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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7f1w | |||||||||
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タイトル | X-ray crystal structure of visual arrestin complexed with inositol hexaphosphate | |||||||||
![]() | S-arrestin | |||||||||
![]() | SIGNALING PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / G protein-coupled receptor internalization / photoreceptor outer segment / response to light stimulus / photoreceptor inner segment / G protein-coupled receptor binding / signal transduction / identical protein binding / membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Kang, M. / Jang, K. / Eger, B.T. / Ernst, O.P. / Choe, H.W. / Kim, Y.J. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural evidence for visual arrestin priming via complexation of phosphoinositols. 著者: Sander, C.L. / Luu, J. / Kim, K. / Furkert, D. / Jang, K. / Reichenwallner, J. / Kang, M. / Lee, H.J. / Eger, B.T. / Choe, H.W. / Fiedler, D. / Ernst, O.P. / Kim, Y.J. / Palczewski, K. / Kiser, P.D. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 580.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 485.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 49.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 66.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 45334.781 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #2: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.7 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 詳細: 40 mM PIPES pH 7.2/0.6 M KCl/22% ethylene glycol/5.7% polyethylene glycol 6000/13% polyethylene glycol 200/4% polyethylene glycol 1000 PH範囲: 6.8-7.2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.097→46.195 Å / Num. obs: 55228 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.6 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rpim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 11.6 |
反射 シェル | 解像度: 3.097→3.208 Å / Rmerge(I) obs: 0.417 / Num. unique obs: 5331 / CC1/2: 0.775 / Rpim(I) all: 0.219 / Rrim(I) all: 0.475 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1CF1 解像度: 3.097→46.195 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.08 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.097→46.195 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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