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- PDB-7ewa: GDP-bound KRAS G12D in complex with TH-Z827 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ewa
タイトルGDP-bound KRAS G12D in complex with TH-Z827
要素Isoform 2B of GTPase KRas
キーワードHYDROLASE / KRAS / G12D / Salt-bridge / Inhibitor / Complex / TH-Z827
機能・相同性
機能・相同性情報


forebrain astrocyte development / negative regulation of epithelial cell differentiation / regulation of synaptic transmission, GABAergic / type I pneumocyte differentiation / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / Rac protein signal transduction / skeletal muscle cell differentiation / positive regulation of Rac protein signal transduction / Signaling by RAS GAP mutants / Signaling by RAS GTPase mutants ...forebrain astrocyte development / negative regulation of epithelial cell differentiation / regulation of synaptic transmission, GABAergic / type I pneumocyte differentiation / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / Rac protein signal transduction / skeletal muscle cell differentiation / positive regulation of Rac protein signal transduction / Signaling by RAS GAP mutants / Signaling by RAS GTPase mutants / Activation of RAS in B cells / RAS signaling downstream of NF1 loss-of-function variants / RUNX3 regulates p14-ARF / SOS-mediated signalling / Activated NTRK3 signals through RAS / Activated NTRK2 signals through RAS / SHC1 events in ERBB4 signaling / Signalling to RAS / SHC-related events triggered by IGF1R / Activated NTRK2 signals through FRS2 and FRS3 / glial cell proliferation / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / SHC-mediated cascade:FGFR3 / MET activates RAS signaling / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants / SHC-mediated cascade:FGFR2 / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / SHC-mediated cascade:FGFR4 / Signaling by FGFR4 in disease / Erythropoietin activates RAS / SHC-mediated cascade:FGFR1 / protein-membrane adaptor activity / FRS-mediated FGFR3 signaling / Signaling by CSF3 (G-CSF) / Signaling by FLT3 ITD and TKD mutants / positive regulation of glial cell proliferation / homeostasis of number of cells within a tissue / FRS-mediated FGFR2 signaling / Signaling by FGFR3 in disease / FRS-mediated FGFR4 signaling / p38MAPK events / Tie2 Signaling / FRS-mediated FGFR1 signaling / striated muscle cell differentiation / Signaling by FGFR2 in disease / GRB2 events in EGFR signaling / SHC1 events in EGFR signaling / EGFR Transactivation by Gastrin / Signaling by FLT3 fusion proteins / FLT3 Signaling / Ras activation upon Ca2+ influx through NMDA receptor / Signaling by FGFR1 in disease / GRB2 events in ERBB2 signaling / CD209 (DC-SIGN) signaling / NCAM signaling for neurite out-growth / SHC1 events in ERBB2 signaling / Downstream signal transduction / Constitutive Signaling by Overexpressed ERBB2 / Insulin receptor signalling cascade / small monomeric GTPase / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / G protein activity / VEGFR2 mediated cell proliferation / FCERI mediated MAPK activation / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / RAF activation / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / Constitutive Signaling by EGFRvIII / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / Signaling by ERBB2 ECD mutants / MAP2K and MAPK activation / visual learning / Signaling by ERBB2 KD Mutants / Signaling by SCF-KIT / cytoplasmic side of plasma membrane / Regulation of RAS by GAPs / RAS processing / Negative regulation of MAPK pathway / Signaling by CSF1 (M-CSF) in myeloid cells / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / GDP binding / MAPK cascade / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / DAP12 signaling / Constitutive Signaling by Ligand-Responsive EGFR Cancer Variants / Ca2+ pathway / gene expression / actin cytoskeleton organization / RAF/MAP kinase cascade / neuron apoptotic process / negative regulation of neuron apoptotic process / Ras protein signal transduction / mitochondrial outer membrane / positive regulation of protein phosphorylation / Golgi membrane / focal adhesion
類似検索 - 分子機能
Small GTPase, Ras-type / small GTPase Ras family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-05F / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / GTPase KRas
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Shen, P. / Yang, Y. / Yang, Y. / Zhang, L. / Chen, C.-C. / Guo, R.-T.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81991492 中国
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2022
タイトル: KRAS(G12D) can be targeted by potent inhibitors via formation of salt bridge.
著者: Mao, Z. / Xiao, H. / Shen, P. / Yang, Y. / Xue, J. / Yang, Y. / Shang, Y. / Zhang, L. / Li, X. / Zhang, Y. / Du, Y. / Chen, C.C. / Guo, R.T. / Zhang, Y.
履歴
登録2021年5月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年7月20日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoform 2B of GTPase KRas
B: Isoform 2B of GTPase KRas
C: Isoform 2B of GTPase KRas
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,71811
ポリマ－58,1613
非ポリマー2,5588
水3,045169
1
A: Isoform 2B of GTPase KRas
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,3534
ポリマ－19,3871
非ポリマー9663
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area900 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area7910 Å2
手法PISA
2
B: Isoform 2B of GTPase KRas
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4324
ポリマ－19,3871
非ポリマー1,0453
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area990 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area7760 Å2
手法PISA
3
C: Isoform 2B of GTPase KRas
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,9333
ポリマ－19,3871
非ポリマー5472
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area830 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area7580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.691, 102.793, 56.395
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.100, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Isoform 2B of GTPase KRas / K-Ras 2 / Ki-Ras / c-K-ras / c-Ki-ras


