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- PDB-7evv: Co-crystal Structure of Toxoplasma gondii Prolyl tRNA Synthetase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7evv
タイトルCo-crystal Structure of Toxoplasma gondii Prolyl tRNA Synthetase (TgPRS) in complex with JE6 and L-pro
要素Prolyl-tRNA synthetase (ProRS)
キーワードTRANSLATION / Toxoplasma gondii / Prolyl tRNA Synthetase / Inhibitor-Bound Structural Comparison / Multi-drug
機能・相同性
機能・相同性情報


proline-tRNA ligase / proline-tRNA ligase activity / prolyl-tRNA aminoacylation / aminoacyl-tRNA editing activity / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
YbaK/aminoacyl-tRNA synthetase-associated domain / Aminoacyl-tRNA editing domain / YbaK/aminoacyl-tRNA synthetase-associated domain superfamily / Proline-tRNA ligase, class IIa / Prolyl-tRNA synthetase, catalytic domain / Proline-tRNA ligase, class II, C-terminal / Prolyl-tRNA synthetase, C-terminal / Prolyl-tRNA synthetase, C-terminal / Proline-tRNA ligase, class IIa, archaeal-type / Prolyl-tRNA synthetase, class II ...YbaK/aminoacyl-tRNA synthetase-associated domain / Aminoacyl-tRNA editing domain / YbaK/aminoacyl-tRNA synthetase-associated domain superfamily / Proline-tRNA ligase, class IIa / Prolyl-tRNA synthetase, catalytic domain / Proline-tRNA ligase, class II, C-terminal / Prolyl-tRNA synthetase, C-terminal / Prolyl-tRNA synthetase, C-terminal / Proline-tRNA ligase, class IIa, archaeal-type / Prolyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (G/ P/ S/T) / tRNA synthetase class II core domain (G, H, P, S and T) / Anticodon-binding / Anticodon binding domain / Anticodon-binding domain superfamily / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL)
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-JE6 / PROLINE / proline--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.704 Å
データ登録者Malhotra, N. / Mishra, S. / Manickam, Y. / Sharma, A.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2022
タイトル: Double drugging of prolyl-tRNA synthetase provides a new paradigm for anti-infective drug development.
著者: Manickam, Y. / Malhotra, N. / Mishra, S. / Babbar, P. / Dusane, A. / Laleu, B. / Bellini, V. / Hakimi, M.A. / Bougdour, A. / Sharma, A.
履歴
登録2021年5月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Prolyl-tRNA synthetase (ProRS)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,6996
ポリマ－57,9371
非ポリマー7615
水4,738263
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area360 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area22310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.350, 75.200, 74.740
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.740, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1035-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Prolyl-tRNA synthetase (ProRS)


分子量: 57937.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
遺伝子: TGRH88_057780 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7J6JUK2

-
非ポリマー , 5種, 268分子

#2: 化合物 ChemComp-JE6 / ~{N}-[4-[(3~{S})-3-cyano-3-cyclopropyl-2-oxidanylidene-pyrrolidin-1-yl]-6-methyl-pyridin-2-yl]-2-phenyl-ethanamide


分子量: 374.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H22N4O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-PRO / PROLINE / プロリン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 115.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 263 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.3 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: JCSG+ B5

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→41.85 Å / Num. obs: 62494 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 2.2 % / CC1/2: 0.992 / Rrim(I) all: 0.089 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル解像度: 1.7→1.71 Å / Num. unique obs: 9672 / CC1/2: 0.868 / Rrim(I) all: 0.602

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15rc2_3428精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6aa0

6aa0


解像度: 1.704→31.516 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 18.27 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1806 3122 5 %
Rwork0.1532 59352 -
obs0.1546 62474 99.21 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 103.93 Å2 / Biso mean: 32.7575 Å2 / Biso min: 12.36 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.704→31.516 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3977 0 53 266 4296
Biso mean--29.78 37.93 -
残基数----489
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.7041-1.73070.33291190.3093228385
1.7307-1.75910.28761430.23482709100
1.7591-1.78940.21921420.1982693100
1.7894-1.8220.21441430.16962719100
1.822-1.8570.21071410.16362686100
1.857-1.89490.16971420.15722686100
1.8949-1.93610.18831430.16532722100
1.9361-1.98120.1971430.15792725100
1.9812-2.03070.2041430.15792703100
2.0307-2.08560.17991420.14952710100
2.0856-2.14690.19011420.14962700100
2.1469-2.21620.16741440.15012723100
2.2162-2.29540.22031430.14952715100
2.2954-2.38730.16481410.1552707100
2.3873-2.49590.18531440.15192732100
2.4959-2.62740.16581420.15562697100
2.6274-2.79190.19471450.16392747100
2.7919-3.00740.2111420.16782713100
3.0074-3.30970.19521430.15572706100
3.3097-3.78790.16791440.1432741100
3.7879-4.76970.13971450.12682748100
4.7697-31.5160.1711460.15332787100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.197-0.0305-0.08630.74270.03831.9032-0.0343-0.0311-0.16940.0533-0.0303-0.00220.29970.0318-0.02620.18380.01710.00210.11830.01790.21056.3621-8.03164.4932
21.2382-0.09210.2930.8146-0.01221.96940.03310.1963-0.05-0.095-0.0273-0.06720.16030.38550.01240.14960.04040.0110.1720.01430.148617.7368-3.7241-4.0821
31.9893-0.9734-0.47831.2450.41331.59470.0051-0.01410.10410.0806-0.0085-0.12290.06320.2902-0.02910.143-0.0331-0.0390.24450.01230.136518.3735.684518.522
48.2523.1714-0.76685.52074.33735.05880.11220.985-1.1459-0.38920.4094-0.3185-0.20570.8059-0.56750.1848-0.0150.01870.2116-0.00410.225528.571-15.4534.017
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 331 through 451 )A331 - 451
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 452 through 603 )A452 - 603
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 604 through 830 )A604 - 830
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 1001 through 1001 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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