PDB-7f0w: Crystal structure of KRAS-G12D bound to GDP with switch 1 open co...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7f0w

タイトル

Crystal structure of KRAS-G12D bound to GDP with switch 1 open conformation

要素

Isoform 2B of GTPase KRas

キーワード

SIGNALING PROTEIN / GTPase

機能・相同性

small monomeric GTPase / Ca2+ pathway / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Isoform 2B of GTPase KRas

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.39 Å

データ登録者

Zhang, F.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of KRAS-G12D bound to GDP with switch 1 open conformation
著者: Zhang, F.

履歴

登録	2021年6月7日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年6月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7f0w.cif.gz	119.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7f0w.ent.gz	88.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7f0w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7f0w_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7f0w_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	7f0w_validation.xml.gz	9.7 KB	表示
CIF形式データ	7f0w_validation.cif.gz	13.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f0/7f0w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f0/7f0w	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4obeS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6m9w-d 2k1q-d 2j0v-1 1p3r-3 3wis-d 3su2-d 2fv8-d 6mqg-d 6fym-1 5efa-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Isoform 2B of GTPase KRas

ヘテロ分子

19.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.315, 78.315, 55.929
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	150
Space group name H-M	P321
Space group name Hall	P32"
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z #3: -x+y,-x,z #4: x-y,-y,-z #5: -x,-x+y,-z #6: y,x,-z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-418- HOH
2	1	A-426- HOH

#1: タンパク質	Isoform 2B of GTPase KRas / K-Ras 2 / Ki-Ras / c-K-ras / c-Ki-ras 分子量: 19285.678 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KRAS, KRAS2, RASK2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01116-2, small monomeric GTPase
#2: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.09 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8 / 詳細: 1.0 M sodium citrate, 0.1M Tris pH 7.0, 0.2M NaCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: AGILENT EOS CCD / 検出器: CCD / 日付: 2021年4月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.35→29 Å / Num. obs: 43707 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 18.7 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.118 / R_pim(I) all: 0.039 / R_rim(I) all: 0.123 / Net I/av σ(I): 0.65 / Net I/σ(I): 11.25
反射シェル	解像度: 1.35→1.39 Å / R_merge(I) obs: 0.945 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 3086 / CC_1/2: 0.818 / R_pim(I) all: 0.259 / R_rim(I) all: 0.982 / Χ²: 0.22 / % possible all: 92.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4obe

4obe

解像度: 1.39→22.76 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1896	1985	4.98 %
R_work	0.1708	-	-
obs	0.1717	39878	99.73 %

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.39→22.76 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1310	0	29	126	1465

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0149	1377
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.4552	1870
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0874	211
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0082	239
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	23.3417	512

LS精密化シェル

解像度: 1.392→1.442 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2614	-	-
R_work	0.2061	-	-
obs	-	3878	98.7 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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