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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7eyu | ||||||
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タイトル | Fe(II)/(alpha)ketoglutarate-dependent dioxygenase SptF-N65T mutant with andiconin D | ||||||
![]() | 2-oxoglutarate/Fe(II)-dependent dioxygenase SptF | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / alpha-ketoglutarate dependent dioxygenase / meroterpenoid | ||||||
機能・相同性 | Phytanoyl-CoA dioxygenase / Phytanoyl-CoA dioxygenase (PhyH) / dioxygenase activity / metal ion binding / Andiconin D / : / N-OXALYLGLYCINE / 2-oxoglutarate/Fe(II)-dependent dioxygenase SptF![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tao, H. / Mori, T. / Abe, I. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Molecular insights into the unusually promiscuous and catalytically versatile Fe(II)/ alpha-ketoglutarate-dependent oxygenase SptF. 著者: Tao, H. / Mori, T. / Chen, H. / Lyu, S. / Nonoyama, A. / Lee, S. / Abe, I. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 141.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 98 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 24.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 34.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33830.184 Da / 分子数: 2 / 変異: N65T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-OGA / | #3: 化合物 | ChemComp-0CC / | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.76 % |
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結晶化 | 温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M magnesium formate dehydrate, 20% w/v PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.05→44.6 Å / Num. obs: 31258 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 12.15 Å2 / CC1/2: 0.971 / Rmerge(I) obs: 0.176 / Net I/σ(I): 7.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.05→2.11 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.455 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique obs: 2440 / CC1/2: 0.893 / % possible all: 95.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7EYR 解像度: 2.05→27.85 Å / SU ML: 0.2949 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.11 / 位相誤差: 31.0785 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.86 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.05→27.85 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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