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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ez0 | |||||||||||||||||||||
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タイトル | Apo L-21 ScaI Tetrahymena ribozyme | |||||||||||||||||||||
![]() | Apo L-21 ScaI Tetrahymena ribozyme | |||||||||||||||||||||
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機能・相同性 | : / ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
![]() | Su, Z. / Zhang, K. / Kappel, K. / Luo, B. / Das, R. / Chiu, W. | |||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structures of full-length Tetrahymena ribozyme at 3.1 Å resolution. 著者: Zhaoming Su / Kaiming Zhang / Kalli Kappel / Shanshan Li / Michael Z Palo / Grigore D Pintilie / Ramya Rangan / Bingnan Luo / Yuquan Wei / Rhiju Das / Wah Chiu / ![]() ![]() 要旨: Single-particle cryogenic electron microscopy (cryo-EM) has become a standard technique for determining protein structures at atomic resolution. However, cryo-EM studies of protein-free RNA are in ...Single-particle cryogenic electron microscopy (cryo-EM) has become a standard technique for determining protein structures at atomic resolution. However, cryo-EM studies of protein-free RNA are in their early days. The Tetrahymena thermophila group I self-splicing intron was the first ribozyme to be discovered and has been a prominent model system for the study of RNA catalysis and structure-function relationships, but its full structure remains unknown. Here we report cryo-EM structures of the full-length Tetrahymena ribozyme in substrate-free and bound states at a resolution of 3.1 Å. Newly resolved peripheral regions form two coaxially stacked helices; these are interconnected by two kissing loop pseudoknots that wrap around the catalytic core and include two previously unforeseen (to our knowledge) tertiary interactions. The global architecture is nearly identical in both states; only the internal guide sequence and guanosine binding site undergo a large conformational change and a localized shift, respectively, upon binding of RNA substrates. These results provide a long-sought structural view of a paradigmatic RNA enzyme and signal a new era for the cryo-EM-based study of structure-function relationships in ribozymes. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 193.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 143.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 125096.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 発現宿主: synthetic construct (人工物) / 参照: GenBank: 10832 | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-MG / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: ![]() |
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試料調製
構成要素 | 名称: Apo L-21 ScaI Tetrahymena ribozyme with metal ions. / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
緩衝液 | pH: 8.1 |
試料 | 濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色![]() ![]() |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 |
急速凍結![]() | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 278 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源![]() ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD![]() ![]() |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 最低温度: 78.2 K |
撮影 | 電子線照射量: 75 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 実像数: 7577 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称![]() |
画像スキャン | サンプリングサイズ: 5 µm / 横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 25 / 利用したフレーム数/画像: 1-25 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正![]() | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1658961 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成![]() | 解像度: 3.14 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 415918 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6WLS PDB chain-ID: A / Accession code: 6WLS / Pdb chain residue range: 22-409 / Source name: PDB / タイプ: experimental model |