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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7f0b | ||||||
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タイトル | Crystal structure of capreomycin phosphotransferase in complex with ATP | ||||||
![]() | Capreomycin phosphotransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Cph / phosphotransferase / capreomycin / resistance | ||||||
機能・相同性 | Aminoglycoside phosphotransferase / Phosphotransferase enzyme family / transferase activity / Protein kinase-like domain superfamily / ATP binding / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Capreomycin phosphotransferase![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chang, C.Y. / Pan, Y.C. / Wang, Y.L. / Toh, S.I. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Dual-Mechanism Confers Self-Resistance to the Antituberculosis Antibiotic Capreomycin. 著者: Pan, Y.C. / Wang, Y.L. / Toh, S.I. / Hsu, N.S. / Lin, K.H. / Xu, Z. / Huang, S.C. / Wu, T.K. / Li, T.L. / Chang, C.Y. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 72.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 51.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 751.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 754.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 19.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7f0aSC ![]() 7f0cC ![]() 7f0fC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31436.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: cph / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-ATP / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.59 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.4 M sodium malonate pH 7.0, 0.1 M Bis-Tris propane pH 7.0, 0.1 M calcium chloride dihydrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2020年12月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9732 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.14→30 Å / Num. obs: 29140 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.6 % / CC1/2: 0.9836 / Net I/σ(I): 55.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.14→2.22 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.32 / Num. unique obs: 2835 / CC1/2: 0.927 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7F0A 解像度: 2.14→28.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 4.875 / SU ML: 0.124 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.161 / ESU R Free: 0.16 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 211.68 Å2 / Biso mean: 57.568 Å2 / Biso min: 25.08 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.14→28.25 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.14→2.195 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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