.5288
61.1441-0.6495-0.87016.58722.11721.42260.1985-0.4291-0.02520.6656-0.203-0.13310.16440.0923-0.01610.2234-0.0706-0.03910.2280.01020.1049-14.32414.93974.5658
70.6980.90970.27021.72491.44532.57280.05550.0492-0.2376-0.0965-0.0834-0.3259-0.06780.2279-0.0350.1341-0.00850.02110.14980.00060.142-9.66521.434-8.8126
84.2640.58-2.01972.2046-0.08012.9342-0.0938-0.1637-0.57610.1427-0.062-0.22630.33950.03130.08710.154-0.0029-0.01450.1250.0270.1549-17.8256-5.262-3.5401
92.9787-0.06630.44113.8002-1.96592.96630.0711-0.2720.09670.1014-0.06460.2544-0.40270.01170.03310.14580.01010.02630.1006-0.01280.1135-29.94670.6194-6.6786
102.3565-2.6473-2.35363.56772.79233.64750.04270.4261-0.5699-0.2004-0.04310.15960.2581-0.22150.0420.1993-0.0327-0.01590.1898-0.10220.2521-28.4991-8.6524-20.3357
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 14 )A1 - 14
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 15 through 24 )A15 - 24
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 25 through 42 )A25 - 42
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 43 through 50 )A43 - 50
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 51 through 68 )A51 - 68
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 69 through 78 )A69 - 78
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 79 through 88 )A79 - 88
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 89 through 100 )A89 - 100
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 101 through 114 )A101 - 114
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 115 through 129 )A115 - 129

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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