PDB-7eyt: Fe(II)/(alpha)ketoglutarate-dependent dioxygenase SptF with andil...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7eyt

タイトル

Fe(II)/(alpha)ketoglutarate-dependent dioxygenase SptF with andilesin C and NOG

要素

2-oxoglutarate/Fe(II)-dependent dioxygenase SptF

キーワード

OXIDOREDUCTASE / alpha-ketoglutarate dependent dioxygenase / meroterpenoid

機能・相同性

機能・相同性情報

dioxygenase activity / biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Aspergillus sp. (カビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Tao, H. / Mori, T. / Abe, I.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Molecular insights into the unusually promiscuous and catalytically versatile Fe(II)/ alpha-ketoglutarate-dependent oxygenase SptF.
著者: Tao, H. / Mori, T. / Chen, H. / Lyu, S. / Nonoyama, A. / Lee, S. / Abe, I.

履歴

登録	2021年6月1日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年4月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7eyt.cif.gz	495.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7eyt.ent.gz	360.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7eyt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7eyt_validation.pdf.gz	842.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7eyt_full_validation.pdf.gz	855.5 KB	表示
XML形式データ	7eyt_validation.xml.gz	43.2 KB	表示
CIF形式データ	7eyt_validation.cif.gz	60.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ey/7eyt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ey/7eyt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7eyrSC 7eysC 7eyuC 7eywC 7fcbC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (2) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1) #147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (1) #61 - 2005年1月フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (2)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (1)
#244 - 2020年4月
光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes)
類似性 (1)
#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (1)
#61 - 2005年1月
フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase)
類似性 (1)

登録構造単位

C: 2-oxoglutarate/Fe(II)-dependent dioxygenase SptF

A: 2-oxoglutarate/Fe(II)-dependent dioxygenase SptF

B: 2-oxoglutarate/Fe(II)-dependent dioxygenase SptF

D: 2-oxoglutarate/Fe(II)-dependent dioxygenase SptF

ヘテロ分子

136 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

C: 2-oxoglutarate/Fe(II)-dependent dioxygenase SptF

B: 2-oxoglutarate/Fe(II)-dependent dioxygenase SptF

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
68.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: 2-oxoglutarate/Fe(II)-dependent dioxygenase SptF

D: 2-oxoglutarate/Fe(II)-dependent dioxygenase SptF

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
67.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.054, 72.557, 78.826
Angle α, β, γ (deg.)	81.739, 84.189, 70.229
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Space group name Hall	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

#1: タンパク質	2-oxoglutarate/Fe(II)-dependent dioxygenase SptF 分子量: 33843.184 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus sp. (カビ) / 遺伝子: sptF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6J4CX17
#2: 化合物	ChemComp-OGA / N-OXALYLGLYCINE / N-オキサリルグリシン分子量: 147.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₅NO₅ / コメント: 阻害剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-0I3 / Andilesin C / アンジレシンC 分子量: 412.519 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₃₂O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-FE2 / FE (II) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 443 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.45 %
結晶化	温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.27 M magnesium chloride, 16% w/v PEG 3350, 1.5% trimethylamine N-oxide dihydrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→48.42 Å / Num. obs: 56771 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 3.3 % / B_iso Wilson estimate: 21.87 Å² / CC_1/2: 0.986 / R_merge(I) obs: 0.138 / Net I/σ(I): 5.7
反射シェル	解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.456 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 4484 / CC_1/2: 0.906 / % possible all: 95.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7EYR

7eyr

解像度: 2.1→48.42 Å / SU ML: 0.3021 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.83 / 位相誤差: 32.6001
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.286	1995	3.52 %
R_work	0.2361	54656	-
obs	0.2378	56651	94.09 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.17 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→48.42 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8524	0	44	443	9011

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0025	8837
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5948	12064
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0397	1287
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0043	1573
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.7438	3272

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.15	0.2781	145	0.2439	3976	X-RAY DIFFRACTION	95.09
2.15-2.21	0.3068	144	0.2651	3932	X-RAY DIFFRACTION	94.97
2.21-2.28	0.3616	144	0.2631	3944	X-RAY DIFFRACTION	94.72
2.28-2.35	0.3199	141	0.2694	3859	X-RAY DIFFRACTION	93.5
2.35-2.43	0.3208	141	0.2733	3847	X-RAY DIFFRACTION	92.92
2.43-2.53	0.3728	135	0.2836	3721	X-RAY DIFFRACTION	89.3
2.53-2.65	0.3652	138	0.2915	3734	X-RAY DIFFRACTION	90.34
2.65-2.79	0.356	137	0.2725	3801	X-RAY DIFFRACTION	91.01
2.79-2.96	0.2824	144	0.2556	3931	X-RAY DIFFRACTION	95.19
2.96-3.19	0.3238	148	0.2414	4040	X-RAY DIFFRACTION	97.46
3.19-3.51	0.2477	147	0.228	4010	X-RAY DIFFRACTION	97.17
3.51-4.02	0.2354	146	0.196	4000	X-RAY DIFFRACTION	96.37
4.02-5.06	0.2312	145	0.1848	3959	X-RAY DIFFRACTION	95.31
5.06-48.42	0.2605	140	0.2304	3902	X-RAY DIFFRACTION	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.24741245819	0.208884075248	-0.0805666290589	1.96221994671	-0.0418415728247	0.408846035246	0.132855906393	-0.0832644629047	0.141160955267	-0.0093291038631	-0.0170279945156	-0.126054897926	-0.218099682422	-0.00260542530494	-0.120089097901	0.39610960457	-0.000689305085096	0.0625682857208	0.182107763753	-0.0362202786191	0.15538464623	3.61602697637	60.1708708212	33.6138130037
2	1.05275623791	0.230005806912	-0.115838714414	2.3152147054	0.361885959037	1.67216245166	0.120798638708	0.0593376635842	0.0532005591266	-0.176888483414	0.0316339221631	-0.125440544376	-0.217094004122	-0.0694048361809	-0.141878761365	0.152442779068	0.0467834707411	0.0304310249459	0.135303671622	0.0111244055917	0.141280201587	-17.8445816477	64.239807411	73.7140758873
3	2.21154653785	-0.255793360084	-0.411022830231	3.52055192355	-0.0646676715586	2.26977645452	-0.0687612177916	0.0922601510767	-0.0958746760588	-0.253123345983	0.0472589582283	-0.249767535016	0.138896300587	0.149840431015	0.021177336524	0.198033431902	-0.000229065437423	0.0229913179967	0.137757450609	-0.0207391687656	0.132903141905	5.6492929224	25.8238967433	33.209510995
4	1.78148203552	-0.183022911695	-0.615535789432	3.86724108426	0.0462568447439	2.07707132523	-0.0783359507797	-0.00422497812693	-0.119251496594	-0.102729289911	0.0080943926652	-0.1206082378	0.251529125991	-0.0295349506172	0.06837485184	0.136768926955	0.0200331986547	-0.0368073979705	0.154466195952	0.0212861693785	0.151207140804	-15.1483523821	30.1356043164	72.9797447802

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	(chain 'B' and resid 6 through 280)	B	E	6 - 280	1 - 267
2	2	(chain 'D' and resid 5 through 288)	D	F	5 - 288	1 - 276
3	3	(chain 'C' and resid 2 through 278)	C	A	2 - 278	1 - 277
4	4	(chain 'A' and resid 2 through 278)	A	D	2 - 278	1 - 258

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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