PDB-7f1n: Beta-Glucosidase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7f1n

タイトル

Beta-Glucosidase

要素

Beta-galactosidase

キーワード

HYDROLASE / Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermofilum sp. ex4484_79 (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.14000368188 Å

データ登録者

Anke, C.

引用

ジャーナル: Front Microbiol / 年: 2021
タイトル: Structural and Catalytic Characterization of TsBGL, a beta-Glucosidase From Thermofilum sp. ex4484_79.
著者: Chen, A. / Wang, D. / Ji, R. / Li, J. / Gu, S. / Tang, R. / Ji, C.

履歴

登録	2021年6月9日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年11月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年3月9日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7f1n.cif.gz	271.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7f1n.ent.gz	174.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7f1n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7f1n_validation.pdf.gz	432.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7f1n_full_validation.pdf.gz	442 KB	表示
XML形式データ	7f1n_validation.xml.gz	40.1 KB	表示
CIF形式データ	7f1n_validation.cif.gz	57.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f1/7f1n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f1/7f1n	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1qvbS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1e4m-1 1e6x-1 4cvb-2 6n0n-d 3e2r-1 4aah-d 1qti-1 6myz-d 4f30-1 5nw9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Beta-galactosidase

B: Beta-galactosidase

ヘテロ分子

117 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.720, 62.210, 112.450
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 98.508, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Beta-galactosidase 分子量: 58718.984 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermofilum sp. ex4484_79 (古細菌) 遺伝子: B6U94_07015 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A256XQM7
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 475 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.57 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 30% (v/v) MPD, 100mM Imidazole/Hydrochloric PH6, 5200mM Ammonium sulfate, 10% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2019年6月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.14→111.213 Å / Num. obs: 56997 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 6.4 % / B_iso Wilson estimate: 24.7434634222 Å² / CC_1/2: 0.857 / Net I/σ(I): 3.6
反射シェル	解像度: 2.14→2.2 Å / Num. unique obs: 3988 / CC_1/2: 0.709

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10_2155	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1qvb

1qvb

解像度: 2.14000368188→111.212511998 Å / SU ML: 0.229128423089 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.38324839426 / 位相誤差: 26.38210846
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.252517316067	2816	4.94390702084 %
R_work	0.209689983167	54143	-
obs	0.211842610613	56959	97.9148043732 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.9701223454 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.14000368188→111.212511998 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8122	0	2	475	8599

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00300341209243	8352
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.622601526306	11346
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0457997136856	1205
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00389732056	1449
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	22.5595025448	4921

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.140004-2.1769	0.267073180728	140	0.230297802861	2538	X-RAY DIFFRACTION	93.4403349616
2.1769-2.2165	0.276319411749	141	0.227958384139	2614	X-RAY DIFFRACTION	94.9018256976
2.2165-2.2591	0.329052787932	152	0.238232561162	2637	X-RAY DIFFRACTION	96.8402777778
2.2591-2.3052	0.294214750151	127	0.239996340828	2696	X-RAY DIFFRACTION	97.1104231166
2.3052-2.3554	0.241786962475	151	0.226466305051	2511	X-RAY DIFFRACTION	92.6880222841
2.3554-2.4102	0.267484945734	123	0.227341098517	2680	X-RAY DIFFRACTION	97.3940236275
2.4102-2.4704	0.273092046857	151	0.22032282444	2733	X-RAY DIFFRACTION	98.396451723
2.4704-2.5372	0.273819775483	123	0.223668363594	2705	X-RAY DIFFRACTION	98.6741102582
2.5372-2.6119	0.281045577079	141	0.224880158989	2706	X-RAY DIFFRACTION	98.6828422877
2.6119-2.6962	0.231615280994	158	0.230406857184	2692	X-RAY DIFFRACTION	98.6842105263
2.6962-2.7926	0.284320113594	129	0.222128504622	2735	X-RAY DIFFRACTION	98.8267770876
2.7926-2.9044	0.287595364916	148	0.225417105171	2746	X-RAY DIFFRACTION	99.0078686281
2.9044-3.0366	0.265656244229	146	0.223391492385	2716	X-RAY DIFFRACTION	99.2371705964
3.0366-3.1967	0.290872461072	126	0.220948701924	2766	X-RAY DIFFRACTION	99.1429550908
3.1967-3.397	0.28026738264	131	0.206698995527	2762	X-RAY DIFFRACTION	99.2452830189
3.397-3.6593	0.207153749584	146	0.195195453599	2775	X-RAY DIFFRACTION	99.21875
3.6593-4.0276	0.244189455741	160	0.181237144994	2715	X-RAY DIFFRACTION	99.2063492063
4.0276-4.6104	0.207212140263	135	0.17147384614	2761	X-RAY DIFFRACTION	99.5873452545
4.6104-5.8086	0.212608267843	151	0.194092454805	2809	X-RAY DIFFRACTION	99.3622020812

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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