分子量: 19386.848 Da / 分子数: 3 / 変異: G12D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KRAS, KRAS2, RASK2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P01116, small monomeric GTPase

-
非ポリマー , 5種, 177分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-05F / 4-[(1~{R},5~{S})-3,8-diazabicyclo[3.2.1]octan-8-yl]-7-(8-methylnaphthalen-1-yl)-2-[[(2~{S})-1-methylpyrrolidin-2-yl]methoxy]-6,8-dihydro-5~{H}-pyrido[3,4-d]pyrimidine


分子量: 498.662 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H38N6O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p


分子量: 522.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.17 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M sodium acetate, 0.1 M Tris, pH 8.5, 26 % (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: LIQUID ANODE / タイプ: BRUKER METALJET / 波長: 1.34138 Å
検出器タイプ: BRUKER PHOTON 100 / 検出器: CMOS / 日付: 2021年5月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.34138 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 47529 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.07 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.0844 / Net I/σ(I): 12.63
反射 シェル解像度: 2.25→2.28 Å / 冗長度: 6.72 % / Rmerge(I) obs: 0.3976 / Mean I/σ(I) obs: 3.33 / Num. unique obs: 946 / CC1/2: 0.95 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1精密化
SADABSデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
SAINTデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4EPR

4epr


解像度: 2.25→33.7 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.8 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2584 3944 8.3 %
Rwork0.203 43585 -
obs0.2076 47529 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 100.64 Å2 / Biso mean: 43.4692 Å2 / Biso min: 19.31 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.25→33.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3902 0 169 169 4240
Biso mean--40.37 43.52 -
残基数----490
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 28

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.25-2.280.30391440.277115661710100
2.28-2.310.32991420.269215711713100
2.31-2.340.33641390.270115561695100
2.34-2.370.28461400.251215481688100
2.37-2.40.3011410.259215561697100
2.4-2.440.3581400.257215611701100
2.44-2.480.33281420.271815631705100
2.48-2.520.35161370.263115031640100
2.52-2.560.30281410.237115921733100
2.56-2.610.30031400.222615691709100
2.61-2.660.27071390.218115271666100
2.66-2.710.33951430.238215781721100
2.71-2.770.32651400.244415551695100
2.77-2.830.34751410.235715381679100
2.83-2.910.33251390.232415771716100
2.91-2.980.32821390.224715521691100
2.98-3.070.28531410.237415881729100
3.07-3.170.25791380.214815231661100
3.17-3.280.28921430.209315601703100
3.28-3.420.26821430.194315531696100
3.42-3.570.25891420.188915901732100
3.57-3.760.26411390.185415611700100
3.76-3.990.23341360.17815261662100
3.99-4.30.18531440.159315591703100
4.3-4.730.20761430.156815751718100
4.73-5.410.20681390.157715301669100
5.42-6.810.22491440.213315691713100
6.82-33.70.21161450.18641539168499

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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