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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ezd | ||||||||||||
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タイトル | Thorarchaeota Rab co-crystallized with GTP gamma-S | ||||||||||||
要素 | Chains: A,B | ||||||||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / Rab / Small GTPase | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | Candidatus Thorarchaeota archaeon SMTZ1-45 (古細菌) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.76 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Robinson, R.C. / Tran, L.T. | ||||||||||||
資金援助 | 日本, 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structure of Thor-Rab 著者: Robinson, R.C. / Tran, L.T. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ezd.cif.gz | 173.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ezd.ent.gz | 130.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ezd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7ezd_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7ezd_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7ezd_validation.xml.gz | 18.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7ezd_validation.cif.gz | 26.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/7ezd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/7ezd | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7ezbSC 7ezeC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20887.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Candidatus Thorarchaeota archaeon SMTZ1-45 (古細菌) 遺伝子: AM325_13980 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A135VL07 #2: 化合物 | ChemComp-GDP / | #3: 化合物 | ChemComp-GSP / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.28 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 100 mM MES, pH 5.5, 250 mM NaCl, 13% PEG 8000, 5 mM GTP gamma-S |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.76→44.35 Å / Num. obs: 34996 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.087 / Net I/σ(I): 11 |
反射 シェル | 解像度: 1.76→1.79 Å / Rmerge(I) obs: 1.123 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 10206 / CC1/2: 0.558 / Rpim(I) all: 0.549 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7EZB 解像度: 1.76→44.35 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 33.63 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.76→44.35 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.76→1.823 Å
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