PDB-7f07: Autonomous VH domain that interacts with eIF4E at the Capped mRNA...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7f07

タイトル

Autonomous VH domain that interacts with eIF4E at the Capped mRNA Binding site.

要素

Eukaryotic translation initiation factor 4E
VH domain (VH-DiFCAP-01)

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / Inhibitor complex / Cap-Dependent Translation / VH domain

機能・相同性

機能・相同性情報

eukaryotic initiation factor 4G binding / Activation of the mRNA upon binding of the cap-binding complex and eIFs, and subsequent binding to 43S / regulation of translation at postsynapse, modulating synaptic transmission / RNA cap binding / eukaryotic translation initiation factor 4F complex / chromatoid body / Z-decay: degradation of maternal mRNAs by zygotically expressed factors / mRNA cap binding / Deadenylation of mRNA / Transport of the SLBP independent Mature mRNA ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Brown, C.J. / Frosi, Y. / Ng, S. / Lin, Y.C.

引用

ジャーナル: Rsc Chem Biol / 年: 2022
タイトル: Development of a novel peptide aptamer that interacts with the eIF4E capped-mRNA binding site using peptide epitope linker evolution (PELE).
著者: Frosi, Y. / Ng, S. / Lin, Y.C. / Jiang, S. / Ramlan, S.R. / Lama, D. / Verma, C.S. / Asial, I. / Brown, C.J.

履歴

登録	2021年6月3日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年6月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年8月3日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: atom_type / citation / citation_author Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7f07.cif.gz	82 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7f07.ent.gz	57 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7f07.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7f07_validation.pdf.gz	439.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7f07_full_validation.pdf.gz	442.7 KB	表示
XML形式データ	7f07_validation.xml.gz	13.4 KB	表示
CIF形式データ	7f07_validation.cif.gz	17.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f0/7f07 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f0/7f07	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7ezwC 4beaS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (16) #205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (3) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (2) #106 - 2008年10月ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase) 類似性 (3) #86 - 2007年2月エキソソーム (Exosomes) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (2)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (16)
#205 - 2017年1月
核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex)
類似性 (3)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (2)
#106 - 2008年10月
ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (3)
#86 - 2007年2月
エキソソーム (Exosomes)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (2)

登録構造単位

A: Eukaryotic translation initiation factor 4E

C: VH domain (VH-DiFCAP-01)

44.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Eukaryotic translation initiation factor 4E

C: VH domain (VH-DiFCAP-01)

登録者が定義した集合体
根拠: isothermal titration calorimetry
44.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.522, 81.819, 122.987
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Eukaryotic translation initiation factor 4E / eIF4E / eIF-4F 25 kDa subunit / mRNA cap-binding protein 分子量: 25130.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EIF4E, EIF4EL1, EIF4F / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06730
#2: タンパク質	VH domain (VH-DiFCAP-01) 分子量: 19110.498 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Optimized autonomous VH Domain with a yeast display selected loop that interacts with target protein (eIF4E). Vh domain developed from 4D5 VH domain. 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.87 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M TRIS.HCl pH 8.5 25% (v/v) PEG 550 MME

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.95372 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→40.996 Å / Num. obs: 19226 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.4 % / R_merge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 4.7
反射シェル	解像度: 2.25→2.37 Å / 冗長度: 12.8 % / R_merge(I) obs: 0.755 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 2734 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4BEA

4bea

解像度: 2.25→40.943 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / WR_factor R_free: 0.267 / WR_factor R_work: 0.212 / SU B: 8.758 / SU ML: 0.204 / Average fsc free: 0.8505 / Average fsc work: 0.8641 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.277 / ESU R Free: 0.228 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.266	976	5.091 %
R_work	0.2145	18195	-
all	0.217	-	-
obs	-	19171	99.969 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.131 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.942 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	8.55 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-5.608 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→40.943 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2490	0	0	53	2543

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.013	2548
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2358
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.311	1.64	3455
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.165	1.583	5422
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.437	5	314
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.574	21.618	136
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.256	15	424
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.616	15	19
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.051	0.2	328
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	2905
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	621
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.18	0.2	454
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.182	0.2	2127
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.161	0.2	1191
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.075	0.2	1269
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.158	0.2	93
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.055	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.238	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.227	0.2	79
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.176	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.86	4.979	1262
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.858	4.979	1261
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.452	7.462	1574
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.451	7.463	1575
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.011	5.264	1286
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.01	5.263	1284
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.01	7.74	1881
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.01	7.739	1881
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.098	55.675	2773
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.091	55.64	2766

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.25-2.308	0.261	68	0.321	1309	0.318	1377	0.704	0.636	100	0.282
2.308-2.372	0.343	67	0.32	1284	0.321	1351	0.644	0.667	100	0.286
2.372-2.44	0.385	62	0.293	1266	0.297	1330	0.703	0.74	99.8496	0.255
2.44-2.515	0.328	69	0.257	1201	0.261	1270	0.804	0.826	100	0.225
2.515-2.598	0.324	70	0.236	1191	0.241	1261	0.849	0.864	100	0.206
2.598-2.689	0.31	52	0.244	1135	0.247	1187	0.819	0.863	100	0.214
2.689-2.79	0.302	61	0.232	1116	0.236	1177	0.874	0.889	100	0.21
2.79-2.904	0.268	48	0.214	1063	0.216	1111	0.884	0.906	100	0.192
2.904-3.033	0.293	60	0.2	1026	0.205	1086	0.879	0.924	100	0.183
3.033-3.18	0.303	53	0.185	985	0.191	1038	0.912	0.942	100	0.172
3.18-3.352	0.227	48	0.181	937	0.184	986	0.926	0.949	99.8986	0.173
3.352-3.555	0.24	53	0.189	895	0.192	948	0.917	0.944	100	0.185
3.555-3.799	0.269	47	0.193	839	0.197	886	0.924	0.939	100	0.195
3.799-4.103	0.224	37	0.188	788	0.189	825	0.941	0.948	100	0.194
4.103-4.493	0.192	34	0.184	731	0.184	765	0.954	0.951	100	0.193
4.493-5.02	0.202	36	0.193	664	0.194	700	0.955	0.948	100	0.218
5.02-5.792	0.297	33	0.22	601	0.224	634	0.924	0.947	100	0.25
5.792-7.08	0.354	36	0.25	502	0.256	538	0.918	0.941	100	0.273
7.08-9.96	0.242	28	0.194	413	0.197	441	0.936	0.962	100	0.233
9.96-68.122	0.263	14	0.253	249	0.254	266	0.94	0.937	98.8722	0.296

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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