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- PDB-7ezc: Adenosine A2a receptor mutant-I92N -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ezc
タイトルAdenosine A2a receptor mutant-I92N
要素Adenosine receptor A2a,Soluble cytochrome b562
キーワードSIGNALING PROTEIN / GPCR / Adenosine / agonist / active mutation
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of norepinephrine secretion / positive regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / positive regulation of acetylcholine secretion, neurotransmission / negative regulation of alpha-beta T cell activation / Adenosine P1 receptors / G protein-coupled adenosine receptor activity / response to purine-containing compound / G protein-coupled adenosine receptor signaling pathway / NGF-independant TRKA activation / sensory perception ...regulation of norepinephrine secretion / positive regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / positive regulation of acetylcholine secretion, neurotransmission / negative regulation of alpha-beta T cell activation / Adenosine P1 receptors / G protein-coupled adenosine receptor activity / response to purine-containing compound / G protein-coupled adenosine receptor signaling pathway / NGF-independant TRKA activation / sensory perception / Surfactant metabolism / positive regulation of urine volume / synaptic transmission, dopaminergic / inhibitory postsynaptic potential / type 5 metabotropic glutamate receptor binding / negative regulation of vascular permeability / positive regulation of glutamate secretion / synaptic transmission, cholinergic / response to caffeine / blood circulation / intermediate filament / eating behavior / alpha-actinin binding / presynaptic active zone / regulation of calcium ion transport / membrane depolarization / asymmetric synapse / axolemma / phagocytosis / prepulse inhibition / cellular defense response / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / response to amphetamine / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / neuron projection morphogenesis / regulation of mitochondrial membrane potential / central nervous system development / positive regulation of apoptotic signaling pathway / positive regulation of long-term synaptic potentiation / excitatory postsynaptic potential / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / synaptic transmission, glutamatergic / positive regulation of protein secretion / locomotory behavior / astrocyte activation / apoptotic signaling pathway / electron transport chain / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of inflammatory response / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / blood coagulation / vasodilation / cell-cell signaling / presynaptic membrane / G alpha (s) signalling events / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of neuron apoptotic process / postsynaptic membrane / periplasmic space / electron transfer activity / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / calmodulin binding / inflammatory response / iron ion binding / response to xenobiotic stimulus / negative regulation of cell population proliferation / neuronal cell body / apoptotic process / lipid binding / heme binding / dendrite / regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex binding / glutamatergic synapse / enzyme binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Adenosine A2A receptor / Adenosine receptor / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-UKA / Soluble cytochrome b562 / Adenosine receptor A2a
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Cui, M. / Zhou, Q. / Yao, D. / Zhao, S. / Song, G.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31770898 中国
引用ジャーナル: Iucrj / 年: 2022
タイトル: Crystal structure of a constitutive active mutant of adenosine A 2A receptor.
著者: Cui, M. / Zhou, Q. / Xu, Y. / Weng, Y. / Yao, D. / Zhao, S. / Song, G.
履歴
登録2021年6月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenosine receptor A2a,Soluble cytochrome b562
B: Adenosine receptor A2a,Soluble cytochrome b562
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,8744
ポリマ－96,3182
非ポリマー1,5562
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1440 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area37030 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)71.230, 175.730, 112.710
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.22, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Adenosine receptor A2a,Soluble cytochrome b562 / Cytochrome b-562


分子量: 48158.934 Da / 分子数: 2 / 変異: I92N,M1007W / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: ADORA2A, ADORA2, cybC / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P29274, UniProt: P0ABE7
#2: 化合物 ChemComp-UKA / 6-(2,2-diphenylethylamino)-9-[(2R,3R,4S,5S)-5-(ethylcarbamoyl)-3,4-dihydroxy-oxolan-2-yl]-N-[2-[(1-pyridin-2-ylpiperidin-4-yl)carbamoylamino]ethyl]purine-2-carboxamide / UK-432097


分子量: 777.871 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H47N11O6 / コメント: アゴニスト*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.09 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 8.2 / 詳細: 100 mM Tris pH 8.2, 30% PEG400 and 0.4 M (NH4)2SO4. / PH範囲: 8.0-8.4

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Ambient temp details: liquid nitrogen / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2020年7月12日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.8→47.429 Å / Num. obs: 13682 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 43.4 % / Biso Wilson estimate: 105.9 Å2 / Net I/σ(I): 10.46
反射 シェル解像度: 3.8→3.94 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.52

