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- PDB-7eys: Complex structure of SptF with Fe, alpha-ketoglutarate, and andic... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7eys
タイトルComplex structure of SptF with Fe, alpha-ketoglutarate, and andiconin D
要素2-oxoglutarate/Fe(II)-dependent dioxygenase SptF
キーワードOXIDOREDUCTASE / alpha-ketoglutarate dependent dioxygenase / meroterpenoid
機能・相同性
機能・相同性情報


dioxygenase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Phytanoyl-CoA dioxygenase / Phytanoyl-CoA dioxygenase (PhyH) / q2cbj1_9rhob like domain / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Andiconin D / 2-OXOGLUTARIC ACID / : / 2-oxoglutarate/Fe(II)-dependent dioxygenase SptF
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus sp. (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Tao, H. / Mori, T. / Abe, I.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Molecular insights into the unusually promiscuous and catalytically versatile Fe(II)/ alpha-ketoglutarate-dependent oxygenase SptF.
著者: Tao, H. / Mori, T. / Chen, H. / Lyu, S. / Nonoyama, A. / Lee, S. / Abe, I.
履歴
登録2021年6月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 2-oxoglutarate/Fe(II)-dependent dioxygenase SptF
A: 2-oxoglutarate/Fe(II)-dependent dioxygenase SptF
B: 2-oxoglutarate/Fe(II)-dependent dioxygenase SptF
D: 2-oxoglutarate/Fe(II)-dependent dioxygenase SptF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,9697
ポリマ－135,3734
非ポリマー5963
水8,683482
1
C: 2-oxoglutarate/Fe(II)-dependent dioxygenase SptF
ヘテロ分子

D: 2-oxoglutarate/Fe(II)-dependent dioxygenase SptF


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,2835
ポリマ－67,6862
非ポリマー5963
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_565x,y+1,z1
Buried area3990 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area21790 Å2
手法PISA
2
A: 2-oxoglutarate/Fe(II)-dependent dioxygenase SptF

B: 2-oxoglutarate/Fe(II)-dependent dioxygenase SptF


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,6862
ポリマ－67,6862
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_465x-1,y+1,z1
Buried area3230 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area22650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.366, 72.227, 77.606
Angle α, β, γ (deg.)81.582, 85.581, 70.243
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

#1: タンパク質
2-oxoglutarate/Fe(II)-dependent dioxygenase SptF


分子量: 33843.184 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus sp. (カビ) / 遺伝子: sptF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6J4CX17
#2: 化合物 ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸


分子量: 146.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-0CC / Andiconin D


分子量: 394.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H30O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 482 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.34 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.27 M magnesium chloride, 16% w/v PEG 3350, 1.5% trimethylamine N-oxide dihydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 283 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→47.7 Å / Num. obs: 70547 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 22.05 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 1.95→1.99 Å / Rmerge(I) obs: 0.403 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 4499 / CC1/2: 0.907

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7EYR

7eyr


解像度: 1.95→47.7 Å / SU ML: 0.2364 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.79 / 位相誤差: 30.3481
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2682 1996 2.83 %
Rwork0.213 68471 -
obs0.2146 70467 96.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 29.69 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→47.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8589 0 40 482 9111
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00498906
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.691312149
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04451281
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00461590
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.46413340
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.95-20.32661380.27724828X-RAY DIFFRACTION95.57
2-2.050.32871490.25234864X-RAY DIFFRACTION95.91
2.05-2.110.29181450.23824803X-RAY DIFFRACTION96.06
2.11-2.180.30281330.22554895X-RAY DIFFRACTION96.47
2.18-2.260.28191490.22954900X-RAY DIFFRACTION96.65
2.26-2.350.29681410.22054893X-RAY DIFFRACTION96.79
2.35-2.460.31021370.22914855X-RAY DIFFRACTION96.67
2.46-2.590.34461510.23044927X-RAY DIFFRACTION97.15
2.59-2.750.26471390.23074889X-RAY DIFFRACTION97.39
2.75-2.960.25791400.22624850X-RAY DIFFRACTION96.46
2.96-3.260.29581460.21944911X-RAY DIFFRACTION96.88
3.26-3.730.24331480.19774918X-RAY DIFFRACTION98.08
3.73-4.70.20061400.17174962X-RAY DIFFRACTION98.27
4.7-47.70.25381400.20364976X-RAY DIFFRACTION98.16

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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