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- PDB-7ezd: Thorarchaeota Rab co-crystallized with GTP gamma-S -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ezd
タイトルThorarchaeota Rab co-crystallized with GTP gamma-S
要素Chains: A,B
キーワードSIGNALING PROTEIN / Rab / Small GTPase
機能・相同性
機能・相同性情報


GTPase activity / GTP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Small GTPase Rab domain profile. / Small GTPase Rho domain profile. / Small GTPase Ras domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases ...: / Small GTPase Rab domain profile. / Small GTPase Rho domain profile. / Small GTPase Ras domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE / GTP-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Candidatus Thorarchaeota archaeon SMTZ1-45 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.76 Å
データ登録者Robinson, R.C. / Tran, L.T.
資金援助 日本, 米国, 3件
組織認可番号国
Japan Science and TechnologyJPMJCR19S5 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP20H00476 日本
Moore and Simons FoundationsGBMF9743 米国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2024
タイトル: The eukaryotic-like characteristics of small GTPase, roadblock and TRAPPC3 proteins from Asgard archaea
著者: Tran, L.T. / Akil, C. / Senju, Y. / Robinson, R.C.
履歴
登録2021年6月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22025年1月29日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chains: A,B
B: Chains: A,B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,7584
ポリマ－41,7752
非ポリマー9822
水5,152286
1
A: Chains: A,B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,3312
ポリマ－20,8881
非ポリマー4431
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area9360 Å2
手法PISA
2
B: Chains: A,B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4272
ポリマ－20,8881
非ポリマー5391
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area780 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area9500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.656, 68.656, 66.579
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31
Space group name HallP31
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3

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要素

#1: タンパク質 Chains: A,B


分子量: 20887.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Candidatus Thorarchaeota archaeon SMTZ1-45 (古細菌)
遺伝子: AM325_13980 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A135VL07
#2: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-GSP / 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE / GTP-γ-S


分子量: 539.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 286 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.28 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100 mM MES, pH 5.5, 250 mM NaCl, 13% PEG 8000, 5 mM GTP gamma-S

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→44.35 Å / Num. obs: 34996 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.087 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 1.76→1.79 Å / Rmerge(I) obs: 1.123 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 10206 / CC1/2: 0.558 / Rpim(I) all: 0.549

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXv1.17.1精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7EZB

7ezb


解像度: 1.76→44.35 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1893 1727 -
Rwork0.164 --
obs-34766 99.95 %
原子変位パラメータBiso mean: 33.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.76→44.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2794 0 60 286 3140
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00363101
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.75334237
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0479463
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0027542
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.01391218
LS精密化 シェル解像度: 1.76→1.823 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 168 -
Rwork0.25 1727 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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