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.10.1_2155精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3QAK

3qak


解像度: 3.8→47.43 Å / SU ML: 0.68 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 40.32 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.313 691 5.07 %
Rwork0.288 --
obs0.289 13628 99.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 124.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.8→47.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5769 0 114 0 5883
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036024
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6358230
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.9423486
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.038981
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031020
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.8001-4.09340.3891370.35932576X-RAY DIFFRACTION100
4.0934-4.5050.36311380.32072597X-RAY DIFFRACTION100
4.505-5.15620.26211350.29222557X-RAY DIFFRACTION99
5.1562-6.49360.35681400.32542588X-RAY DIFFRACTION100
6.4936-47.4290.28031410.23252619X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.1956-0.1204-3.01692.9713-1.76932.99540.14240.3537-0.3107-0.0592-0.22192.0286-0.2388-0.6470.01651.21280.0689-0.54760.88950.09181.29775.493-39.37928.552
26.0425-0.0732-3.73188.0472-2.33212.4092-0.51310.0182-0.4255-1.68370.24590.8818-0.0371-0.1970.13191.2582-0.0707-0.31650.82690.03820.510617.471-46.32126.407
31.75940.6278-1.55622.60920.59951.0751-0.7561-0.15550.38890.33030.9541.4322-0.53270.3416-0.46841.3156-0.0815-0.40960.93780.11751.044121.068-21.09639.539
44.9389-0.1768-0.64164.9882-3.21472.2468-1.2222-0.32562.3131-1.031-0.92771.08821.1896-0.55391.19291.1728-0.00240.14941.4785-0.30111.213114.037-42.64742.997
54.43081.80992.37524.29491.56521.5664-1.0901-0.2653-0.298-0.6278-1.2635-0.31871.8961-0.24810.91742.2188-0.18470.7611.6456-0.09571.13325.409-40.20938.277
60.0270.0546-0.07291.9157-2.73784.6172-0.6178-0.484-0.7592-2.0502-0.60591.76871.1660.9762-0.0920.3771-0.1085-0.13031.6857-0.73591.4487-4.455-20.7831.838
73.4876-3.76550.93014.8585-1.86681.0293-1.26050.0819-1.4206-0.42951.65632.3546-0.55430.5241-0.51031.6372-0.20290.05381.0422-0.2210.854226.5393.10347.304
84.15010.4738-1.59544.22590.04524.7067-0.1916-0.30820.70470.54220.0651.22420.0327-0.27090.28771.158-0.0404-0.12810.77620.08681.299131.53910.45239.592
95.66381.1614-2.16559.3177-2.68024.07140.00720.2728-0.3829-2.2606-0.1094-0.9384-0.23820.13440.22841.4419-0.1970.02930.9185-0.08650.667136.708-47.3115.074
10-0.6185-2.9278-0.28753.3472-1.06621.4744-0.8843-0.15960.4040.53750.233-1.4562-0.42530.3380.16771.184-0.0972-0.26851.1920.25961.49841.595-53.08131.636
113.9147-4.45733.44897.8966-1.29856.7296-0.5184-0.4402-5.70080.0005-0.91882.14742.45850.61110.12931.26280.19820.68491.03070.85572.314146.611-35.89923.019
121.09482.59831.89851.88857.58085.589-4.0466-3.107-1.5106-0.93453.161.0021-2.5098-1.2417-0.28221.33120.67730.9722.05350.2392.265451.853-66.92413.102
130.10830.6909-0.07511.9712-1.7590.1863-0.27360.4554-0.36120.4985-0.8429-0.70130.02360.470.95051.4655-0.1456-0.05061.14120.19661.437644.417-86.76254.177
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 3:107 )A3 - 107
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 108:186 )A108 - 186
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 187:226 )A187 - 226
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 227:268 )A227 - 268
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 269:289 )A269 - 289
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 290:307 )A290 - 307
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND RESID 1001:1018 )A0
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN A AND RESID 1019:1093 )A0
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN B AND RESID 3:173 )B3 - 173
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN B AND RESID 174:251 )B174 - 251
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN B AND RESID 252:287 )B252 - 287
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN B AND RESID 288:308 )B288 - 308
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN B AND RESID 1001:1095 )B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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