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- PDB-7f09: Crystal structure of the HLH-Lz domain of human TFE3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7f09
タイトルCrystal structure of the HLH-Lz domain of human TFE3
要素Transcription factor E3
キーワードTRANSCRIPTION / Transcription factor E3 / HLH-Lz domain
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of osteoclast differentiation / negative regulation of cold-induced thermogenesis / humoral immune response / positive regulation of brown fat cell differentiation / positive regulation of cell adhesion / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / adaptive immune response / protein dimerization activity / transcription cis-regulatory region binding ...regulation of osteoclast differentiation / negative regulation of cold-induced thermogenesis / humoral immune response / positive regulation of brown fat cell differentiation / positive regulation of cell adhesion / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / adaptive immune response / protein dimerization activity / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Transcription factor E3 / MiT/TFE transcription factors, C-terminal / MiT/TFE transcription factors, N-terminal / Domain of unknown function (DUF3371) / MITF/TFEB/TFEC/TFE3 N-terminus / Helix-loop-helix DNA-binding domain / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription factor E3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Yang, G. / Li, P. / Liu, Z. / Wu, S. / Zhuang, C. / Qiao, H. / Fang, P. / Wang, J.
資金援助 中国, 4件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21977107 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21977108 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21778067 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21778064 中国
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2021
タイトル: Structural basis for the dimerization mechanism of human transcription factor E3.
著者: Yang, G. / Li, P. / Liu, Z. / Wu, S. / Zhuang, C. / Qiao, H. / Zheng, L. / Fang, P. / Lei, C. / Wang, J.
履歴
登録2021年6月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription factor E3
B: Transcription factor E3
C: Transcription factor E3
D: Transcription factor E3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,26816
ポリマ－34,5034
非ポリマー76512
水93752
1
A: Transcription factor E3
B: Transcription factor E3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6348
ポリマ－17,2522
非ポリマー3826
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3710 Å2
ΔGint-106 kcal/mol
Surface area9530 Å2
手法PISA
2
C: Transcription factor E3
D: Transcription factor E3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6348
ポリマ－17,2522
非ポリマー3826
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3850 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area8750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)27.940, 47.370, 69.960
Angle α, β, γ (deg.)85.240, 87.210, 88.320
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Transcription factor E3 / Class E basic helix-loop-helix protein 33 / bHLHe33


分子量: 8625.815 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TFE3, BHLHE33 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P19532
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.86 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Zinc Acetate, Zinc Chloride, Bis-Tris pH 7.5, PEG 3350, PEG 2000, PEG 4000 and PEG 5000MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→47.19 Å / Num. obs: 17459 / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 1.8 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.041 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.058 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.6-2.721.80.253231612990.9130.2520.3573.297.1
9.01-47.191.70.0273652180.9970.0270.03819.883.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6KU4

6ku4
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.6→18.833 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.41 / 位相誤差: 31.07 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2451 863 4.94 %
Rwork0.2208 16594 -
obs0.2219 17457 79.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 164.48 Å2 / Biso mean: 71.8898 Å2 / Biso min: 30.72 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→18.833 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2047 0 30 52 2129
Biso mean--93.56 77.02 -
残基数----274
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.6001-2.76260.32791490.276280981
2.7626-2.97510.32521630.2711283582
2.9751-3.27310.3521390.2545273479
3.2731-3.74350.22061680.2351270679
3.7435-4.70420.19231200.1875287981
4.7042-18.8330.23191240.21263176
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -0.5596 Å / Origin y: 4.0699 Å / Origin z: 6.6314 Å
111213212223313233
T0.4072 Å20.0061 Å2-0.0111 Å2-0.4354 Å2-0.0077 Å2--0.394 Å2
L-0.2737 °20.0975 °20.0282 °2--0.0094 °20.3872 °2--0.4022 °2
S-0.0365 Å °-0.0343 Å °-0.0137 Å °0.071 Å °0.0241 Å °0.0157 Å °0.0665 Å °0.0461 Å °-0 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA359 - 432
2X-RAY DIFFRACTION1allB359 - 432
3X-RAY DIFFRACTION1allC359 - 431
4X-RAY DIFFRACTION1allD359 - 431
5X-RAY DIFFRACTION1allE1 - 6
6X-RAY DIFFRACTION1allF1 - 52
7X-RAY DIFFRACTION1allG1 - 6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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