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万見
- PDB-7ev1: Crystal structure of LI-Cadherin EC1-2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ev1
タイトルCrystal structure of LI-Cadherin EC1-2
要素Cadherin-17
キーワードCELL ADHESION / LI-cadherin / dimerization / MD simulations / SAXS / cell-adhesion / analytical ultracentrifugation / protein chemistry
機能・相同性
機能・相同性情報


oligopeptide transmembrane transport / positive regulation of integrin activation by cell surface receptor linked signal transduction / proton-dependent oligopeptide secondary active transmembrane transporter activity / marginal zone B cell differentiation / germinal center B cell differentiation / oligopeptide transport / calcium-dependent cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / cell-cell adhesion mediated by cadherin / catenin complex / adherens junction organization ...oligopeptide transmembrane transport / positive regulation of integrin activation by cell surface receptor linked signal transduction / proton-dependent oligopeptide secondary active transmembrane transporter activity / marginal zone B cell differentiation / germinal center B cell differentiation / oligopeptide transport / calcium-dependent cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / cell-cell adhesion mediated by cadherin / catenin complex / adherens junction organization / cell-cell junction assembly / Adherens junctions interactions / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / spleen development / integrin-mediated signaling pathway / adherens junction / cell morphogenesis / beta-catenin binding / integrin binding / cell junction / cell migration / basolateral plasma membrane / cell adhesion / cadherin binding / calcium ion binding / cell surface / nucleoplasm / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cadherin / Cadherin conserved site / Cadherin domain signature. / Cadherin repeats. / Cadherin domain / Cadherin-like / Cadherins domain profile. / Cadherin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Cadherin-17
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.38 Å
データ登録者Caaveiro, J.M.M. / Yui, A. / Tsumoto, K.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Mechanism of dimerization and structural features of human LI-cadherin.
著者: Yui, A. / Caaveiro, J.M.M. / Kuroda, D. / Nakakido, M. / Nagatoishi, S. / Goda, S. / Maruno, T. / Uchiyama, S. / Tsumoto, K.
履歴
登録2021年5月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年1月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cadherin-17
B: Cadherin-17
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,71610
ポリマ－46,3942
非ポリマー3238
水11,385632
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: light scattering, size exclusion chromatography
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1870 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area22200 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)48.900, 79.680, 62.490
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.020, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Cadherin-17 / LI-cadherin


分子量: 23196.967 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDH17 / プラスミド: pET28-SUMO / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: Q12864
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 632 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.54 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.2 M Ammonium acetate, 30% 2-propanol, TRIS pH8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2016年5月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.38→41.31 Å / Num. obs: 93370 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 5.5 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 1.38→1.45 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.834 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 12915 / CC1/2: 0.687 / % possible all: 91.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
MOSFLM7.1.0データ削減
SCALA3.3.21データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ZMY

4zmy


解像度: 1.38→32.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 2.767 / SU ML: 0.046 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.054 / ESU R Free: 0.053 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1812 2334 2.5 %RANDOM
Rwork0.1431 ---
obs0.144 91034 96.19 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 87.38 Å2 / Biso mean: 16.079 Å2 / Biso min: 7.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.06 Å20 Å2-0.93 Å2
2---0.21 Å20 Å2
3---0.43 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.38→32.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3268 0 11 645 3924
Biso mean--24.62 26.79 -
残基数----416
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0133398
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173082
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5421.6564642
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4111.5677221
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3655434
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.07224.239184
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.16715573
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.1911517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2467
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023857
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02646
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.70236480
LS精密化 シェル解像度: 1.38→1.416 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.269 149 -
Rwork0.277 6131 -
all-6280 -
obs--88.04 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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